PDB-8djg: ADGRL3-lectin domain in complex with an activating synthetic anti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8djg

タイトル

ADGRL3-lectin domain in complex with an activating synthetic antibody fragment

要素

Isoform 2 of Adhesion G protein-coupled receptor L3
sAB Heavy Chain
sAB Light Chain

キーワード

SIGNALING PROTEIN/Immune System / adhesion GPCR / lectin domain / sAB / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-Immune System complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / synapse assembly / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neuron migration / cell-cell junction / carbohydrate binding / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / axon ...
類似検索 - 分子機能

生物種

synthetic construct (人工物)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Kordon, S.P. / Bandekar, S.J. / Arac, D.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM120322	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM134035-01	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	1F32GM142266-01	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Isoform- and ligand-specific modulation of the adhesion GPCR ADGRL3/Latrophilin3 by a synthetic binder.
著者: Kordon, S.P. / Dutka, P. / Adamska, J.M. / Bandekar, S.J. / Leon, K. / Erramilli, S.K. / Adams, B. / Li, J. / Kossiakoff, A.A. / Arac, D.

履歴

登録	2022年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8djg.cif.gz	508.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8djg.ent.gz	355.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8djg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/8djg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/8djg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xwoS 6vhhS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (11) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: sAB Heavy Chain

B: sAB Light Chain

C: sAB Heavy Chain

D: sAB Light Chain

E: Isoform 2 of Adhesion G protein-coupled receptor L3

F: Isoform 2 of Adhesion G protein-coupled receptor L3

ヘテロ分子

122 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: sAB Heavy Chain

B: sAB Light Chain

F: Isoform 2 of Adhesion G protein-coupled receptor L3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
60.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: sAB Heavy Chain

D: sAB Light Chain

E: Isoform 2 of Adhesion G protein-coupled receptor L3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
61.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.799, 97.849, 163.058
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 EF

#3: タンパク質	Isoform 2 of Adhesion G protein-coupled receptor L3 / Calcium-independent alpha-latrotoxin receptor 3 / CIRL-3 / Latrophilin-3 / Lectomedin-3 分子量: 12531.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADGRL3, KIAA0768, LEC3, LPHN3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9HAR2

#3: タンパク質

Isoform 2 of Adhesion G protein-coupled receptor L3 / Calcium-independent alpha-latrotoxin receptor 3 / CIRL-3 / Latrophilin-3 / Lectomedin-3

分子量: 12531.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADGRL3, KIAA0768, LEC3, LPHN3 / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9HAR2

-
抗体 , 2種, 4分子 ACBD

#1: 抗体	sAB Heavy Chain 分子量: 24710.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	sAB Light Chain 分子量: 23327.846 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 13分子

#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.91 % / 解説: tetragonal bipyramids
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 100 mM sodium acetate, 150 mM ammonium sulfate, 20% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月30日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.33→47.51 Å / Num. obs: 56710 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 80.04 Å² / CC_1/2: 0.99 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.038 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 2.33→2.4 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 7.31 / Mean I/σ(I) obs: 0.1 / Num. unique obs: 4563 / CC_1/2: 0.079 / CC star: 0.38 / R_pim(I) all: 7.31 / R_rim(I) all: 10.34 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6VHH, 4XWO

6vhh

4xwo

解像度: 2.65→47.51 Å / SU ML: 0.4402 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.1001
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2739	3521	4.8 %	Random selection
R_work	0.2373	69781	-	-
obs	0.239	38700	99.87 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 104.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→47.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8058	0	34	7	8099

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0121	8268
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.5626	11240
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0973	1256
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0085	1443
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13	2982

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.69	0.3883	133	0.3851	2771	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.69-2.72	0.3919	155	0.3747	2819	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.72-2.77	0.4454	133	0.3724	2726	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.77-2.81	0.4572	122	0.4006	2819	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.81-2.85	0.3994	160	0.4018	2778	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.85-2.9	0.4266	137	0.3906	2798	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.9-2.96	0.4249	140	0.3531	2823	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.96-3.01	0.3598	124	0.3394	2759	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.01-3.07	0.3767	157	0.3347	2814	X-RAY DIFFRACTION	99.66
3.08-3.14	0.3848	136	0.3143	2817	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.14-3.21	0.3366	158	0.2951	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.21-3.3	0.3316	143	0.317	2786	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.3-3.38	0.3547	176	0.2953	2782	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.38-3.48	0.3633	130	0.291	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.6	0.337	143	0.2549	2801	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.6-3.72	0.289	150	0.2555	2814	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.72-3.87	0.2815	128	0.2523	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
3.87-4.05	0.314	157	0.2268	2786	X-RAY DIFFRACTION	99.9
4.05-4.26	0.2659	129	0.2146	2813	X-RAY DIFFRACTION	100
4.26-4.53	0.2815	128	0.1854	2810	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.53-4.88	0.2065	132	0.1718	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
4.88-5.37	0.1763	153	0.1825	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
5.37-6.15	0.2588	137	0.2138	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
6.15-7.74	0.2356	138	0.2173	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
7.74-47.51	0.2001	122	0.2019	2812	X-RAY DIFFRACTION	99.66

