PDB-8don: Beta-lactamase CTX-M-14 T215A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8don

タイトル

Beta-lactamase CTX-M-14 T215A

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Beta-lactamase / antibiotic resistance / Beta-lactam / CTX-M-14

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.36 Å

データ登録者

Lu, S. / Palzkill, T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Mutagenesis and structural analysis reveal the CTX-M beta-lactamase active site is optimized for cephalosporin catalysis and drug resistance.
著者: Lu, S. / Montoya, M. / Hu, L. / Neetu, N. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.

履歴

登録	2022年7月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8don.cif.gz	162.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8don.ent.gz	126.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8don.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8don_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8don_full_validation.pdf.gz	441.1 KB	表示
XML形式データ	8don_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	8don_validation.cif.gz	25.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/8don ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/8don	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8dodC 8doeC 8dp4C 8dpqC 8elaC 8elbC 1yltS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

27.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.430, 41.430, 231.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2526- HOH

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 27842.391 Da / 分子数: 1 / 変異: T215A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: CTX-M-14 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: H6UQI0, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.23 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Calcium chloride ,0.1 M HEPES pH 7, 20% (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.11 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年9月11日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.36→35.455 Å / Num. obs: 50984 / % possible obs: 99.58 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 7.87 Å² / R_merge(I) obs: 0.03937 / R_rim(I) all: 0.05568 / Net I/σ(I): 11.76
反射シェル	解像度: 1.36→1.409 Å / R_merge(I) obs: 0.06902 / Mean I/σ(I) obs: 7.92 / Num. unique obs: 5041 / R_rim(I) all: 0.0976

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
MOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YLT

1ylt

解像度: 1.36→35.455 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 13.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1595	2004	3.93 %
R_work	0.1451	48980	-
obs	0.1457	50984	99.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 60.95 Å² / B_iso mean: 12.7934 Å² / B_iso min: 2.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.36→35.455 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1954	0	5	430	2389
B_iso mean	-	-	11.53	23.86	-
残基数	-	-	-	-	262

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
1.3602-1.3942	0.185	141	0.1538	3455
1.3942-1.4319	0.1597	142	0.1451	3482
1.4319-1.474	0.184	139	0.1439	3408
1.474-1.5216	0.1521	143	0.1398	3464
1.5216-1.576	0.1801	141	0.1368	3428
1.576-1.6391	0.1704	139	0.1355	3491
1.6391-1.7137	0.1558	144	0.1397	3483
1.7137-1.804	0.1585	141	0.1399	3476
1.804-1.917	0.1569	141	0.1395	3460
1.917-2.065	0.1457	147	0.1323	3518
2.065-2.2728	0.1638	145	0.1319	3508
2.2728-2.6016	0.1463	144	0.1408	3569
2.6016-3.2774	0.161	149	0.1496	3593

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.435	-0.8526	-0.6433	1.5069	0.3626	1.2772	-0.051	0.1925	-0.048	-0.1622	-0.0888	0.169	0.174	-0.3464	0.0568	0.066	-0.0221	-0.0133	0.1159	-0.0207	0.0557	-12.7828	-11.7752	7.2279
2	0.2445	0.0415	-0.0061	1.1803	0.3686	0.466	-0.0131	0.0062	0.0162	0.0184	-0.069	0.1289	-0.011	-0.152	0.0595	0.047	0.0132	0.0015	0.0651	-0.0078	0.0534	-11.6582	-1.0011	22.0864
3	6.6644	-2.0593	-1.6653	2.2397	0.9235	1.87	-0.0279	-0.365	0.2182	0.2312	0.0379	-0.0445	-0.2534	0.0669	0.0034	0.1452	-0.0225	0.019	0.0704	-0.0043	0.0598	2.6805	15.6582	33.4873
4	0.5358	0.2559	0.3547	1.3259	0.5122	0.8603	-0.0218	0.0535	0.0263	-0.0165	0.0222	-0.1296	-0.1914	0.1337	-0	0.0972	-0.0227	0.0166	0.0515	0.0087	0.0577	6.6737	12.1818	23.6535
5	0.2403	0.0646	0.1192	1.0725	0.3057	0.8007	0.0336	0.0238	-0.0494	0.0209	-0.0172	-0.0737	0.0055	-0.0086	-0.0124	0.0388	0.0049	-0.0018	0.0399	0.0038	0.0437	-2.0455	-2.1466	29.1013
6	0.4911	-0.7297	0.5956	3.3673	-0.9339	0.8593	0.0227	0.0115	0.0359	0.0167	-0.0763	0.2293	-0.1073	-0.2076	0.029	0.0432	0.0304	-0.0043	0.0835	-0.023	0.056	-14.8576	-1.6965	21.7564
7	0.1473	0.1674	0.0937	0.414	-0.0524	0.274	-0.0142	-0.0801	0.0943	-0.1472	-0.0892	0.1778	-0.1353	-0.2341	-0.064	0.1102	0.1511	-0.0286	0.0014	-0.0201	0.096	-13.8592	12.8248	22.6074
8	1.2555	0.8283	-0.4366	1.3367	0.3492	0.6598	-0.0065	0.138	0.1462	-0.391	-0.1125	0.1759	-0.4913	-0.2329	0.1508	0.2111	0.0807	-0.0314	0.1022	-0.0073	0.0738	-7.8233	5.9953	6.2825
9	1.6533	-0.7698	-0.0767	2.2762	0.0666	1.0339	0.0436	0.0963	0.0331	-0.1551	-0.0688	0.0305	-0.1357	-0.0766	-0.0162	0.0575	0.0232	-0.0173	0.04	-0	0.0268	-5.9193	-2.1979	12.2225
10	4.046	-0.103	0.6042	2.9145	-0.2309	3.0963	-0.0069	0.2467	0.0802	-0.2526	-0.0746	0.132	-0.1002	-0.3952	0.0798	0.09	0.0423	-0.0149	0.1259	-0.0098	0.0317	-10.6991	-3.5325	3.7113

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 26 through 50 )	A	26 - 50
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 51 through 86 )	A	51 - 86
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 87 through 101 )	A	87 - 101
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 102 through 129 )	A	102 - 129
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 130 through 179 )	A	130 - 179
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 180 through 194 )	A	180 - 194
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 195 through 212 )	A	195 - 212
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 213 through 229 )	A	213 - 229
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 230 through 275 )	A	230 - 275
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 276 through 290 )	A	276 - 290

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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