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Yorodumi- PDB-8djg: ADGRL3-lectin domain in complex with an activating synthetic anti... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8djg | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | ADGRL3-lectin domain in complex with an activating synthetic antibody fragment | ||||||||||||
Components |
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Keywords | SIGNALING PROTEIN/Immune System / adhesion GPCR / lectin domain / sAB / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-Immune System complex | ||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationRho-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell adhesion mediator activity / excitatory synapse assembly / : / synapse assembly / molecular condensate scaffold activity / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neuron migration / cell-cell junction ...Rho-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell adhesion mediator activity / excitatory synapse assembly / : / synapse assembly / molecular condensate scaffold activity / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neuron migration / cell-cell junction / carbohydrate binding / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / axon / calcium ion binding / glutamatergic synapse / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
| Biological species | synthetic construct (others) Homo sapiens (human) | ||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.65 Å | ||||||||||||
Authors | Kordon, S.P. / Bandekar, S.J. / Arac, D. | ||||||||||||
| Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2023Title: Isoform- and ligand-specific modulation of the adhesion GPCR ADGRL3/Latrophilin3 by a synthetic binder. Authors: Kordon, S.P. / Dutka, P. / Adamska, J.M. / Bandekar, S.J. / Leon, K. / Erramilli, S.K. / Adams, B. / Li, J. / Kossiakoff, A.A. / Arac, D. | ||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8djg.cif.gz | 508.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8djg.ent.gz | 355.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8djg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8djg_validation.pdf.gz | 501.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8djg_full_validation.pdf.gz | 514.1 KB | Display | |
| Data in XML | 8djg_validation.xml.gz | 37.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 8djg_validation.cif.gz | 51.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/8djg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/8djg | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4xwoS ![]() 6vhhS S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules EF
| #3: Protein | Mass: 12531.232 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ADGRL3, KIAA0768, LEC3, LPHN3 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: Q9HAR2 |
|---|
-Antibody , 2 types, 4 molecules ACBD
| #1: Antibody | Mass: 24710.562 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: ![]() #2: Antibody | Mass: 23327.846 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 4 types, 13 molecules 






| #4: Chemical | | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-PEG / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 54.91 % / Description: tetragonal bipyramids |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 100 mM sodium acetate, 150 mM ammonium sulfate, 20% PEG 4000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 1.033 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 30, 2021 |
| Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.33→47.51 Å / Num. obs: 56710 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 80.04 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 9.3 |
| Reflection shell | Resolution: 2.33→2.4 Å / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 7.31 / Mean I/σ(I) obs: 0.1 / Num. unique obs: 4563 / CC1/2: 0.079 / CC star: 0.38 / Rpim(I) all: 7.31 / Rrim(I) all: 10.34 / % possible all: 99.9 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 6VHH, 4XWO Resolution: 2.65→47.51 Å / SU ML: 0.4402 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 35.1001 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 104.61 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.65→47.51 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
Movie
Controller
About Yorodumi



Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 3items
Citation

PDBj





Trichoplusia ni (cabbage looper)