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- PDB-8e3d: ZBTB7A Zinc Finger Domain Bound to DNA Duplex Containing CAST seq... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e3d
タイトルZBTB7A Zinc Finger Domain Bound to DNA Duplex Containing CAST sequence (#11)
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*AP*AP*AP*T)-3')
  • Zinc finger and BTB domain-containing protein 7A
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / gene expression / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of transcription regulatory region DNA binding / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / DNA-dependent protein kinase complex / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / regulation of DNA-binding transcription factor activity / regulation of glycolytic process / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / nuclear androgen receptor binding / histone acetyltransferase binding / erythrocyte maturation ...regulation of transcription regulatory region DNA binding / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / DNA-dependent protein kinase complex / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / regulation of DNA-binding transcription factor activity / regulation of glycolytic process / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / nuclear androgen receptor binding / histone acetyltransferase binding / erythrocyte maturation / SMAD binding / fat cell differentiation / negative regulation of Notch signaling pathway / protein localization to nucleus / B cell differentiation / transcription corepressor binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / chromatin organization / site of double-strand break / regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. ...: / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Zinc finger and BTB domain-containing protein 7A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Horton, J.R. / Ren, R. / Cheng, X.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM134744 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR160029 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structural basis for transcription factor ZBTB7A recognition of DNA and effects of ZBTB7A somatic mutations that occur in human acute myeloid leukemia.
著者: Ren, R. / Horton, J.R. / Chen, Q. / Yang, J. / Liu, B. / Huang, Y. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / Cheng, X.
履歴
登録2022年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger and BTB domain-containing protein 7A
X: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*CP*C)-3')
Y: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*AP*AP*AP*T)-3')
B: Zinc finger and BTB domain-containing protein 7A
D: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*CP*C)-3')
E: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*AP*AP*AP*T)-3')
F: Zinc finger and BTB domain-containing protein 7A
H: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*CP*C)-3')
I: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*AP*AP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,90626
ポリマ－86,8109
非ポリマー1,09517
水1,36976
1
A: Zinc finger and BTB domain-containing protein 7A
X: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*CP*C)-3')
Y: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*AP*AP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,38510
ポリマ－28,9373
非ポリマー4487
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6200 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area12970 Å2
手法PISA
2
B: Zinc finger and BTB domain-containing protein 7A
D: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*CP*C)-3')
E: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*AP*AP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3239
ポリマ－28,9373
非ポリマー3866
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area13530 Å2
手法PISA
3
F: Zinc finger and BTB domain-containing protein 7A
H: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*CP*C)-3')
I: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*AP*AP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1987
ポリマ－28,9373
非ポリマー2624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4900 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area13790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)196.181, 196.181, 54.964
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Space group name HallP6
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z
#3: y,-x+y,z
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z

-
要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABF

#1: タンパク質 Zinc finger and BTB domain-containing protein 7A / Factor binding IST protein 1 / FBI-1 / Factor that binds to inducer of short transcripts protein 1 ...Factor binding IST protein 1 / FBI-1 / Factor that binds to inducer of short transcripts protein 1 / HIV-1 1st-binding protein 1 / Leukemia/lymphoma-related factor / POZ and Krueppel erythroid myeloid ontogenic factor / POK erythroid myeloid ontogenic factor / Pokemon / Pokemon 1 / TTF-I-interacting peptide 21 / TIP21 / Zinc finger protein 857A


分子量: 15424.003 Da / 分子数: 3 / 断片: zinc finger domain (UNP residues 380-500) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZBTB7A, FBI1, LRF, ZBTB7, ZNF857A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: O95365

-
DNA鎖 , 2種, 6分子 XDHYEI

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*CP*C)-3')


分子量: 6838.410 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*AP*AP*AP*T)-3')


分子量: 6674.347 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 93分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.03 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2M Potassium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→46.15 Å / Num. obs: 70633 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 22.1 % / Biso Wilson estimate: 62.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.182 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 2.62→2.71 Å / 冗長度: 19.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 7054 / CC1/2: 0.398 / CC star: 0.755 / Rpim(I) all: 0.706 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7N5U

