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- PDB-8d4u: Crystal Structure of Neutrophil Elastase Inhibited by Eap2 from S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d4u
タイトルCrystal Structure of Neutrophil Elastase Inhibited by Eap2 from S. aureus
要素
  • Extracellular Adherence Protein
  • Neutrophil elastase
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / PROTEIN BINDING / Protease Inhibitor / Immune Evasion / Neutrophil / S. aureus / HYDROLASE-INHIBITOR / PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


leukocyte elastase / biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria / neutrophil-mediated killing of fungus / Expression of NOTCH2NL genes / negative regulation of chemotaxis / acute inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / response to yeast / leukocyte migration involved in inflammatory response / negative regulation of interleukin-8 production ...leukocyte elastase / biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria / neutrophil-mediated killing of fungus / Expression of NOTCH2NL genes / negative regulation of chemotaxis / acute inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / response to yeast / leukocyte migration involved in inflammatory response / negative regulation of interleukin-8 production / negative regulation of chemokine production / Antimicrobial peptides / pyroptotic inflammatory response / Activation of Matrix Metalloproteinases / cytokine binding / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / Collagen degradation / extracellular matrix disassembly / Pyroptosis / phagocytosis / response to UV / phagocytic vesicle / Degradation of the extracellular matrix / transcription repressor complex / positive regulation of MAP kinase activity / secretory granule / Regulation of Complement cascade / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / protein catabolic process / positive regulation of immune response / negative regulation of inflammatory response / specific granule lumen / intracellular calcium ion homeostasis / transcription corepressor activity / azurophil granule lumen / peptidase activity / heparin binding / protease binding / : / endopeptidase activity / response to lipopolysaccharide / defense response to bacterium / serine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / Golgi apparatus / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MAP domain / MAP domain / MAP repeat profile. / : / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. ...MAP domain / MAP domain / MAP repeat profile. / : / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Neutrophil elastase / Protein map
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Gido, C.D. / Herdendorf, T.J. / Geisbrecht, B.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R35GM140852 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Characterization of two distinct neutrophil serine protease-binding modes within a Staphylococcus aureus innate immune evasion protein family.
著者: Gido, C.D. / Herdendorf, T.J. / Geisbrecht, B.V.
履歴
登録2022年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutrophil elastase
C: Extracellular Adherence Protein
B: Neutrophil elastase
D: Extracellular Adherence Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0477
ポリマ－68,6854
非ポリマー1,3623
水6,161342
1
A: Neutrophil elastase
C: Extracellular Adherence Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4834
ポリマ－34,3422
非ポリマー1,1412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint14 kcal/mol
Surface area14020 Å2
手法PISA
2
B: Neutrophil elastase
D: Extracellular Adherence Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5643
ポリマ－34,3422
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area14230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.507, 56.009, 86.041
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.050, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-442-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Neutrophil elastase / Bone marrow serine protease / Elastase-2 / Human leukocyte elastase / HLE / Medullasin / PMN elastase


分子量: 23318.982 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-247 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: Neutrophil / Plasmid details: Purified from human sputum / 参照: UniProt: P08246, leukocyte elastase
#2: タンパク質 Extracellular Adherence Protein / Protein map


分子量: 11023.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: map, SAV1938 / プラスミド: pT7HMT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99QS1
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES (pH 7.5), 0.2M Lithium Sulfate, 25%(w/v) PEG-3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 56195 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 24.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.132 / Χ2: 1.027 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 350923
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.974.11.09653460.8180.5091.2131.06894.1
1.97-2.0550.88855520.8690.3960.9751.0497.7
2.05-2.145.70.7756280.8890.3350.8421.06998.2
2.14-2.256.10.54954860.9460.2380.61.06897
2.25-2.397.10.36556800.9760.1470.3941.06699.5
2.39-2.5870.24856650.9850.10.2681.03899.6
2.58-2.846.80.15556990.9930.0630.1671.0199.7
2.84-3.256.40.09755840.9950.0410.1050.95497.5
3.25-4.097.30.06657600.9970.0260.0710.99899.8
4.09-506.80.05257950.9970.0220.0570.99698.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HNE, 1YN3

