[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-3u4k: Crystal structure of the receptor binding domain of plasmid-born ... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3u4k | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the receptor binding domain of plasmid-born adhesin MrkD1P of Klebsiella pneumoniae | ||||||
![]() | Fimbria adhesin protein | ||||||
![]() | CELL ADHESION / pili adhesion / collagen V binder / pathogenicity / jelly-roll beta barrel fold | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rego, A.T. / Waksman, G. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of the MrkD1P receptor binding domain of Klebsiella pneumoniae and identification of the human collagen V binding interface. Authors: Rego, A.T. / Johnson, J.G. / Geibel, S. / Enguita, F.J. / Clegg, S. / Waksman, G. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 39.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 29.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 423.9 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 425.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 7.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 9.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
---|
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 19452.291 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Receptor domain (UNP residues 21-181) Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: expressed in the Periplasm / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.13 Å3/Da / Density % sol: 60.69 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 Details: 0.1 M Sodium Acetate, 8 % PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 19, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 311 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3→41.81 Å / Num. all: 5317 / Num. obs: 5246 / % possible obs: 98.67 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 20.77 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 23.9258 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
---|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 71.627 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→56.64 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
|