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- PDB-8dc5: CCHFV GP38 Hoti/Kosovo -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dc5
タイトルCCHFV GP38 Hoti/Kosovo
要素Envelopment polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Crimean-Congo Hemorrhagic Fever / CCHFV / Glycoprotein / GP38 / Hoti / Kosovo
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Nairovirus M polyprotein-like / : / : / : / : / Nairovirus GP38 / Nairovirus, structural glycoprotein Gn / Nairovirus, mucin-like domain / Nairovirus NSm / Hantavirus glycoprotein Gc ...Nairovirus M polyprotein-like / : / : / : / : / Nairovirus GP38 / Nairovirus, structural glycoprotein Gn / Nairovirus, mucin-like domain / Nairovirus NSm / Hantavirus glycoprotein Gc / : / Hantavirus glycoprotein Gc, N-terminal / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Crimean-Congo hemorrhagic fever orthonairovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Durie, I.A. / Bergeron, E. / Pegan, S.D. / McGuire, J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI109008 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI151006 米国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA)HDTRA12110005 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural characterization of protective non-neutralizing antibodies targeting Crimean-Congo hemorrhagic fever virus.
著者: Durie, I.A. / Tehrani, Z.R. / Karaaslan, E. / Sorvillo, T.E. / McGuire, J. / Golden, J.W. / Welch, S.R. / Kainulainen, M.H. / Harmon, J.R. / Mousa, J.J. / Gonzalez, D. / Enos, S. / Koksal, I. ...著者: Durie, I.A. / Tehrani, Z.R. / Karaaslan, E. / Sorvillo, T.E. / McGuire, J. / Golden, J.W. / Welch, S.R. / Kainulainen, M.H. / Harmon, J.R. / Mousa, J.J. / Gonzalez, D. / Enos, S. / Koksal, I. / Yilmaz, G. / Karakoc, H.N. / Hamidi, S. / Albay, C. / Spengler, J.R. / Spiropoulou, C.F. / Garrison, A.R. / Sajadi, M.M. / Bergeron, E. / Pegan, S.D.
履歴
登録2022年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelopment polyprotein
B: Envelopment polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,53010
ポリマ－62,1372
非ポリマー1,3928
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)171.633, 75.322, 62.218
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.410, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-717-

HOH

21B-715-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 258 through 326 or resid 345...
21(chain B and (resid 258 through 326 or resid 345...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 258 through 326 or resid 345...A258 - 326
121(chain A and (resid 258 through 326 or resid 345...A345 - 371
131(chain A and (resid 258 through 326 or resid 345...A378 - 381
141(chain A and (resid 258 through 326 or resid 345...A386 - 407
151(chain A and (resid 258 through 326 or resid 345...A436 - 512
161(chain A and (resid 258 through 326 or resid 345...A514 - 515
211(chain B and (resid 258 through 326 or resid 345...B258 - 326
221(chain B and (resid 258 through 326 or resid 345...B345 - 396
231(chain B and (resid 258 through 326 or resid 345...B401 - 407
241(chain B and (resid 258 through 326 or resid 345...B409 - 414
251(chain B and (resid 258 through 326 or resid 345...B436 - 492
261(chain B and (resid 258 through 326 or resid 345...B501 - 512
271(chain B and (resid 258 through 326 or resid 345...B513 - 514

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要素

#1: タンパク質 Envelopment polyprotein / M polyprotein


分子量: 31068.686 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Crimean-Congo hemorrhagic fever orthonairovirus (ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A7T6Y557
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.91 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.4M NH4I

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 11973 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 108.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 2.759 / Net I/σ(I): 17 / Num. measured all: 42451
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.2-3.263.80.686120.7570.4080.7941.176100
3.26-3.313.70.5735940.8770.3430.6691.349100
3.31-3.383.80.4076060.9410.2440.4751.366100
3.38-3.453.70.3816290.9290.2340.4491.90599.7
3.45-3.523.70.4025740.9340.2460.4722.14399.5
3.52-3.63.70.5646340.9240.3410.662.631100
3.6-3.693.10.2465780.9310.1670.2984.29698.6
3.69-3.793.50.4075950.9310.2530.483.79499.3
3.79-3.913.60.1646290.9710.1020.1932.53299.8
3.91-4.033.60.1555900.9830.0980.1843.41499.3
4.03-4.183.70.1176040.9830.0710.1372.47599.5
4.18-4.343.60.095940.9880.0550.1062.75899.5
4.34-4.543.60.0896180.9890.0550.1053.193100
4.54-4.783.50.0776130.990.0490.0913.55399.2
4.78-5.083.50.0796060.9870.0490.0943.24699.5
5.08-5.473.50.0816040.9880.0510.0963.38299.7
5.47-6.023.50.096070.9880.0560.1063.4799.5
6.02-6.893.50.0946330.9830.0580.1113.04999.7
6.89-8.673.20.0846140.9840.0560.1013.77599.5
8.67-502.90.0914390.9730.0660.1132.54368.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6VKF

6vkf


解像度: 3.21→29.16 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 37.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3032 602 5.07 %
Rwork0.2753 11283 -
obs0.2767 11885 96.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 227.49 Å2 / Biso mean: 121.7082 Å2 / Biso min: 58.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.21→29.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3516 0 60 45 3621
Biso mean--153.94 94.76 -
残基数----436
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1224X-RAY DIFFRACTION8.768TORSIONAL
12B1224X-RAY DIFFRACTION8.768TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.21-3.320.42111490.3363281197
3.54-4.050.37891490.3467281497
4.05-5.090.26631560.2409289199
5.09-29.160.27571480.2598276793
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.2886 Å / Origin y: -20.2044 Å / Origin z: -8.3918 Å
111213212223313233
T0.6074 Å20.0048 Å2-0.0192 Å2-0.7045 Å2-0.0383 Å2--0.6192 Å2
L1.7434 °2-0.2509 °2-0.4328 °2-1.3425 °20.1507 °2--1.8642 °2
S0.1418 Å °-0.0173 Å °0.0337 Å °-0.0361 Å °-0.1095 Å °0.0122 Å °0.1234 Å °0.2577 Å °-0.0332 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA257 - 513
2X-RAY DIFFRACTION1allA514 - 515
3X-RAY DIFFRACTION1allB258 - 512
4X-RAY DIFFRACTION1allB513 - 514
5X-RAY DIFFRACTION1allF6 - 342
6X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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