+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8dcy | ||||||||||||
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Title | CCHFV GP38 Hoti/Kosovo bound with 13G8 Fab | ||||||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / Crimean-Congo Hemorrhagic Fever / CCHFV / Glycoprotein / GP38 / Hoti / Kosovo / 13G8 / Fab | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information host cell Golgi membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) Crimean-Congo hemorrhagic fever orthonairovirus | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.62 Å | ||||||||||||
Authors | Durie, I.A. / Bergeron, E. / Pegan, S.D. / McGuire, J. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2022 Title: Structural characterization of protective non-neutralizing antibodies targeting Crimean-Congo hemorrhagic fever virus. Authors: Durie, I.A. / Tehrani, Z.R. / Karaaslan, E. / Sorvillo, T.E. / McGuire, J. / Golden, J.W. / Welch, S.R. / Kainulainen, M.H. / Harmon, J.R. / Mousa, J.J. / Gonzalez, D. / Enos, S. / Koksal, I. ...Authors: Durie, I.A. / Tehrani, Z.R. / Karaaslan, E. / Sorvillo, T.E. / McGuire, J. / Golden, J.W. / Welch, S.R. / Kainulainen, M.H. / Harmon, J.R. / Mousa, J.J. / Gonzalez, D. / Enos, S. / Koksal, I. / Yilmaz, G. / Karakoc, H.N. / Hamidi, S. / Albay, C. / Spengler, J.R. / Spiropoulou, C.F. / Garrison, A.R. / Sajadi, M.M. / Bergeron, E. / Pegan, S.D. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8dcy.cif.gz | 283.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8dcy.ent.gz | 230.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8dcy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/8dcy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/8dcy | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8dc5C 8ddkC 6vkfS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 25154.201 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Homo sapiens (human) | ||||
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#2: Antibody | Mass: 23191.758 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Homo sapiens (human) | ||||
#3: Protein | Mass: 31068.686 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Crimean-Congo hemorrhagic fever orthonairovirus Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: A0A7T6Y557 | ||||
#4: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.56 Å3/Da / Density % sol: 73.03 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 1.1M sodium malonate, 0.1M HEPES pH 7.0, and 0.5% Jeffamine ED-2001 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Sep 30, 2021 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.6→50 Å / Num. obs: 17277 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 184 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.172 / Χ2: 1.499 / Net I/σ(I): 5.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6VKF Resolution: 3.62→45.06 Å / SU ML: 0.58 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 38.87 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 374.87 Å2 / Biso mean: 184.0648 Å2 / Biso min: 74.79 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.62→45.06 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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