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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8d6t | |||||||||
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Title | Rana catesbeiana saxiphilin mutant - Y558I:STX (co-crystal) | |||||||||
![]() | Saxiphilin | |||||||||
![]() | ANTITOXIN / Saxiphilin / Toxin resistance / Saxitoxin | |||||||||
Function / homology | ![]() recycling endosome / iron ion transport / antibacterial humoral response / early endosome / extracellular space / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Lithobates catesbeianus (American bullfrog) | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Chen, Z. / Zakrzewska, S. / Minor, D.L. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Definition of a saxitoxin (STX) binding code enables discovery and characterization of the anuran saxiphilin family. Authors: Chen, Z. / Zakrzewska, S. / Hajare, H.S. / Alvarez-Buylla, A. / Abderemane-Ali, F. / Bogan, M. / Ramirez, D. / O'Connell, L.A. / Du Bois, J. / Minor Jr., D.L. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 681.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 556.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 63.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 91.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8d6gC ![]() 8d6mC ![]() 8d6oC ![]() 8d6pC ![]() 8d6qC ![]() 8d6sC ![]() 8d6uC ![]() 6o0fS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 93902.992 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: Y558I Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lithobates catesbeianus (American bullfrog) Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CAC / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.49 Å3/Da / Density % sol: 64.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.08-0.2 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% PEG8000, 27% MPD, STX:Saxiphilin molar ratio 1.1:1 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 26, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033167 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.15→47.5 Å / Num. obs: 142848 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 44.01 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 16.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.19 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 6596 / CC1/2: 0.599 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 6O0F Resolution: 2.15→47.5 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.9 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 198.8 Å2 / Biso mean: 69.0074 Å2 / Biso min: 29.99 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.15→47.5 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -48.5321 Å / Origin y: 24.4613 Å / Origin z: 31.9826 Å
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Refinement TLS group |
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