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Yorodumi- PDB-8dmp: Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain effector MavL -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8dmp | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain effector MavL | |||||||||
Components | MavL | |||||||||
Keywords | ANTITOXIN / Macrodomain / Effector / Glycohydrolase | |||||||||
| Function / homology | Macrodomain effector MavL / ADP-D-ribose binding / host cell cytoplasm / extracellular region / Uncharacterized protein Function and homology information | |||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.17 Å | |||||||||
Authors | Zhang, Z. / Das, C. | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2024Title: Legionella metaeffector MavL reverses ubiquitin ADP-ribosylation via a conserved arginine-specific macrodomain. Authors: Zhang, Z. / Fu, J. / Rack, J.G.M. / Li, C. / Voorneveld, J. / Filippov, D.V. / Ahel, I. / Luo, Z.Q. / Das, C. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8dmp.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8dmp.ent.gz | 946.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8dmp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/8dmp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/8dmp | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8dmqC ![]() 8dmrC ![]() 8dmsC ![]() 8dmtC ![]() 8dmuC ![]() 6omiS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 44180.664 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.78 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1 M sodium citrate, 18% w/v PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.9792 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 29, 2020 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.17→39.31 Å / Num. obs: 176902 / % possible obs: 99.53 % / Redundancy: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 39.69 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 11.93 |
| Reflection shell | Resolution: 2.17→2.248 Å / Num. unique obs: 17628 / CC1/2: 0.559 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 6OMI Resolution: 2.17→39.31 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 24.33 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 136.06 Å2 / Biso mean: 45.3528 Å2 / Biso min: 27.55 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.17→39.31 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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About Yorodumi




X-RAY DIFFRACTION
United States, 2items
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