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- PDB-8ddk: CCHFV GP38 Hoti/Kosovo bound with CC5_17 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ddk
タイトルCCHFV GP38 Hoti/Kosovo bound with CC5_17
要素
  • Envelopment polyprotein
  • Heavy Chain CC5-17
  • Light Chain CC5_17
キーワードVIRAL PROTEIN / Crimean-Congo Hemorrhagic Fever / CCHFV / Glycoprotein / GP38 / Hoti / Kosovo / 13G8 / Fab / CC5-17 / mAb
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Nairovirus M polyprotein-like / : / : / : / : / Nairovirus GP38 / Nairovirus, structural glycoprotein Gn / Nairovirus, mucin-like domain / Nairovirus NSm / Hantavirus glycoprotein Gc ...Nairovirus M polyprotein-like / : / : / : / : / Nairovirus GP38 / Nairovirus, structural glycoprotein Gn / Nairovirus, mucin-like domain / Nairovirus NSm / Hantavirus glycoprotein Gc / : / Hantavirus glycoprotein Gc, N-terminal / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Crimean-Congo hemorrhagic fever orthonairovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.86 Å
データ登録者Durie, I.A. / Bergeron, E. / Pegan, S.D. / McGuire, J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI109008 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI151006 米国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA)HDTRA12110005 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural characterization of protective non-neutralizing antibodies targeting Crimean-Congo hemorrhagic fever virus.
著者: Durie, I.A. / Tehrani, Z.R. / Karaaslan, E. / Sorvillo, T.E. / McGuire, J. / Golden, J.W. / Welch, S.R. / Kainulainen, M.H. / Harmon, J.R. / Mousa, J.J. / Gonzalez, D. / Enos, S. / Koksal, I. ...著者: Durie, I.A. / Tehrani, Z.R. / Karaaslan, E. / Sorvillo, T.E. / McGuire, J. / Golden, J.W. / Welch, S.R. / Kainulainen, M.H. / Harmon, J.R. / Mousa, J.J. / Gonzalez, D. / Enos, S. / Koksal, I. / Yilmaz, G. / Karakoc, H.N. / Hamidi, S. / Albay, C. / Spengler, J.R. / Spiropoulou, C.F. / Garrison, A.R. / Sajadi, M.M. / Bergeron, E. / Pegan, S.D.
履歴
登録2022年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heavy Chain CC5-17
B: Light Chain CC5_17
C: Envelopment polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,1815
ポリマ－80,3593
非ポリマー1,8222
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)175.676, 175.676, 92.158
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 Heavy Chain CC5-17


分子量: 26087.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Light Chain CC5_17


分子量: 23203.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 2分子 C

#3: タンパク質 Envelopment polyprotein / M polyprotein


分子量: 31068.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Crimean-Congo hemorrhagic fever orthonairovirus (ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A7T6Y557
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 2種, 2分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3DManpb1-4[DManpa1-3]DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-3-2-2/a4-b1_b3-c1_b4-d1_d3-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.37 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG1000, and 0.1M HEPES pH 6.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.85→50 Å / Num. obs: 13942 / % possible obs: 98.59 % / 冗長度: 7.8 % / CC1/2: 0.881 / Rpim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 3.85→3.92 Å / Num. unique obs: 1363 / CC1/2: 0.763 / CC star: 0.93 / Rpim(I) all: 0.48

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8DC5

8dc5


解像度: 3.86→43.07 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 42.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3347 644 4.7 %
Rwork0.3037 13055 -
obs0.3052 13699 97.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 496.77 Å2 / Biso mean: 247.1599 Å2 / Biso min: 92.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.86→43.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4545 0 122 1 4668
Biso mean--287.49 232.59 -
残基数----578
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.86-4.160.36451020.32882486258895
4.16-4.570.33381260.30852576270298
4.57-5.240.33961360.29042600273698
5.24-6.590.39891330.34232662279599
6.59-43.070.30951470.28982731287897
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.1997 Å / Origin y: -55.4393 Å / Origin z: 0.1314 Å
111213212223313233
T1.9444 Å2-0.2127 Å2-0.2901 Å2-1.6519 Å20.0634 Å2--1.1331 Å2
L2.3462 °23.5355 °20.1527 °2-8.8704 °21.8277 °2--1.4449 °2
S-0.259 Å °-0.0454 Å °0.4813 Å °-1.093 Å °0.113 Å °-0.3725 Å °-1.01 Å °0.4476 Å °0.1338 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 226
2X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 201
3X-RAY DIFFRACTION1allC255 - 517
4X-RAY DIFFRACTION1allC518 - 523
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 4
6X-RAY DIFFRACTION1allF1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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