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Yorodumi- PDB-8dmp: Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain effector MavL -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8dmp | |||||||||
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Title | Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain effector MavL | |||||||||
Components | MavL | |||||||||
Keywords | ANTITOXIN / Macrodomain / Effector / Glycohydrolase | |||||||||
Function / homology | Uncharacterized protein Function and homology information | |||||||||
Biological species | Legionella pneumophila (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.17 Å | |||||||||
Authors | Zhang, Z. / Das, C. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2024 Title: Legionella metaeffector MavL reverses ubiquitin ADP-ribosylation via a conserved arginine-specific macrodomain. Authors: Zhang, Z. / Fu, J. / Rack, J.G.M. / Li, C. / Voorneveld, J. / Filippov, D.V. / Ahel, I. / Luo, Z.Q. / Das, C. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8dmp.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8dmp.ent.gz | 946.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8dmp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8dmp_validation.pdf.gz | 489.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8dmp_full_validation.pdf.gz | 504.5 KB | Display | |
Data in XML | 8dmp_validation.xml.gz | 108.2 KB | Display | |
Data in CIF | 8dmp_validation.cif.gz | 152.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/8dmp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/8dmp | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8dmqC 8dmrC 8dmsC 8dmtC 8dmuC 6omiS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 44180.664 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Legionella pneumophila (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q5ZSJ1 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1 M sodium citrate, 18% w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 29, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.17→39.31 Å / Num. obs: 176902 / % possible obs: 99.53 % / Redundancy: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 39.69 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 11.93 |
Reflection shell | Resolution: 2.17→2.248 Å / Num. unique obs: 17628 / CC1/2: 0.559 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6OMI Resolution: 2.17→39.31 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 24.33 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 136.06 Å2 / Biso mean: 45.3528 Å2 / Biso min: 27.55 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.17→39.31 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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