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- PDB-8dwf: Glycosylase MutY variant E43S in complex with DNA containing d(8-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dwf
タイトルGlycosylase MutY variant E43S in complex with DNA containing d(8-oxo-G) paired with substrate adenine
要素
  • Adenine DNA glycosylase
  • DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*(8OG)P*TP*GP*GP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*AP*AP*GP*TP*CP*T)-3')
キーワードHYDROLASE/DNA / Protein-DNA complex (デオキシリボ核酸) / DNA repair (DNA修復) / Base Excision Repair (塩基除去修復) / HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


adenine glycosylase / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / DNA N-glycosylase activity / 塩基除去修復 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
A/G-specific adenine glycosylase MutY / Iron-sulfur binding domain of endonuclease III / Adenine/Thymine-DNA glycosylase / MutY, C-terminal / NUDIX domain / Helix-hairpin-helix motif / Endonuclease III-like, iron-sulphur cluster loop motif / FES / Helix-hairpin-helix motif / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein ...A/G-specific adenine glycosylase MutY / Iron-sulfur binding domain of endonuclease III / Adenine/Thymine-DNA glycosylase / MutY, C-terminal / NUDIX domain / Helix-hairpin-helix motif / Endonuclease III-like, iron-sulphur cluster loop motif / FES / Helix-hairpin-helix motif / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / DNAグリコシラーゼ / NUDIX hydrolase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
鉄・硫黄クラスター / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Adenine DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Russelburg, L.P. / Demir, M. / David, S.S. / Horvath, M.P.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1905304 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1905249 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1610721 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1608934 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Basis for Base Engagement and Stereochemistry Revealed by Alteration of Catalytic Residue Glu43 in DNA Repair Glycosylase MutY
著者: Russelburg, L.P. / Demir, M. / Cedeno, K. / David, S.S. / Horvath, M.P.
履歴
登録2022年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenine DNA glycosylase
B: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*(8OG)P*TP*GP*GP*AP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*AP*AP*GP*TP*CP*T)-3')
D: Adenine DNA glycosylase
E: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*(8OG)P*TP*GP*GP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*AP*AP*GP*TP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,19016
ポリマ－96,9586
非ポリマー1,23210
水1,67593
1
A: Adenine DNA glycosylase
B: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*(8OG)P*TP*GP*GP*AP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*AP*AP*GP*TP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0958
ポリマ－48,4793
非ポリマー6165
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5710 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area18030 Å2
手法PISA
2
D: Adenine DNA glycosylase
E: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*(8OG)P*TP*GP*GP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*AP*AP*GP*TP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0958
ポリマ－48,4793
非ポリマー6165
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5970 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area17740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.080, 137.900, 74.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.440, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Adenine DNA glycosylase / oxoG:A-specific adenine glycosylase


分子量: 41731.559 Da / 分子数: 2 / 変異: E43S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
遺伝子: mutY / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P83847, adenine glycosylase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*(8OG)P*TP*GP*GP*AP*C)-3')


分子量: 3423.249 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*AP*AP*GP*TP*CP*T)-3')


分子量: 3324.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 103分子

#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 % / 解説: Yellow, rod, rectangular
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 4000, calcium acetate, ethylene glycol, Tris.HCl, beta-mercaptoethanol
Temp details: Ambient

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月11日
放射モノクロメーター: Water-cooled flat double Si(111) Khozu monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→73 Å / Num. obs: 58172 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 2.58 % / Biso Wilson estimate: 55.18 Å2 / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.191 / Net I/σ(I): 5.62
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 2.57 % / Rmerge(I) obs: 2.07 / Mean I/σ(I) obs: 0.79 / Num. unique obs: 4259 / CC1/2: 0.091 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6U7T

6u7t


解像度: 2.6→73 Å / SU ML: 0.4774 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.1517
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2533 1506 2.6 %
Rwork0.2068 56432 -
obs0.2081 57938 98.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5411 864 44 93 6412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01516562
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26039133
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06591023
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01071019
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.03552405
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.680.36571290.34464978X-RAY DIFFRACTION95.49
2.68-2.780.36211300.32785084X-RAY DIFFRACTION97.71
2.78-2.890.36721620.31545106X-RAY DIFFRACTION98.28
2.89-3.020.40761340.28515156X-RAY DIFFRACTION99.03
3.02-3.180.28661350.25545151X-RAY DIFFRACTION98.8
3.18-3.380.29721290.23225162X-RAY DIFFRACTION98.66
3.38-3.640.26731320.20065155X-RAY DIFFRACTION98.77
3.64-4.010.27331460.18445154X-RAY DIFFRACTION98.84
4.01-4.590.1981410.15245203X-RAY DIFFRACTION99.57
4.59-5.780.20831420.16765137X-RAY DIFFRACTION98.84
5.78-730.19111260.18365146X-RAY DIFFRACTION98.32
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.78906753712-0.3403687859170.1467365215130.839646194221-0.3307876688711.161546398430.01809970153840.002827796396120.0602958550842-0.01236757837970.0162150826620.01101149523670.0909526296204-0.131873077252.04450736874E-50.336432125637-0.01322164915120.02533639775910.3950760474950.02742321648020.443142892932.497735253866.69053649546.2705318003
20.5727668572090.126304078724-0.1204371706040.2440980493690.05895221223980.2244224177850.02509298355-0.1927316562190.1055081727630.2500246662690.0907310263426-0.07215704437090.2076501021250.1231351501132.61770872325E-50.6213532231340.0877093571529-0.09597592583380.5265494844110.0109851772950.50250789790624.0692238794-1.5811750946134.5144946014
30.845100568119-0.12272041151-0.1610863812160.5219784023450.2471302220071.27313481360.08445566664940.0192742241312-0.0715143074810.0356807986246-0.0337824498299-0.0708427798545-0.1244418219160.02687340610751.15260729717E-50.345127205944-0.00101655517339-0.01595311532430.387334482945-0.02595354410940.39503879129522.017130882-41.85282307046.76662925357
40.4839998444260.0468602342965-0.2682194513090.5737388621910.01506388914260.3105997083530.0446540755352-0.1231858574210.04656833768630.2461208514730.01161830091430.117015222791-0.0413780382035-0.2218082142085.37813995507E-50.623914733154-0.001615544119060.1460472849680.569233305379-0.04109311724430.405586372398-0.297059587493-33.186746552833.5689095365
50.2917960121840.0620624741415-0.205675270722-0.009322166396250.171847275360.1612846355550.2641934658470.0715268948074-0.0156847620417-0.100577286237-0.338715586953-0.01251112476950.2534875563160.0974100061840.0003099145865080.4933524068630.0242380795193-0.03700824402910.4600708410950.02576464756970.47430265767515.8136780779-0.02235892235811.7533166566
60.339964821013-0.0909201427793-0.01440254608810.01899622260270.02743652221720.218592941530.3207041294990.0710614449070.193420241270.131781111129-0.4447217429180.194196356438-0.247448118712-0.1743510267260.0002539473488860.530334885730.0494352254228-0.008066351263890.503121573458-0.04202712948020.5452504573388.69635370853-34.947706124211.576768884
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and (resid 6:228 or resid 401 or resid 403))AA - C6 - 4031
22(chain A and (resid 229:359 or resid 404))AA - D229 - 404224
33(chain D and (resid 4:228 or resid 401 or resid 403))DI - K4 - 4031
44(chain D and (resid 229:360 or resid 404))DI - L229 - 404226
55((chain B and resid 1:11) or (chain C and resid 12:22))B - CF - H1 - 22
66((chain E and resid 1:11) or (chain F and resid 12:22))E - FN - P1 - 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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