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- PDB-8dsg: P411-PFA carbene transferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dsg
タイトルP411-PFA carbene transferase
要素Cytochrome P450-BM3 variant P411-PFA
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome P450 / carbene transferase / cyanomethylase / fluoroalkylation
機能・相同性
機能・相同性情報


aromatase activity / NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / unspecific monooxygenase / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding ...Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Flavoprotein-like superfamily / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Priestia megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Maggiolo, A.O. / Porter, N.J. / Zhang, J. / Arnold, F.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM138740 米国
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2023
タイトル: Chemodivergent C(sp 3 )-H and C(sp 2 )-H Cyanomethylation Using Engineered Carbene Transferases.
著者: Zhang, J. / Maggiolo, A.O. / Alfonzo, E. / Mao, R. / Porter, N.J. / Abney, N. / Arnold, F.H.
履歴
登録2022年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450-BM3 variant P411-PFA
B: Cytochrome P450-BM3 variant P411-PFA
C: Cytochrome P450-BM3 variant P411-PFA
D: Cytochrome P450-BM3 variant P411-PFA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,84125
ポリマ－215,8224
非ポリマー4,01921
水17,745985
1
A: Cytochrome P450-BM3 variant P411-PFA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0977
ポリマ－53,9551
非ポリマー1,1426
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450-BM3 variant P411-PFA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0637
ポリマ－53,9551
非ポリマー1,1086
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome P450-BM3 variant P411-PFA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7925
ポリマ－53,9551
非ポリマー8374
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome P450-BM3 variant P411-PFA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8886
ポリマ－53,9551
非ポリマー9335
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.254, 172.462, 225.623
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Cytochrome P450-BM3 variant P411-PFA


分子量: 53955.488 Da / 分子数: 4
変異: N71T, A75G, V79L, A83L, F88A, M119S, P143S, T176I, A185V, S227T, H237Q, E253G, I264Y, H267V, T269G, A291V, T328V, A329V, A331V, L354V, I367V, C401S, I402P, T437L, L438Q, E443K
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Priestia megaterium (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: F2Q7T0, unspecific monooxygenase, NADPH-hemoprotein reductase

-
非ポリマー , 5種, 1006分子

#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER


分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 985 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 mM ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→50 Å / Num. obs: 147073 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 2.4 % / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 1.87→1.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 5709 / Rpim(I) all: 0.282

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UCW

5ucw


解像度: 1.87→38.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 3.427 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21795 7853 5.1 %RANDOM
Rwork0.18723 ---
obs0.18882 147073 91.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.043 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.42 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.87→38.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14486 0 266 985 15737
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.01315341
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01714689
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2161.66820807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1321.59533935
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.01251848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.69823.168808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.953152755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.651585
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.21885
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217257
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023465
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7512.1547311
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7512.1547310
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.313.2199168
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.313.2199169
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7322.258030
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.7322.2458023
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.2473.33211622
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.17724.79817014
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.02224.58716837
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.917 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 290 -
Rwork0.257 5709 -
obs--48.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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