1hne

1yn3


解像度: 1.9→37.98 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2296 1871 3.55 %
Rwork0.1996 50770 -
obs0.2007 52641 91.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 121.08 Å2 / Biso mean: 46.7506 Å2 / Biso min: 13.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→37.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4784 0 90 342 5216
Biso mean--58.54 40.98 -
残基数----630
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.950.30571040.28672989309371
1.95-2.010.30051250.26263419354481
2.01-2.070.30271330.24133594372785
2.07-2.150.26591400.23363753389388
2.15-2.230.2491400.22023747388789
2.23-2.330.22591520.21433984413694
2.33-2.460.24921500.20264062421296
2.46-2.610.27861520.20774105425797
2.61-2.810.2531530.21614175432899
2.81-3.10.22931500.2154131428197
3.1-3.540.22411550.19724228438398
3.54-4.460.22011570.166342464403100
4.46-37.980.17831600.17834337449798
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1936-0.34330.17640.660.05961.2046-0.0556-0.71560.10920.14230.0661-0.2805-0.11830.48810.11530.1404-0.0129-0.05590.4252-0.01010.2565-13.869718.05610.9326
21.7866-0.077-0.36831.0538-0.3921.5118-0.0062-0.7131-0.1820.17080.0071-0.16950.08760.3624-0.01190.15840.0318-0.07280.37090.04010.2395-17.357711.954411.5809
31.2679-0.3103-0.21881.8570.38621.7372-0.1051-0.5767-0.37340.2140.0907-0.01530.30960.2252-0.00460.15810.0417-0.04630.30170.09890.2526-23.17838.032312.5241
41.94431.2929-0.38291.5157-0.4050.58730.1866-0.15520.35730.19470.05490.0154-0.25170.131-0.0330.3015-0.06090.1059-0.0251-0.08820.4709-38.998737.497212.0264
52.50260.98190.31711.1174-0.85971.3835-0.1048-0.21720.8430.33410.0702-0.2236-0.0740.0874-0.12470.41360.41120.04480.7266-0.07230.7172-49.192738.02029.547
61.4451-0.86190.18185.8066-1.09432.55320.0989-0.45990.68550.5673-0.0917-0.0355-0.62630.11370.06860.4873-0.1674-0.00210.4752-0.11370.375-27.396135.499616.303
78.3662-4.7411-1.56137.3651.74133.10620.0806-0.51090.38650.61830.0540.3273-0.37460.2857-0.11860.3217-0.09090.08820.2512-0.10710.2656-38.92930.669119.2275
80.32811.4419-0.29326.3785-1.12042.14990.2429-0.3360.40480.4795-0.02480.4977-0.2971-0.0195-0.24520.4087-0.11520.15190.3351-0.04740.3704-48.625125.342721.8516
94.26052.806-4.62612.5125-2.8055.1322-0.12680.6228-0.1212-0.05210.21480.31280.3045-0.3644-0.09960.20240.0010.01950.1439-0.03140.2971-40.957426.04739.5687
103.90653.429-4.70473.9782-3.66055.98990.06290.0874-0.1617-0.3062-0.0643-0.06430.0321-0.05510.08290.25640.0241-0.00070.1719-0.03050.2616-32.959426.88795.0157
112.36910.30370.00382.3017-0.2761.99330.0412-0.4150.04560.151-0.03090.0140.00460.2926-0.08460.1786-0.0167-0.00750.2625-0.03160.194-32.092321.08714.4886
127.96360.934-1.40873.5585-1.04923.15280.14860.17210.467-0.09250.04370.2058-0.30980.3035-0.12730.2619-0.05030.04440.1559-0.08090.2568-36.462832.24669.5279
132.0670.2134-0.76431.0649-0.30043.41730.0452-0.58980.03441.0091-0.02820.45330.517-0.15250.06671.2019-0.16040.44560.67730.02440.3025-59.368910.876443.6119
141.3156-0.62061.55680.2972-0.66124.99680.44060.0162-0.13970.16260.01070.0660.87320.00950.23311.6332-0.33950.26920.94740.07320.3457-61.29692.361348.0258
150.6528-0.028-0.16880.3134-0.40080.59670.12390.0868-0.13440.6344-0.28910.9180.4587-1.2112-0.3690.8155-0.21450.41820.9013-0.03880.6603-67.620215.561434.4621
160.44580.3141-0.55840.2526-0.57432.25420.11240.0294-0.07410.6814-0.10130.38840.2825-0.7734-0.30331.142-0.20080.65450.9425-0.05430.6222-68.250414.054745.8813
170.74380.0714-0.35440.7446-0.39310.37590.3079-0.43820.2760.3341-0.0845-0.00320.00010.443-0.06311.44190.0020.28570.7965-0.04410.3488-51.970917.775744.1669
180.68960.6264-0.28532.30070.40894.38890.3604-0.65460.41191.1506-0.06370.1937-0.54150.6697-0.21940.9373-0.12250.21190.6094-0.08070.3217-52.092121.620538.2236
191.2052-0.62680.52130.59030.47034.03480.2242-0.3081-0.15670.7113-0.01960.24320.3636-0.2857-0.13050.5041-0.08840.03450.22830.06950.2832-55.8375-2.749217.1424
202.6417-0.2871-0.79833.73932.15485.98480.0514-0.4653-0.15080.41450.0730.06770.58930.1735-0.1640.3601-0.01310.02920.19610.06110.2367-48.00331.603418.2332
216.46380.9319-1.53083.4232-0.10853.21890.1373-0.03950.1930.3577-0.12670.3291-0.099-0.5422-0.01780.27820.00930.04320.24050.02410.2299-53.02198.411116.131
221.87930.8198-0.06011.90390.33632.78480.2203-0.3213-0.0080.6395-0.22850.42290.3423-0.45620.03370.4328-0.07310.09380.30890.02930.271-55.2756.426922.0929
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 29 through 83 )A29 - 83
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 84 through 188 )A84 - 188
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 189 through 246 )A189 - 246
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 158 through 166 )C158 - 166
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 167 through 174 )C167 - 174
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 175 through 186 )C175 - 186
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 187 through 202 )C187 - 202
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 203 through 211 )C203 - 211
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 212 through 221 )C212 - 221
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 222 through 230 )C222 - 230
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 231 through 242 )C231 - 242
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 243 through 254 )C243 - 254
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 29 through 75 )B29 - 75
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 76 through 95 )B76 - 95
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 96 through 114 )B96 - 114
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 115 through 131 )B115 - 131
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 132 through 168 )B132 - 168
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 169 through 246 )B169 - 246
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 158 through 186 )D158 - 186
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 187 through 202 )D187 - 202
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 203 through 230 )D203 - 230
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 231 through 254 )D231 - 254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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