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- PDB-8djg: ADGRL3-lectin domain in complex with an activating synthetic anti... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8djg | ||||||||||||
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Title | ADGRL3-lectin domain in complex with an activating synthetic antibody fragment | ||||||||||||
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![]() | SIGNALING PROTEIN/Immune System / adhesion GPCR / lectin domain / sAB / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-Immune System complex | ||||||||||||
Function / homology | ![]() cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / synapse assembly / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neuron migration / cell-cell junction / carbohydrate binding / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / axon ...cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / synapse assembly / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neuron migration / cell-cell junction / carbohydrate binding / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / axon / calcium ion binding / glutamatergic synapse / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | synthetic construct (others)![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Kordon, S.P. / Bandekar, S.J. / Arac, D. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Isoform- and ligand-specific modulation of the adhesion GPCR ADGRL3/Latrophilin3 by a synthetic binder. Authors: Kordon, S.P. / Dutka, P. / Adamska, J.M. / Bandekar, S.J. / Leon, K. / Erramilli, S.K. / Adams, B. / Li, J. / Kossiakoff, A.A. / Arac, D. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 508.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 355.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4xwoS ![]() 6vhhS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules EF
#3: Protein | Mass: 12531.232 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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-Antibody , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Antibody | Mass: 24710.562 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 23327.846 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 4 types, 13 molecules 






#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-PEG / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 54.91 % / Description: tetragonal bipyramids |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 100 mM sodium acetate, 150 mM ammonium sulfate, 20% PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 30, 2021 |
Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.33→47.51 Å / Num. obs: 56710 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 80.04 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 9.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.33→2.4 Å / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 7.31 / Mean I/σ(I) obs: 0.1 / Num. unique obs: 4563 / CC1/2: 0.079 / CC star: 0.38 / Rpim(I) all: 7.31 / Rrim(I) all: 10.34 / % possible all: 99.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6VHH, 4XWO Resolution: 2.65→47.51 Å / SU ML: 0.4402 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 35.1001 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 104.61 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.65→47.51 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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