PDB-8doe: Crystal Structure of CTX-M-14 N106A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8doe

タイトル

Crystal Structure of CTX-M-14 N106A

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Beta-lactamase / b-lactam antibiotic resistance / mutation

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Lu, S. / Palzkill, T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Mutagenesis and structural analysis reveal the CTX-M beta-lactamase active site is optimized for cephalosporin catalysis and drug resistance.
著者: Lu, S. / Montoya, M. / Hu, L. / Neetu, N. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.

履歴

登録	2022年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8doe.cif.gz	194.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8doe.ent.gz	125.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8doe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8doe_validation.pdf.gz	426.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8doe_full_validation.pdf.gz	427.5 KB	表示
XML形式データ	8doe_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	8doe_validation.cif.gz	25.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/8doe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/8doe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8dodC 8donC 8dp4C 8dpqC 8elaC 8elbC 1yltS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.840, 37.910, 65.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.440, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 27829.391 Da / 分子数: 1 / 変異: N106A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: CTX-M-14 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: H6UQI0, beta-lactamase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.09 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Magnesium chloride ,0.1 M Tris pH 8 20% (w/v), PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.11 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月23日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→48.48 Å / Num. obs: 37847 / % possible obs: 98.46 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 8.41 Å² / R_merge(I) obs: 0.054 / R_rim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 9.12
反射シェル	解像度: 1.5→1.554 Å / R_merge(I) obs: 0.2716 / Num. unique obs: 3704 / R_rim(I) all: 0.3842 / % possible all: 97.22

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX	1.19.2_4158	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YLT

1ylt

解像度: 1.5→48.48 Å / SU ML: 0.105 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.5409
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1652	1900	5.02 %
R_work	0.1446	35947	-
obs	0.1456	37847	98.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→48.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1953	0	0	435	2388

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0101	1982
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2263	2699
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	322
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0117	355
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.7364	282

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.54	0.1948	132	0.165	2505	X-RAY DIFFRACTION	96.95
1.54-1.58	0.1917	134	0.1547	2538	X-RAY DIFFRACTION	97.7
1.58-1.63	0.1557	121	0.1433	2505	X-RAY DIFFRACTION	97.77
1.63-1.68	0.1641	137	0.1441	2560	X-RAY DIFFRACTION	98.36
1.68-1.74	0.1997	161	0.1406	2529	X-RAY DIFFRACTION	98.32
1.74-1.81	0.1615	127	0.1372	2575	X-RAY DIFFRACTION	98.76
1.81-1.89	0.1684	132	0.139	2575	X-RAY DIFFRACTION	98.83
1.89-1.99	0.1614	145	0.1308	2549	X-RAY DIFFRACTION	98.79
1.99-2.11	0.1613	120	0.1295	2583	X-RAY DIFFRACTION	99.01
2.11-2.28	0.1402	155	0.1333	2565	X-RAY DIFFRACTION	99.09
2.28-2.51	0.1507	145	0.1375	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.24
2.51-2.87	0.1601	133	0.1469	2573	X-RAY DIFFRACTION	99.01
2.87-3.61	0.1743	125	0.1501	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.18
3.62-48.48	0.1694	133	0.16	2649	X-RAY DIFFRACTION	97.51

