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万見
- PDB-8dka: Abp2D receptor binding domain R86E -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dka
タイトルAbp2D receptor binding domain R86E
要素Abp2D Receptor Binding Domain R86E
キーワードCELL ADHESION / Chaperone usher pathway adhesin receptor binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus
類似検索 - 分子機能
: / MrkD-like receptor binding domain / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / : / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
P pilus assembly protein, pilin FimA
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Tamadonfar, K.O. / Pinkner, J.S. / Dodson, K.W. / Hultgren, S.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R37 AI048689-22 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)T32 AI007172-40 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Structure-function correlates of fibrinogen binding by Acinetobacter adhesins critical in catheter-associated urinary tract infections.
著者: Tamadonfar, K.O. / Di Venanzio, G. / Pinkner, J.S. / Dodson, K.W. / Kalas, V. / Zimmerman, M.I. / Bazan Villicana, J. / Bowman, G.R. / Feldman, M.F. / Hultgren, S.J.
履歴
登録2022年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Abp2D Receptor Binding Domain R86E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8541
ポリマ－18,8541
非ポリマー00
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.438, 51.847, 81.828
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Abp2D Receptor Binding Domain R86E


分子量: 18854.033 Da / 分子数: 1 / 変異: R86E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: ACICU_01810 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C600 / 参照: UniProt: A0A7U3Y091
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.13 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 20% Isopropanol, 16% PEG 4000, and 0.1 M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2021年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→43.8 Å / Num. obs: 12772 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 22.32 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1146 / Rpim(I) all: 0.04693 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 15.46
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.8869 / Mean I/σ(I) obs: 3.17 / Num. unique obs: 1230 / CC1/2: 0.804 / CC star: 0.944 / Rpim(I) all: 0.3571 / Rrim(I) all: 0.9574 / % possible all: 99.92

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8DEZ

8dez


解像度: 1.9→43.796 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2403 581 4.55 %
Rwork0.2117 12187 -
obs0.213 12768 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 114.67 Å2 / Biso mean: 31.5527 Å2 / Biso min: 11.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→43.796 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1238 0 0 25 1263
Biso mean---23.62 -
残基数----165
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.9001-2.09130.27171460.22922976
2.0913-2.39390.28641370.21973003
2.3939-3.01590.26231520.23783030
3.0159-43.7960.20851460.19373178
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.6382 Å / Origin y: 13.156 Å / Origin z: -16.317 Å
111213212223313233
T0.1655 Å20.0244 Å2-0.0204 Å2-0.1359 Å2-0.0054 Å2--0.1524 Å2
L2.5955 °20.6426 °2-2.0421 °2-1.3185 °2-0.1282 °2--3.1835 °2
S-0.0614 Å °0.2345 Å °-0.0342 Å °-0.1894 Å °-0.0317 Å °0.0481 Å °0.0346 Å °-0.384 Å °0.0838 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 166
2X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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