+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8dnq | ||||||
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Title | BRD2-BD1 in complex with cyclic peptide 2.2B | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION / cyclic peptide / bromodomain / brd2 / BET | ||||||
Function / homology | Function and homology information lysine-acetylated histone binding / nuclear speck / chromatin remodeling / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.84 Å | ||||||
Authors | Patel, K. / Franck, C. / Mackay, J.P. | ||||||
Funding support | Australia, 1items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2023 Title: Discovery and characterization of cyclic peptides selective for the C-terminal bromodomains of BET family proteins. Authors: Franck, C. / Patel, K. / Walport, L.J. / Christie, M. / Norman, A. / Passioura, T. / Suga, H. / Payne, R.J. / Mackay, J.P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8dnq.cif.gz | 134 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8dnq.ent.gz | 102.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8dnq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8dnq_validation.pdf.gz | 467 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8dnq_full_validation.pdf.gz | 467.3 KB | Display | |
Data in XML | 8dnq_validation.xml.gz | 14.6 KB | Display | |
Data in CIF | 8dnq_validation.cif.gz | 20.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/8dnq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/8dnq | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8cv4C 8cv5C 8cv6C 8cv7C 3oniS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15765.340 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: BD1 (UNP residues 65-194) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: BRD2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: U3KQA6 #2: Protein/peptide | Mass: 2118.457 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M trimethylamine N-oxide dihydrate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 20% w/v PEG2000 MME |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 8, 2018 |
Radiation | Monochromator: 0.9537 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.84→44.37 Å / Num. obs: 29565 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 3.7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.089 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 0.53 / Net I/σ(I): 6.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.84→1.88 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.701 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1801 / CC1/2: 0.733 / Rpim(I) all: 0.647 / Rrim(I) all: 0.762 / Χ2: 0.48 / % possible all: 97.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3ONI Resolution: 1.84→44.37 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 26.17 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.84→44.37 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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