PDB-8dnq: BRD2-BD1 in complex with cyclic peptide 2.2B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dnq

タイトル

BRD2-BD1 in complex with cyclic peptide 2.2B

要素

Bromodomain-containing protein 2
Cyclic peptide 2.2B

キーワード

TRANSCRIPTION / cyclic peptide / bromodomain / brd2 / BET

機能・相同性

機能・相同性情報

chromatin organization / chromosome / nuclear speck / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Patel, K. / Franck, C. / Mackay, J.P.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Discovery and characterization of cyclic peptides selective for the C-terminal bromodomains of BET family proteins.
著者: Franck, C. / Patel, K. / Walport, L.J. / Christie, M. / Norman, A. / Passioura, T. / Suga, H. / Payne, R.J. / Mackay, J.P.

履歴

登録	2022年7月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.3	2023年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dnq.cif.gz	133 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dnq.ent.gz	102.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dnq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/8dnq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/8dnq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cv4C 8cv5C 8cv6C 8cv7C 3oniS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 2

B: Bromodomain-containing protein 2

C: Cyclic peptide 2.2B

D: Cyclic peptide 2.2B

ヘテロ分子

36.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bromodomain-containing protein 2

C: Cyclic peptide 2.2B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
18.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Bromodomain-containing protein 2

D: Cyclic peptide 2.2B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.682, 54.370, 76.924
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.85, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / BRD2 分子量: 15765.340 Da / 分子数: 2 / 断片: BD1 (UNP residues 65-194) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U3KQA6
#2: タンパク質・ペプチド	Cyclic peptide 2.2B 分子量: 2118.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.41 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M trimethylamine N-oxide dihydrate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 20% w/v PEG2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月8日
放射	モノクロメーター: 0.9537 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→44.37 Å / Num. obs: 29565 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.095 / R_pim(I) all: 0.089 / R_rim(I) all: 0.13 / Χ²: 0.53 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 1.84→1.88 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.701 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1801 / CC_1/2: 0.733 / R_pim(I) all: 0.647 / R_rim(I) all: 0.762 / Χ²: 0.48 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3ONI

3oni

解像度: 1.84→44.37 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2614	1527	5.18 %
R_work	0.2088	-	-
obs	0.2115	29500	98.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.84→44.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2242	0	30	196	2468

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2361
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.827	3195
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.337	323
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	323
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	397