7n5u


解像度: 2.62→46.15 Å / SU ML: 0.4612 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.1704
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2374 3492 4.97 %
Rwork0.2058 66839 -
obs0.2074 70331 98.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 105.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→46.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2620 2697 32 76 5425
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00365722
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6298269
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0388897
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035605
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.32262306
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.62-2.650.55211300.52521X-RAY DIFFRACTION96.82
2.65-2.690.48981370.45242665X-RAY DIFFRACTION98.25
2.69-2.730.40381390.36512747X-RAY DIFFRACTION99.11
2.73-2.780.33941390.35722650X-RAY DIFFRACTION98.17
2.78-2.820.41091430.35172655X-RAY DIFFRACTION99.01
2.82-2.870.3711390.34332695X-RAY DIFFRACTION98.78
2.87-2.920.381370.33632586X-RAY DIFFRACTION96.02
2.92-2.980.34611440.35212691X-RAY DIFFRACTION99.4
2.98-3.040.43971400.33552710X-RAY DIFFRACTION99.72
3.04-3.10.28331440.26592678X-RAY DIFFRACTION99.58
3.1-3.180.2261420.20062696X-RAY DIFFRACTION99.79
3.18-3.260.21891420.17982714X-RAY DIFFRACTION99.69
3.26-3.340.22791430.21072696X-RAY DIFFRACTION99.86
3.34-3.440.24091330.20922733X-RAY DIFFRACTION99.79
3.44-3.550.24661360.20352663X-RAY DIFFRACTION99.93
3.55-3.680.23381460.20472745X-RAY DIFFRACTION99.9
3.68-3.830.23211380.19482674X-RAY DIFFRACTION99.82
3.83-40.2341480.19182729X-RAY DIFFRACTION99.93
4-4.210.19771380.18092643X-RAY DIFFRACTION97.68
4.21-4.480.20711340.16992666X-RAY DIFFRACTION99.04
4.48-4.820.2241400.16662705X-RAY DIFFRACTION99.72
4.82-5.310.19661400.1772686X-RAY DIFFRACTION99.61
5.31-6.070.1691430.16382709X-RAY DIFFRACTION99.13
6.07-7.640.19981420.18422666X-RAY DIFFRACTION98.98
7.65-46.150.16931350.13682516X-RAY DIFFRACTION92.66
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.082912122741.315125921943.961215450946.895654167530.3516740636343.995676253930.480536068118-0.426399090406-0.6141901416130.7747316204030.025316387729-0.2406125308591.239685141760.361507112364-0.6849673569430.6802345962620.0262203281268-0.06267756209720.49639462063-0.03787429379840.47172258880236.1523677518-96.3700460844-3.83904962146
24.07129327436-1.862923085070.3748566548683.58162565671-0.2058921481950.22810800094-0.02543791704670.040244043278-0.1250990747580.12869720991-0.09413955710310.4552174775990.194677381904-0.2859372985590.07499334098810.443150944566-0.06828074747280.1312615935440.508984833731-0.0130786720110.26012863472925.1882190004-79.7706000751-10.3611586086
38.377289038730.6483774401381.094230835716.471951894820.03397553749661.05979294363-0.0926676524351-0.2236483590580.6089212287450.22923970021-0.01515390724610.3678262348240.176452575668-0.08001823332770.1337640456010.496696309918-0.09964517688990.08224049483630.4599342973940.04192506336050.2295867815643.2896468659-62.4569280967-11.0419235635
47.101247959395.290609488844.910180344944.636295083872.382347279155.75568233027-0.2215347389341.49241311585-1.17934461617-0.7421171297940.609792350375-1.497443735131.028048536360.301068562112-0.2556743566410.826564277962-0.03394361382460.2165102795830.66072981727-0.05094432120530.37770642060951.8806808398-76.2000228846-19.9471323231
50.8810951997870.6213986936511.477613808631.185475473350.3415432651223.11508346347-0.2976862533960.781663215066-0.150904508074-0.8626798622470.230306204576-0.2298251192280.6047753516810.4863652942140.349420297431.12406833998-0.1448110171830.2212668083371.10779428540.1386819808910.098082243741248.8241333843-68.9156465894-29.5242473943
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Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 381 through 390 )AA381 - 3901 - 10
22chain 'A' and (resid 391 through 433 )AA391 - 43311 - 53
33chain 'A' and (resid 434 through 477 )AA434 - 47754 - 97
44chain 'A' and (resid 478 through 491 )AA478 - 49198 - 111
55chain 'X' and (resid 1 through 5 )XG1 - 5
66chain 'X' and (resid 6 through 10 )XG6 - 10
77chain 'X' and (resid 11 through 15 )XG11 - 15
88chain 'X' and (resid 16 through 22 )XG16 - 22
99chain 'Y' and (resid 1 through 5 )YH1 - 5
1010chain 'Y' and (resid 6 through 22 )YH6 - 22
1111chain 'B' and (resid 378 through 433 )BK378 - 4331 - 56
1212chain 'B' and (resid 434 through 459 )BK434 - 45957 - 82
1313chain 'B' and (resid 460 through 477 )BK460 - 47783 - 100
1414chain 'B' and (resid 478 through 491 )BK478 - 491101 - 114
1515chain 'D' and (resid 1 through 10 )DQ1 - 10
1616chain 'D' and (resid 11 through 22 )DQ11 - 22
1717chain 'E' and (resid 1 through 5 )ES1 - 5
1818chain 'E' and (resid 6 through 10 )ES6 - 10
1919chain 'E' and (resid 11 through 15 )ES11 - 15
2020chain 'E' and (resid 16 through 22 )ES16 - 22
2121chain 'F' and (resid 381 through 432 )FT381 - 4321 - 52
2222chain 'F' and (resid 433 through 465 )FT433 - 46553 - 85
2323chain 'F' and (resid 466 through 491 )FT466 - 49186 - 111
2424chain 'H' and (resid 1 through 10 )HY1 - 10
2525chain 'H' and (resid 11 through 15 )HY11 - 15
2626chain 'H' and (resid 16 through 22 )HY16 - 22
2727chain 'I' and (resid 1 through 5 )IZ1 - 5
2828chain 'I' and (resid 6 through 10 )IZ6 - 10
2929chain 'I' and (resid 11 through 22 )IZ11 - 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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