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.01347881705	-0.50939956198	-0.167758140987	7.85973360266	-2.45222096703	4.2680534026	0.119515418195	0.139644103894	0.604388745386	0.579600724382	-0.103564411847	-0.821611728522	-0.27688988942	0.346692263749	-0.0313408856132	0.644496155024	-0.14058456096	-0.0594646560472	0.568529684801	0.0726201910386	0.773515306929	23.0909329777	-0.0702958100687	15.4693571314
2	3.75556581473	-0.227414105602	1.40146792483	4.28829050474	-1.52660687981	2.71358943734	0.330766791769	-0.349281342434	0.389435685415	0.789788514158	0.190113779543	0.150343308529	0.29131298092	-0.373869771165	-0.573856362271	1.17035932953	-0.20204092489	-0.058021685001	0.749831152194	0.0766624157991	0.563711908731	14.9636104458	-2.77720400857	19.633461469
3	3.4712754784	-0.600256882445	0.36114756806	0.623531453175	2.03214065343	7.54211316279	-0.884948995684	0.612430475499	0.187982088367	-1.94732685963	0.318595077123	-0.960612627187	-2.91259672862	1.33470332098	0.274268686917	1.34607683375	-0.685982155628	0.103510225313	1.40525591531	0.139549288401	0.599677035017	34.2186174076	-29.4846142364	22.7667904519
4	0.918152243254	-0.668227742508	1.34615703135	3.11667202229	-0.436102463879	2.46614963863	-0.0939310173808	1.3306752555	0.498801811446	-1.10963001428	0.38546967353	-2.38084016445	-1.00788764181	2.6004962128	-0.0793878208013	1.10567241012	-0.925655453543	0.696031455731	2.18744157913	-0.234564636847	0.851289809823	41.6380655398	-33.434675525	19.4914274271
5	3.71447392694	2.21282844711	-0.640091296794	7.5962750988	2.38996642211	1.86904787808	0.350234523809	0.346493187366	-0.157740950175	0.262438148742	0.299945456669	1.89534405621	0.691730130868	-0.358129807587	-0.412518504224	1.56637499568	-0.263822894096	-0.448670155928	0.858264538863	0.28271784682	0.638075344435	4.05658104813	-20.8876491409	11.3677795082
6	3.11859105964	-2.80493858236	1.10014906234	5.965584312	-3.27307053265	1.46806116204	0.400631503716	0.306064973975	-0.0553161786462	-1.16440947256	0.20392942792	0.645776404512	0.172750078414	0.207787711883	-0.512971546018	1.02161375656	-0.140734070706	-0.270566081816	0.812352022391	0.0437694036167	0.564297425757	11.5687692835	-22.2248109207	11.7649007734
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29	3.79320967841	-1.23040836691	3.84068571131	3.46039121412	1.45507656686	6.27915397099	0.10949832145	0.699149562983	-0.594108110033	-0.28769212191	-0.804896228708	0.63197928473	-0.311461816319	0.592285377461	0.12493526272	0.90618298029	0.1051395317	0.0896802911255	1.34575573186	0.57932164209	1.332626844	-1.99936445981	17.3905121856	-15.7693438004

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 31 )	A	A	1 - 31	1 - 31
2	2	chain 'A' and (resid 32 through 131 )	A	A	32 - 131	32 - 131
3	3	chain 'A' and (resid 132 through 189 )	A	A	132 - 189	132 - 183
4	4	chain 'A' and (resid 190 through 228 )	A	A	190 - 228	184 - 222
5	5	chain 'B' and (resid 6 through 39 )	B	C	6 - 39	1 - 31
6	6	chain 'B' and (resid 40 through 129 )	B	C	40 - 129	32 - 121
7	7	chain 'B' and (resid 130 through 215 )	B	C	130 - 215	122 - 207
8	8	chain 'C' and (resid 4 through 20 )	C	D	4 - 20	1 - 17
9	9	chain 'C' and (resid 21 through 86 )	C	D	21 - 86	18 - 83
10	10	chain 'C' and (resid 87 through 131 )	C	D	87 - 131	84 - 128
11	11	chain 'C' and (resid 132 through 155 )	C	D	132 - 155	129 - 150
12	12	chain 'C' and (resid 156 through 189 )	C	D	156 - 189	151 - 184
13	13	chain 'C' and (resid 190 through 215 )	C	D	190 - 215	185 - 210
14	14	chain 'C' and (resid 216 through 228 )	C	D	216 - 228	211 - 223
15	15	chain 'D' and (resid 6 through 49 )	D	G	6 - 49	1 - 44
16	16	chain 'D' and (resid 50 through 129 )	D	G	50 - 129	45 - 124
17	17	chain 'D' and (resid 130 through 215 )	D	G	130 - 215	125 - 210
18	18	chain 'E' and (resid 29 through 36 )	E	K	29 - 36	1 - 8
19	19	chain 'E' and (resid 37 through 49 )	E	K	37 - 49	9 - 21
20	20	chain 'E' and (resid 50 through 91 )	E	K	50 - 91	22 - 63
21	21	chain 'E' and (resid 92 through 100 )	E	K	92 - 100	64 - 72
22	22	chain 'E' and (resid 101 through 115 )	E	K	101 - 115	73 - 87
23	23	chain 'E' and (resid 116 through 126 )	E	K	116 - 126	88 - 98
24	24	chain 'F' and (resid 29 through 44 )	F	L	29 - 44	1 - 16
25	25	chain 'F' and (resid 45 through 69 )	F	L	45 - 69	17 - 41
26	26	chain 'F' and (resid 70 through 80 )	F	L	70 - 80	42 - 52
27	27	chain 'F' and (resid 81 through 91 )	F	L	81 - 91	53 - 63
28	28	chain 'F' and (resid 92 through 115 )	F	L	92 - 115	64 - 87
29	29	chain 'F' and (resid 116 through 127 )	F	L	116 - 127	88 - 99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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