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.84-1.9	0.3509	144	0.3065	2505	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9-1.96	0.3446	145	0.281	2452	X-RAY DIFFRACTION	96
1.96-2.04	0.3242	139	0.2324	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.14	0.3172	155	0.2372	2468	X-RAY DIFFRACTION	96
2.14-2.25	0.2649	142	0.2102	2494	X-RAY DIFFRACTION	97
2.25-2.39	0.2793	118	0.2124	2559	X-RAY DIFFRACTION	98
2.39-2.57	0.2486	128	0.2011	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.83	0.2414	135	0.2048	2557	X-RAY DIFFRACTION	98
2.83-3.24	0.223	135	0.1963	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-4.09	0.2322	155	0.1791	2490	X-RAY DIFFRACTION	96
4.09-44.37	0.2473	131	0.195	2666	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8805	0.1484	-1.2873	2.0331	0.3654	3.5605	0.0281	-0.1727	0.2753	0.3526	0.0058	-0.1063	-0.1038	-0.1432	0.0246	0.2144	0.0204	-0.0361	0.1409	-0.0125	0.1189	-6.0203	-13.7735	-1.7212
2	5.4805	2.6158	2.264	3.5376	3.6204	3.9749	-0.0236	0.0459	-0.0211	-0.1119	0.0292	-0.7423	-0.3096	0.6392	-0.0101	0.1711	-0.0184	0.0175	0.2142	-0.0512	0.2664	4.467	-19.5192	-15.0961
3	2.2111	-1.0848	0.4881	0.6877	-0.7718	1.9798	-0.0628	0.1531	0.2328	-0.1682	-0.0084	-0.1913	0.1686	-0.0008	0.0579	0.2459	-0.0355	0.0095	0.1164	0.0092	0.1957	-6.7422	-14.9564	-25.9792
4	0.7891	0.4446	0.5327	1.9294	1.4573	4.5207	-0.1113	-0.0514	0.0644	-0.1466	-0.0511	0.1038	-0.507	-0.3906	0.1867	0.1463	0.0576	-0.0308	0.13	0.0135	0.1477	-12.6165	-14.0829	-16.852
5	0.5832	-0.0366	-0.1037	2.0334	1.3097	3.2795	0.0792	-0.0279	-0.0024	-0.0224	-0.1113	0.0568	-0.0259	-0.4454	0.0265	0.118	-0.0041	-0.0083	0.1348	0.0082	0.1393	-12.0529	-20.1729	-13.2846
6	0.7762	-0.1859	-0.876	0.8521	0.3833	9.0148	-0.1886	-0.1192	-0.0313	0.2096	-0.0065	-0.111	0.2702	0.4733	0.2069	0.1406	0.018	-0.0146	0.0998	-0.002	0.1065	-1.9937	-25.8903	-11.7414
7	6.4416	-4.7296	-1.1064	3.6242	1.5758	3.5729	-0.2357	-0.4686	-0.0168	0.4082	0.2289	0.0417	0.3498	-0.1952	-0.0879	0.316	-0.0359	0.0141	0.2788	0.0106	0.1676	-11.2349	-17.8494	7.2479
8	0.6072	-0.6684	-0.1073	1.3531	0.0043	4.572	0.0374	0.0175	-0.0089	-0.0369	0.0271	-0.0636	0.2563	0.1359	-0.0885	0.1728	0.0031	0.003	0.1158	-0.0031	0.1581	-2.7536	4.1231	-30.366
9	7.1562	-1.1684	5.5904	5.4757	-3.779	7.293	-0.1659	-0.5844	0.173	0.7794	0.1146	-0.0753	0.041	-0.7646	0.0294	0.4107	0.0279	0.0659	0.2045	0.0168	0.1358	-12.3501	5.4439	-7.9817
10	0.3756	-0.0261	0.0792	1.4738	0.8748	2.3629	0.018	0.0239	-0.0236	-0.0089	-0.0733	0.0775	0.1399	-0.2644	0.0549	0.1291	-0.022	0.004	0.1459	0.0032	0.1457	-11.8876	6.0811	-26.8056
11	2.2879	2.3056	2.344	9.2566	1.4393	2.5967	0.079	-0.208	0.1785	0.2807	0.0438	0.2707	0.0142	-0.1776	0.026	0.3136	0.061	0.0486	0.069	-0.0516	0.0792	-7.2693	19.1383	-12.6248
12	0.4367	0.0856	-0.2859	0.9001	0.953	3.0882	-0.1659	0.0075	0.0179	-0.2641	-0.0932	-0.0455	-0.7042	0.5657	0.1366	0.1639	-0.0185	0.0296	0.0967	-0.0001	0.1114	-0.8845	15.4231	-26.9531
13	4.8521	1.2759	1.3195	0.8973	-0.7317	2.8179	0.1017	0.531	-0.0218	-0.3376	0.1372	-0.0292	0.0256	0.2634	-0.2015	0.2633	-0.0055	0.0379	0.2286	0.0006	0.1554	-7.2382	7.3007	-46.9817
14	5.6801	0.8732	0.3006	3.9037	0.1186	4.1873	-0.0087	-0.1253	0.3156	0.3145	0.03	-0.0337	-0.4746	0.217	-0.0034	0.2246	-0.0033	0.0154	0.1504	-0.0139	0.1118	1.6295	-19.0223	-28.1843
15	5.4918	-0.8536	-0.0589	2.702	0.1704	4.3553	-0.0191	-0.0771	-0.2319	0.0456	-0.0573	-0.048	0.6147	0.3688	0.0906	0.301	-0.0042	0.0022	0.1664	0.0269	0.1267	0.4848	8.6009	-10.1984

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 72 through 91 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 92 through 96 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 97 through 112 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 113 through 131 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 132 through 160 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 161 through 179 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 180 through 187 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 71 through 104 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 105 through 112 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 113 through 155 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 156 through 160 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 161 through 179 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 180 through 187 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 1 through 15 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 1 through 15 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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