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- PDB-7n5u: ZBTB7A Zinc Finger Domain Bound to DNA Duplex Containing GGACCC (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n5u
タイトルZBTB7A Zinc Finger Domain Bound to DNA Duplex Containing GGACCC (Oligo 21)
要素
  • DNA Strain II
  • DNA Strand I
  • Zinc finger and BTB domain-containing protein 7A
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / zinc-finger domain / gene expression / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of transcription regulatory region DNA binding / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / DNA-dependent protein kinase complex / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / regulation of DNA-binding transcription factor activity / regulation of glycolytic process / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / nuclear androgen receptor binding / histone acetyltransferase binding / erythrocyte maturation ...regulation of transcription regulatory region DNA binding / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / DNA-dependent protein kinase complex / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / regulation of DNA-binding transcription factor activity / regulation of glycolytic process / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / nuclear androgen receptor binding / histone acetyltransferase binding / erythrocyte maturation / SMAD binding / fat cell differentiation / negative regulation of Notch signaling pathway / protein localization to nucleus / B cell differentiation / transcription corepressor binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / chromatin organization / site of double-strand break / regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. ...: / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Zinc finger and BTB domain-containing protein 7A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Horton, J.R. / Ren, R. / Cheng, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049245-23 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structural basis for transcription factor ZBTB7A recognition of DNA and effects of ZBTB7A somatic mutations that occur in human acute myeloid leukemia.
著者: Ren, R. / Horton, J.R. / Chen, Q. / Yang, J. / Liu, B. / Huang, Y. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / Cheng, X.
履歴
登録2021年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger and BTB domain-containing protein 7A
X: DNA Strand I
Y: DNA Strain II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6316
ポリマ－26,4353
非ポリマー1963
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area9970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.380, 103.606, 37.073
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-704-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Zinc finger and BTB domain-containing protein 7A / Factor binding IST protein 1 / FBI-1 / Factor that binds to inducer of short transcripts protein 1 ...Factor binding IST protein 1 / FBI-1 / Factor that binds to inducer of short transcripts protein 1 / HIV-1 1st-binding protein 1 / Leukemia/lymphoma-related factor / POZ and Krueppel erythroid myeloid ontogenic factor / POK erythroid myeloid ontogenic factor / Pokemon / Pokemon 1 / TTF-I-interacting peptide 21 / TIP21 / Zinc finger protein 857A


分子量: 16638.525 Da / 分子数: 1 / 断片: zinc finger domain (UNP residues 369-500) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZBTB7A, FBI1, LRF, ZBTB7, ZNF857A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: O95365
#2: DNA鎖 DNA Strand I


