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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dwe | |||||||||||||||
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タイトル | Adenine glycosylase MutY variant E43Q in complex with DNA containing d(8-oxo-G) paired with substrate purine | |||||||||||||||
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![]() | HYDROLASE/DNA / Protein-DNA complex / DNA repair / Base Excision Repair / HYDROLASE / HYDROLASE-DNA complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() adenine glycosylase / adenine/guanine mispair binding / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / DNA N-glycosylase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / oxidized purine DNA binding / mismatch repair / base-excision repair / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Russelburg, L.P. / Demir, M. / David, S.S. / Horvath, M.P. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for Base Engagement and Stereochemistry Revealed by Alteration of Catalytic Residue Glu43 in DNA Repair Glycosylase MutY 著者: Russelburg, L.P. / Demir, M. / Cedeno, K. / David, S.S. / Horvath, M.P. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 559.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 385.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8dwdC ![]() 8dwfC ![]() 6u7tS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AD
#1: タンパク質 | 分子量: 41772.613 Da / 分子数: 2 / 変異: E43Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: mutY / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF
#2: DNA鎖 | 分子量: 3423.249 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: DNA鎖 | 分子量: 3309.169 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 5種, 214分子 ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CA / #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 % / 解説: Brown, rod, rectangular |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: PEG 4000, calcium acetate, ethylene glycol, Tris.HCl, beta-mercaptoethanol Temp details: Ambient |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月11日 |
放射 | モノクロメーター: Water-cooled flat double Si(111) Khozu monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11583 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→73.12 Å / Num. obs: 96293 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 48.18 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 5.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 1.675 / Mean I/σ(I) obs: 0.88 / Num. unique obs: 7112 / CC1/2: 0.3 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6U7T 解像度: 2.2→73.12 Å / SU ML: 0.3388 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.622 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.79 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→73.12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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