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万見
- PDB-8drh: HIGH RESOLUTION NMR STRUCTURE OF THE D(GCGTCAGG)R(CCUGACGC) HYBRI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8drh
タイトルHIGH RESOLUTION NMR STRUCTURE OF THE D(GCGTCAGG)R(CCUGACGC) HYBRID, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')
  • RNA (5'-R(*CP*CP*UP*GP*AP*CP*GP*C)-3')
キーワードDNA-RNA HYBRID / OLIGONUCLEOTIDE / DNA/RNA HYBRID / DEOXYRIBONUCLEIC ACID/RIBONUCLEIC ACID
機能・相同性DNA / RNA
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Bachelin, M. / Hessler, G. / Kurz, G. / Hacia, J.G. / Dervan, P.B. / Kessler, H.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structure of a Stereoregular Phosphorothioate DNA/RNA Duplex
著者: Bachelin, M. / Hessler, G. / Kurz, G. / Hacia, J.G. / Dervan, P.B. / Kessler, H.
履歴
登録1997年10月13日処理サイト: BNL
改定 1.01998年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')
B: RNA (5'-R(*CP*CP*UP*GP*AP*CP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,9692
ポリマ－4,9692
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 50AVERAGE OF ALL STRUCTURES
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')


分子量: 2467.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*CP*UP*GP*AP*CP*GP*C)-3')


分子量: 2501.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121P.E.COSY
131TOCSY
141P-H COSY

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試料調製

試料状態pH: 7 / 温度: 295 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMX600BrukerAMX6006001
Bruker DMX600BrukerDMX6005002
Bruker AMX500BrukerAMX5005003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Discover2.97MSI精密化
BRUKER UXNMRUXNMR構造決定
TRIAD SYBYLSYBYL構造決定
MARDIGRAS構造決定
MSI INSIGHT IIII構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: AVERAGE OF ALL STRUCTURES
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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