PDB-8dcy: CCHFV GP38 Hoti/Kosovo bound with 13G8 Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dcy

タイトル

CCHFV GP38 Hoti/Kosovo bound with 13G8 Fab

要素

13G8 Heavy Chain
13G8 Light Chain
Envelopment polyprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Crimean-Congo Hemorrhagic Fever / CCHFV / Glycoprotein / GP38 / Hoti / Kosovo / 13G8 / Fab

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell Golgi membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Crimean-Congo hemorrhagic fever orthonairovirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.62 Å

データ登録者

Durie, I.A. / Bergeron, E. / Pegan, S.D. / McGuire, J.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01AI109008	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01AI151006	米国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA)	HDTRA12110005	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural characterization of protective non-neutralizing antibodies targeting Crimean-Congo hemorrhagic fever virus.
著者: Durie, I.A. / Tehrani, Z.R. / Karaaslan, E. / Sorvillo, T.E. / McGuire, J. / Golden, J.W. / Welch, S.R. / Kainulainen, M.H. / Harmon, J.R. / Mousa, J.J. / Gonzalez, D. / Enos, S. / Koksal, I. ...

履歴

登録	2022年6月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dcy.cif.gz	283.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dcy.ent.gz	230.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dcy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/8dcy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/8dcy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8dc5C 8ddkC 6vkfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 13G8 Heavy Chain

B: 13G8 Light Chain

C: Envelopment polyprotein

ヘテロ分子

80.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	175.919, 175.919, 93.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: 抗体

13G8 Heavy Chain

分子量: 25154.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#2: 抗体

13G8 Light Chain

分子量: 23191.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#3: タンパク質

Envelopment polyprotein / M polyprotein

分子量: 31068.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Crimean-Congo hemorrhagic fever orthonairovirus (ウイルス)
発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A7T6Y557

#4: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.03 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.1M sodium malonate, 0.1M HEPES pH 7.0, and 0.5% Jeffamine ED-2001

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年9月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 17277 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.8 % / B_iso Wilson estimate: 184 Å² / R_merge(I) obs: 0.163 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.172 / Χ²: 1.499 / Net I/σ(I): 5.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.6-3.66	10.2	1.741	829	0.78	0.554	1.828	1.395	100
3.66-3.73	11	2.097	867	0.772	0.652	2.198	1.171	100
3.73-3.8	11.2	1.638	826	0.81	0.504	1.715	1.055	100
3.8-3.88	10.9	1.71	854	0.833	0.537	1.794	1.288	100
3.88-3.96	10.9	1.371	838	0.855	0.43	1.438	1.558	100
3.96-4.05	11.1	0.951	850	0.861	0.296	0.997	1.202	100
4.05-4.16	11.1	0.694	836	0.955	0.216	0.727	1.277	100
4.16-4.27	11	0.558	859	0.954	0.174	0.585	1.332	100
4.27-4.39	11	0.385	845	0.979	0.12	0.404	1.535	100
4.39-4.54	11	0.389	853	0.968	0.121	0.408	1.663	100
4.54-4.7	10.9	0.297	858	0.992	0.094	0.311	1.78	100
4.7-4.89	10.9	0.253	857	0.992	0.08	0.266	1.801	100
4.89-5.11	11	0.269	862	0.985	0.084	0.282	1.886	100
5.11-5.38	10.9	0.233	854	0.985	0.074	0.245	1.797	100
5.38-5.71	10.8	0.207	862	0.995	0.066	0.218	1.643	99.9
5.71-6.15	10.8	0.183	877	0.992	0.058	0.192	1.731	99.9
6.15-6.77	10.8	0.159	879	0.993	0.05	0.167	1.686	99.9
6.77-7.75	10.8	0.113	897	0.996	0.035	0.118	1.649	100
7.75-9.75	10.5	0.064	894	0.998	0.02	0.067	1.414	100
9.75-50	9.8	0.055	980	0.999	0.018	0.058	1.099	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データ削減
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6VKF

6vkf

解像度: 3.62→45.06 Å / SU ML: 0.58 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2993	801	4.72 %
R_work	0.2807	16165	-
obs	0.2816	16966	98.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 374.87 Å² / B_iso mean: 184.0648 Å² / B_iso min: 74.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.62→45.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5050	0	56	3	5109
B_iso mean	-	-	173.67	143.21	-
残基数	-	-	-	-	651