分子量: 4876.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA Strain II


分子量: 4920.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.57 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 4% Tacsimate, pH 5.0, 12% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→40.11 Å / Num. obs: 4830 / % possible obs: 79.5 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 32.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 25.3
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 1.06 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 162 / CC1/2: 0.555 / Rpim(I) all: 0.377 / % possible all: 22.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHENIX1.19.1_4122精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.86→40.11 Å / SU ML: 0.3841 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.49 / 位相誤差: 28.1299
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2996 445 10 %
Rwork0.2477 4004 -
obs0.2529 4449 73.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.86→40.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数631 649 3 7 1290
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031374
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53711988
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0343215
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037146
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.8435548
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.86-3.270.4629650.3541588X-RAY DIFFRACTION33.5
3.28-4.120.33871730.27561560X-RAY DIFFRACTION86.78
4.13-40.110.24442070.2081856X-RAY DIFFRACTION98.66
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.000366183122.000483989481.99903140319.588175294612.001195514591.998953571670.3738351809780.01358427933560.4155138635720.143822789702-0.3306278449040.127598971638-0.510827838543-0.661262925766-0.06141878945690.534830594638-0.1854751444440.0622531612570.95588686881-0.06077074732010.256305947356-14.048538901256.718061225-11.8386053742
28.18737754359-0.183306417289-3.594891520072.751986431691.265774291832.08969834028-0.154561266690.789357457479-0.187343237767-0.7951537153950.04410176116720.0372416670063-0.156924301711-0.4825732710590.07936524311850.535456259721-0.3013840476360.08857426375450.431325775729-0.1531985144360.140072017692-6.1639657058948.6461843631-15.6555241676
30.8463852778571.174792364270.06364367471783.683081881421.669373699232.63417074595-0.2719922031910.1066397890830.0459158604421-0.0640719457656-0.02222590134170.117237409719-0.0530792448112-0.134293738906-0.009110525399760.281771659555-0.0903962688641-0.03903601902250.141588427338-0.1470450746930.249182784045-7.6294381837350.1828312428-6.65170341166
47.131495323652.77291173806-3.543274072893.55308703337-5.649620097579.3467739285-0.092877834901-0.3483594590050.02869863907870.678098250451-0.746138454573-0.842710930126-0.6472573894690.853328131840.7507734240250.277293918581-0.00882459620172-0.09362230554480.2060563391170.009005082140720.4762829835110.017507343625144.76836812798.11501206805
55.48581066407-1.24096641119-0.23756904593.983872409742.35866233173.52355907756-0.148246195498-0.833198493068-0.4873676673030.643428727715-0.1307206619640.409905577450.515243891382-0.161016448160.09247866662410.301692208403-0.0981470244034-0.1042059546950.1684538247190.1333683116210.18646661638-7.9613415209843.407328821511.1652071006
60.288044402999-0.9302742757610.646164986373.00475324096-2.086566263861.44916032883-0.22597552543-0.0863927812059-0.3318576943920.6695842085680.3248639626660.796631133894-0.0454654642796-0.765426893075-0.05797195780831.0131172537-0.5828001596390.3392123199041.39376192901-0.2570648562980.663588017473-25.456499433640.102613704116.7448219413
70.52183142544-0.07060787436120.8501034478850.3595894729150.4054886733642.15920705265-0.274101073075-0.382158581194-0.7290893688260.5350904913680.7340714147941.735078133250.222144613559-0.859790542518-0.455664898470.561128955281-0.3237326104770.3390620226741.42107656693-0.08843118632881.09137384364-28.012188594835.089976083411.7969917296
80.423286927565-0.9635648850710.2855108053643.70832148145-0.6371686330330.2805924209470.1600243889370.0274992145651-0.0376831319533-0.193732141501-0.197808632263-0.04025536302430.0588666480032-0.05289121069020.02350178897351.52689114307-0.16035502478-0.02437865443550.379306416563-0.1892390675641.51353478521-20.468142324717.0971263841-3.75836123874
91.4868312260.440255570840.09739647752761.363458720530.4997506659021.136266049020.00333077222859-0.246547022051-0.3565142320420.0396181675147-0.183224571840.2686813990210.348991958323-0.325126794884-0.02367350631770.560819331512-0.4722207449020.02674586098030.345582415544-0.145551235420.725676477145-16.882576500342.16931242440.658516449686
103.63841040827-0.309560522597-1.204151872744.002841243572.134728261793.732165659210.04328056821670.03268224443170.425695485013-0.326574642771-0.1908988540340.2659393010360.127790445757-0.2730678572030.1573335205610.4674117957290.0350810405448-0.0970032747240.104372682433-0.1090285722180.423613862267-12.980965220855.04002558274.93178064484
111.819260567281.031718845140.07039384830174.93718451851-0.8317182445420.1789665690140.0726980902003-0.155044177592-0.7258495618560.256130126196-0.222675977892-0.7351843451740.569568922999-0.1888608828960.1135411985261.18534392568-0.40317281260.2047425790110.434095649273-0.1825681600620.930101114239-17.304869745429.25529151670.341787893884
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 379 through 383 )AA379 - 3831 - 5
22chain 'A' and (resid 384 through 389 )AA384 - 3896 - 11
33chain 'A' and (resid 390 through 405 )AA390 - 40512 - 27
44chain 'A' and (resid 406 through 415 )AA406 - 41528 - 37
55chain 'A' and (resid 416 through 436 )AA416 - 43638 - 58
66chain 'A' and (resid 437 through 449 )AA437 - 44959 - 71
77chain 'A' and (resid 450 through 460 )AA450 - 46072 - 82
88chain 'X' and (resid 1 through 5 )XE1 - 5
99chain 'X' and (resid 6 through 16 )XE6 - 16
1010chain 'Y' and (resid 1 through 5 )YF1 - 5
1111chain 'Y' and (resid 6 through 16 )YF6 - 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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