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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dez | |||||||||
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タイトル | Abp2D Receptor Binding Domain ACICU | |||||||||
要素 | Abp2D Receptor Binding Domain | |||||||||
キーワード | CELL ADHESION / Chaperone usher pathway adhesin receptor binding domain | |||||||||
機能・相同性 | Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / pilus / cell adhesion / CITRATE ANION / P pilus assembly protein, pilin FimA 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.29 Å | |||||||||
データ登録者 | Tamadonfar, K.O. / Pinkner, J.P. / Dodson, K.W. / Kalas, V. / Hultgren, S.J. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023 タイトル: Structure-function correlates of fibrinogen binding by Acinetobacter adhesins critical in catheter-associated urinary tract infections. 著者: Tamadonfar, K.O. / Di Venanzio, G. / Pinkner, J.S. / Dodson, K.W. / Kalas, V. / Zimmerman, M.I. / Bazan Villicana, J. / Bowman, G.R. / Feldman, M.F. / Hultgren, S.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dez.cif.gz | 115.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dez.ent.gz | 89.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dez.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/8dez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/8dez | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8df0C 8dkaC 3u4kS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18882.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 株: ACICU / 遺伝子: ACICU_01810 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C600 / 参照: UniProt: A0A7U3Y091 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.68 % |
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結晶化 | 温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Li2SO4, 0.1 M Sodium Citrate and 15% Ethanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.9762 Å |
検出器 | タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2019年9月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.29→47.53 Å / Num. obs: 41674 / % possible obs: 94.96 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 10.38 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.03965 / Rrim(I) all: 0.05607 / Rsym value: 0.05607 / Net I/σ(I): 15.57 |
反射 シェル | 解像度: 1.29→1.336 Å / Rmerge(I) obs: 0.6855 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 5543 / CC1/2: 0.52 / Rrim(I) all: 0.9695 / % possible all: 65.35 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3u4k 解像度: 1.29→47.53 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.79 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 54.01 Å2 / Biso mean: 14.6877 Å2 / Biso min: 6.58 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.29→47.53 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -21.6547 Å / Origin y: 5.208 Å / Origin z: 10.7153 Å
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精密化 TLSグループ |
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