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- PDB-8dmq: Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain MavL in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dmq
タイトルCrystal structure of Legionella pneumophila macrodomain MavL in complex with ubiquitin vinyl methyl ester
要素
  • MavL
  • Ubiquitin
キーワードANTITOXIN / Macrodomain / ADP-ribose / Covalent complex / Glycohydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-D-ribose binding / symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / host cell cytoplasm / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Macrodomain effector MavL / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / METHYL 4-AMINOBUTANOATE / Tail fiber / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.195 Å
データ登録者Zhang, Z. / Das, C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01GM126296 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)T32AI148103 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Legionella metaeffector MavL reverses ubiquitin ADP-ribosylation via a conserved arginine-specific macrodomain.
著者: Zhang, Z. / Fu, J. / Rack, J.G.M. / Li, C. / Voorneveld, J. / Filippov, D.V. / Ahel, I. / Luo, Z.Q. / Das, C.
履歴
登録2022年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MavL
B: MavL
C: Ubiquitin
D: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,00515
ポリマ－105,4014
非ポリマー1,60411
水7,062392
1
A: MavL
C: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6989
ポリマ－52,7002
非ポリマー9987
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MavL
D: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3076
ポリマ－52,7002
非ポリマー6074
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.719, 108.719, 209.143
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 MavL


分子量: 44180.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZSJ1
#2: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 8519.778 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG47

-
非ポリマー , 5種, 403分子

#3: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H5O7
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-GVE / METHYL 4-AMINOBUTANOATE / 4-アミノ酪酸メチル


タイプ: peptide-like / 分子量: 117.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C5H11NO2
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium citrate, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.195→69.71 Å / Num. obs: 73681 / % possible obs: 99.71 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 39.79 Å2 / CC1/2: 0.978 / Net I/σ(I): 14.95
反射 シェル解像度: 2.195→2.273 Å / Num. unique obs: 7171 / CC1/2: 0.725

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6OMI, 1UBQ

6omi

1ubq


解像度: 2.195→69.71 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2095 3615 4.91 %
Rwork0.1777 70032 -
obs0.1792 73645 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 115.22 Å2 / Biso mean: 46.9195 Å2 / Biso min: 25.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.195→69.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6843 0 109 392 7344
Biso mean--84.76 47.2 -
残基数----888
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.195-2.220.30821380.2361256996
2.22-2.250.2591540.23942629100
2.25-2.290.23151420.22812654100
2.29-2.320.28421570.21942666100
2.32-2.360.22771070.22422724100
2.36-2.40.26211350.21472596100
2.4-2.440.25081310.2172709100
2.44-2.480.26491520.22362666100
2.48-2.530.2751170.22472697100
2.53-2.580.25031230.20542707100
2.58-2.640.25731390.21662642100
2.64-2.70.22661400.20232656100
2.7-2.770.24031530.21192675100
2.77-2.840.2421450.20612675100
2.84-2.920.23771310.21352698100
2.92-3.020.22651600.21112694100
3.02-3.130.25091520.2212260898
3.13-3.250.28921500.19682670100
3.25-3.40.24181320.1852733100
3.4-3.580.21021400.1652687100
3.58-3.80.21081490.16072721100
3.8-4.10.16681420.14472720100
4.1-4.510.13981060.12672790100
4.51-5.160.14641190.1282767100
5.16-6.50.16571430.1693275999
6.5-69.710.17281580.16092920100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.4168 Å / Origin y: 25.5385 Å / Origin z: -29.5408 Å
111213212223313233
T0.3768 Å20.0015 Å2-0.0349 Å2-0.2618 Å2-0.0044 Å2--0.3433 Å2
L0.3667 °20.1877 °2-0.2574 °2-0.8108 °2-0.4838 °2--0.8879 °2
S-0.0738 Å °-0.0377 Å °0.0607 Å °0.0377 Å °0.0238 Å °-0.128 Å °-0.1467 Å °0.0992 Å °0.0469 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA42 - 409
2X-RAY DIFFRACTION1allA501 - 701
3X-RAY DIFFRACTION1allB41 - 410
4X-RAY DIFFRACTION1allB601 - 801
5X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 75
6X-RAY DIFFRACTION1allC101 - 301
7X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 75
8X-RAY DIFFRACTION1allD101 - 201
9X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 515

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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