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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8d6q | |||||||||
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Title | Rana catesbeiana saxiphilin mutant - Y558I | |||||||||
![]() | Saxiphilin | |||||||||
![]() | ANTITOXIN / Saxiphilin / Toxin resistance / Saxitoxin | |||||||||
Function / homology | ![]() recycling endosome / iron ion transport / antibacterial humoral response / early endosome / extracellular space / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Lithobates catesbeianus (American bullfrog) | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Chen, Z. / Zakrzewska, S. / Minor, D.L. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Definition of a saxitoxin (STX) binding code enables discovery and characterization of the anuran saxiphilin family. Authors: Chen, Z. / Zakrzewska, S. / Hajare, H.S. / Alvarez-Buylla, A. / Abderemane-Ali, F. / Bogan, M. / Ramirez, D. / O'Connell, L.A. / Du Bois, J. / Minor Jr., D.L. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 653 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 539.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 440.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 460.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 56.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 75.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8d6gC ![]() 8d6mC ![]() 8d6oC ![]() 8d6pC ![]() 8d6sC ![]() 8d6tC ![]() 8d6uC ![]() 6o0fS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 93902.992 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: Y558I Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lithobates catesbeianus (American bullfrog) Production host: ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.5 Å3/Da / Density % sol: 64.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.08-0.2 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% PEG8000, 27% MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 26, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033106 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→47.61 Å / Num. obs: 73319 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 90.35 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Net I/σ(I): 8.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 4504 / CC1/2: 0.419 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 6O0F Resolution: 2.7→47.61 Å / SU ML: 0.51 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 38.87 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 327.98 Å2 / Biso mean: 134.5763 Å2 / Biso min: 62.76 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.7→47.61 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -1.4098 Å / Origin y: 27.9883 Å / Origin z: -32.239 Å
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Refinement TLS group |
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