登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d6m |
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タイトル | Nanorana parkeri saxiphilin:STX (co-crystal) |
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要素 | Saxiphilin |
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キーワード | ANTITOXIN / Saxiphilin / Toxin resistance / Saxitoxin |
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機能・相同性 | Chem-9SL機能・相同性情報 |
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生物種 | Nanorana parkeri (カエル) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å |
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データ登録者 | Zakrzewska, S. / Chen, Z. / Minor, D.L. |
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資金援助 | 米国, 2件 組織 | 認可番号 | 国 |
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Department of Defense (DOD, United States) | HDTRA-1-19-1-0040 | 米国 | Department of Defense (DOD, United States) | HDTRA-1-21-1-10011 | 米国 |
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022 タイトル: Definition of a saxitoxin (STX) binding code enables discovery and characterization of the anuran saxiphilin family. 著者: Chen, Z. / Zakrzewska, S. / Hajare, H.S. / Alvarez-Buylla, A. / Abderemane-Ali, F. / Bogan, M. / Ramirez, D. / O'Connell, L.A. / Du Bois, J. / Minor Jr., D.L. |
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履歴 | 登録 | 2022年6月6日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB |
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改定 1.0 | 2022年11月2日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2023年10月18日 | Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model |
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改定 2.0 | 2024年3月27日 | Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / pdbx_contact_author / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_conf / struct_conn Item: _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description ..._entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used / _software.version / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_conn.pdbx_dist_value 解説: Ligand geometry / 詳細: Reparameterization to correct ligand geometry at C6 / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement |
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