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.62-3.84	0.4257	133	0.4201	2487	2620	93
3.84-4.14	0.4464	132	0.3914	2642	2774	99
4.14-4.55	0.3172	135	0.2906	2680	2815	99
4.55-5.21	0.27	127	0.2682	2722	2849	99
5.21-6.56	0.3182	143	0.3005	2728	2871	100
6.56-45.06	0.251	131	0.2381	2906	3037	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5259	2.2783	-2.313	6.8009	-0.3666	2.3714	-0.5884	0.0956	2.2005	-0.9472	1.2039	0.1818	-1.5843	1.4096	-0.5684	3.3104	1.508	0.0914	2.4707	-1.2695	1.5649	-29.0939	-34.5664	35.2524
2	3.9478	-2.2689	2.5043	3.118	-0.9279	4.2065	-1.2237	-1.0049	1.1399	1.4282	0.5325	-0.5296	-0.2493	-0.3704	0.5772	2.8344	0.6497	-0.356	1.5672	-0.1723	1.3409	-20.4031	-41.5787	31.0759
3	5.4209	-3.6514	1.9881	2.7266	0.032	3.1205	-1.299	-0.9779	0.3014	-0.0428	0.5862	1.0473	-1.0693	-0.2986	0.2858	2.3719	0.6039	0.2473	2.5687	-0.1784	1.5959	-36.0054	-27.6096	28.5687
4	7.5315	-3.178	-0.9717	9.4865	-5.8745	4.9564	-0.4744	0.2986	-3.3227	0.6272	3.1952	3.0772	0.2901	-4.1352	-1.9765	2.6878	0.2708	-0.6047	3.1901	-0.3858	3.1727	-65.559	-29.1091	15.7592
5	0.981	-0.6051	0.4619	0.96	0.3468	0.8554	-1.2898	-1.4963	1.5181	0.849	1.1806	-0.8039	-1.1815	0.2965	-1.254	3.7012	3.0889	0.581	3.8092	-0.5478	1.3314	-44.7792	-24.0552	26.1664
6	3.0205	-2.2495	3.5389	5.4718	-2.0538	8.7764	-0.3287	-3.2317	-0.4246	0.4716	1.2441	0.7383	-1.2603	-3.336	-0.7917	3.5121	2.0296	0.1101	3.6629	0.1025	1.5411	-50.4571	-26.3548	26.9231
7	7.3254	-1.6273	1.6198	6.7057	-1.8003	4.4291	-0.4272	0.016	0.1361	0.7754	0.4622	0.2456	-0.6646	0.0239	-0.0059	1.5616	0.4619	0.0426	1.2822	0.1217	1.1355	-29.7725	-52.1041	14.1464
8	7.9926	-3.3632	3.1468	3.9465	-2.4929	4.176	0.0253	-0.8455	-1.5112	0.8096	1.0697	0.4301	0.7203	-0.8241	-1.1998	2.3465	0.5142	-0.0907	2.2563	0.1301	1.2194	-28.6511	-48.8386	16.5943
9	3.8002	-1.689	0.5659	1.2546	-0.6961	0.5324	-0.8535	-0.7013	1.4099	0.4822	0.9213	-0.1517	-2.443	-1.7523	0.3872	2.6853	1.0133	-0.04	2.2572	0.1974	1.5076	-51.549	-28.706	13.4829
10	8.0709	0.1331	0.642	2.4998	-1.816	3.9789	-1.1829	-1.6866	0.9725	1.2205	1.2557	1.9714	-1.5255	-0.6694	-0.1721	2.3434	0.9908	-0.0026	2.0195	0.1301	1.5766	-49.4511	-22.0694	10.5648
11	7.1793	-3.2137	-1.6177	8.7333	1.7276	4.436	-0.8477	0.0468	0.9591	-0.2675	1.2727	-0.2216	-1.2096	-1.8599	0.5357	2.7083	0.8021	-0.0627	2.1681	0.1748	1.6812	-57.8937	-21.9558	4.5458
12	6.8185	-6.6454	4.7488	7.3066	-3.8426	7.1609	-0.9822	-1.318	0.7345	1.5845	0.6369	-0.2998	-1.5637	-0.2684	0.3661	1.5566	0.1966	-0.0558	1.0957	-0.0441	1.0094	-6.4946	-64.2903	36.7404
13	9.2824	-0.996	0.4426	7.0554	1.0514	6.1307	0.0155	-0.3441	-0.1344	-0.311	-0.0828	-0.3234	0.2207	0.6203	0.092	0.9626	0.0114	0.1422	0.8819	0.1063	0.6864	9.7855	-86.3146	35.3751
14	3.8773	-5.5333	3.3662	8.5405	-5.7647	4.1434	1.0022	2.4213	-0.8818	-3.5605	0.2715	-0.9355	1.5376	0.2327	-0.5796	0.9669	-0.0883	0.3469	2.0152	-0.036	0.9537	17.8341	-93.2705	28.1006

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 23 )	A	2 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 107 )	A	24 - 107
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 108 through 131 )	A	108 - 131
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 132 through 143 )	A	132 - 143
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 144 through 161 )	A	144 - 161
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 162 through 219 )	A	162 - 219
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 74 )	B	1 - 74
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 75 through 100 )	B	75 - 100
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 101 through 125 )	B	101 - 125
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 126 through 189 )	B	126 - 189
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 190 through 210 )	B	190 - 210
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 255 through 363 )	C	255 - 363
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 364 through 502 )	C	364 - 502
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 503 through 516 )	C	503 - 516

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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