+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8cv7 | ||||||
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Title | Peptide 2.2E in complex with BRD2-BD2 | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION / Bromodomain Cyclic peptides Acetyl-lysine | ||||||
Function / homology | Function and homology information acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck / protein phosphorylation / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Franck, C. / Mackay, J.P. | ||||||
Funding support | Australia, 1items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2023 Title: Discovery and characterization of cyclic peptides selective for the C-terminal bromodomains of BET family proteins. Authors: Franck, C. / Patel, K. / Walport, L.J. / Christie, M. / Norman, A. / Passioura, T. / Suga, H. / Payne, R.J. / Mackay, J.P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8cv7.cif.gz | 148.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8cv7.ent.gz | 95.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8cv7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8cv7_validation.pdf.gz | 460.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8cv7_full_validation.pdf.gz | 460.2 KB | Display | |
Data in XML | 8cv7_validation.xml.gz | 14.1 KB | Display | |
Data in CIF | 8cv7_validation.cif.gz | 20.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/8cv7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/8cv7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8cv4C 8cv5C 8cv6C 8dnqC 3oniS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13269.201 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: BD2 (UNP residues 300-408) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: BRD2, KIAA9001, RING3 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P25440 #2: Protein/peptide | Mass: 1700.014 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.47 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M sodium fluoride, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 8.5, 20% w/v PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.953735 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 10, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.953735 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→40.64 Å / Num. obs: 39575 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 16.88 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 18.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.63 Å / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 1893 / CC1/2: 0.933 / Rpim(I) all: 0.264 / Rrim(I) all: 0.503 / % possible all: 97 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3ONI Resolution: 1.6→32.12 Å / SU ML: 0.1377 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.0878 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.94 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→32.12 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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