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.72738272176	0.678619391662	0.274774617385	1.04601038224	-0.299846423243	1.33327407588	0.0160905281961	0.178990654045	0.00250545791572	-0.162528349551	-0.0774801921073	-0.114777752462	-0.0594490054016	0.170588806561	0.0273892962053	0.0593619013093	0.0174428306396	0.0269006952125	0.0534014094951	-0.00102011172888	0.0506611518919	23.4455368432	6.96309935401	1.70071616044
2	0.744877433633	0.0283282550032	-0.374676371957	0.314003343885	-0.0237179375494	0.441411211295	0.0165172863214	0.0770837982964	-0.0757605769511	-0.00673544298949	-0.0292158667235	-0.00564758380537	0.0822493769843	-0.048798455471	0.0041316719627	0.0437611825204	0.00184730117598	-0.0011504571172	0.0553696130249	-0.00649847788196	0.045641824814	9.87751594035	0.194166645322	12.1225900472
3	3.99912514834	3.16062919923	2.29206031042	2.62373011316	2.11293019137	2.0301574166	0.134943221751	-0.207107731796	-0.0196158941543	0.197992575129	-0.167649426256	0.0896877904257	0.191247128656	-0.213516881361	0.0464603896306	0.0746343748927	-0.0145706548954	0.0149211473269	0.0815675350909	-0.017881977292	0.0680046008237	-3.13998388737	3.47390607386	33.1626162985
4	0.795402903069	0.0640725531912	-0.0217323277687	0.750125151564	-0.00949708745074	2.2454607174	0.0214405560095	-0.026823268295	0.0875889504366	0.0429060341005	-0.00383228816565	0.0306581477826	-0.13198391993	0.029495051641	-0.0199631945997	0.0506880153085	0.00115724298776	0.00739563850364	0.0300837378087	-0.017122692516	0.0553530257902	3.79930939184	12.0459069901	30.6651717019
5	0.810397296884	-0.156020486766	-0.203296838994	0.450934628421	-0.278458309313	0.436581034049	-0.0343458073302	-0.0248612661534	-0.0464044973827	-0.049660145963	0.0135940600817	0.0181612034581	0.053332004251	0.0558497456604	0.0152596893035	0.0615842372893	0.00647140818563	-0.000733553566675	0.0471886091086	-0.000419567509396	0.0470025239059	12.402292993	-1.8761312173	23.7778682274
6	5.11693424561	-2.14417547674	0.746996340425	1.00645143428	-0.288567125087	0.168652984492	0.0558078621699	0.029748392378	-0.155935525576	-0.0286672011967	-0.0381301561429	0.0844782954623	0.0304840544526	-0.0250459828098	-0.0245954464425	0.0504051280533	0.000608331813742	0.00305811103218	0.0190399817369	0.0026004458175	0.0389082325036	9.0422230016	-1.15384957078	9.04647443894
7	1.50981354348	0.54530261146	-0.332634543659	3.85368063754	0.98005359025	1.4309491031	0.00513385207904	0.0231982764899	0.0423083218268	-0.0539439167664	-0.0254499879999	0.211593528285	-0.00268146906173	-0.220352115202	0.0392219338733	0.0325548786549	-0.0012804117193	-0.00824669365114	0.0529352426851	-0.00317938928444	0.0347234318907	-3.50101936983	4.52962037333	13.2459655559
8	1.09045801616	-0.0674106628503	-0.0562245753669	0.564955543772	-0.0580293113066	0.222517430909	-0.0504120478046	-0.0213261590593	0.19057133082	0.0269118500789	0.000376437157876	0.00775177178828	-0.153842931319	0.00412300770198	0.0381769068778	0.0623264683552	0.00192892731238	-0.0030100241022	0.0390713807045	0.00150779577427	0.0550346764776	11.6676406743	13.3086251313	11.3951654846
9	3.82204180204	-0.239952399763	2.37051375122	0.915139168073	-0.551343926408	2.46706889313	-0.0413102987965	-0.101468199749	0.0979744010125	0.00297457490725	-0.0416691355795	-0.0500831808423	-0.118640934112	0.036380954367	0.0262912852325	0.0315230607316	0.00667053317289	0.0197726459151	0.033345767314	-0.0150395030518	0.0166253702218	17.9515450864	10.1072407131	10.1518532155
10	4.05585534455	-0.395856924536	0.338722619297	3.97238300947	-0.947461267723	6.68820504048	-0.131050464647	0.268230204625	0.137664452603	-0.236417682596	0.0456336337188	0.101581607971	0.00636614618851	-0.142536169622	0.107455057983	0.0565296481279	-0.0267540865368	0.0209249493668	0.0439094559275	0.0243148280601	0.0659423535404	17.7779882342	14.5030411358	2.92048835652

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 26 through 50 )	26 - 50	1 - 25
2	2	chain 'A' and (resid 51 through 86 )	51 - 86	26 - 60
3	3	chain 'A' and (resid 87 through 101 )	87 - 101	61 - 75
4	4	chain 'A' and (resid 102 through 129 )	102 - 129	76 - 103
5	5	chain 'A' and (resid 130 through 179 )	130 - 179	104 - 153
6	6	chain 'A' and (resid 180 through 195 )	180 - 195	154 - 169
7	7	chain 'A' and (resid 196 through 212 )	196 - 212	170 - 186
8	8	chain 'A' and (resid 213 through 251 )	213 - 251	187 - 224
9	9	chain 'A' and (resid 252 through 275 )	252 - 275	225 - 247
10	10	chain 'A' and (resid 276 through 290 )	276 - 290	248 - 262

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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