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- PDB-8d29: Crystal structure of theophylline aptamer - apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d29
タイトルCrystal structure of theophylline aptamer - apo form
要素
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
  • RNA (34-MER)
キーワードRNA/IMMUNE SYSTEM / RNA / aptamer / theophylline / RNA-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Menichelli, E. / Spraggon, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Discovery of small molecules that target a tertiary-structured RNA.
著者: Menichelli, E. / Lam, B.J. / Wang, Y. / Wang, V.S. / Shaffer, J. / Tjhung, K.F. / Bursulaya, B. / Nguyen, T.N. / Vo, T. / Alper, P.B. / McAllister, C.S. / Jones, D.H. / Spraggon, G. / ...著者: Menichelli, E. / Lam, B.J. / Wang, Y. / Wang, V.S. / Shaffer, J. / Tjhung, K.F. / Bursulaya, B. / Nguyen, T.N. / Vo, T. / Alper, P.B. / McAllister, C.S. / Jones, D.H. / Spraggon, G. / Michellys, P.Y. / Joslin, J. / Joyce, G.F. / Rogers, J.
履歴
登録2022年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab heavy chain
B: Fab light chain
C: RNA (34-MER)
D: Fab heavy chain
E: Fab light chain
F: RNA (34-MER)
G: Fab heavy chain
H: Fab heavy chain
I: Fab light chain
J: RNA (34-MER)
L: Fab light chain
R: RNA (34-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,61318
ポリマ－234,39412
非ポリマー2186
水36,8052043
1
A: Fab heavy chain
B: Fab light chain
C: RNA (34-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6775
ポリマ－58,5993
非ポリマー782
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Fab heavy chain
E: Fab light chain
F: RNA (34-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6775
ポリマ－58,5993
非ポリマー782
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Fab heavy chain
I: Fab light chain
J: RNA (34-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6224
ポリマ－58,5993
非ポリマー231
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
R: RNA (34-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6384
ポリマ－58,5993
非ポリマー391
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.151, 92.849, 93.639
Angle α, β, γ (deg.)97.340, 90.320, 106.920
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
RNA鎖 , 1種, 4分子 CFJR

#3: RNA鎖
RNA (34-MER)


分子量: 10927.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
抗体 , 2種, 8分子 ADGHBEIL

#1: 抗体
Fab heavy chain


分子量: 24336.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
Fab light chain


分子量: 23334.836 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 2049分子

#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2043 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8 / 詳細: PEG 3350, citrate bis-Tris propane

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→68.66 Å / Num. obs: 213222 / % possible obs: 93.74 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1327 / Rpim(I) all: 0.07746 / Net I/σ(I): 7.92
反射 シェル解像度: 1.81→1.875 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.8311 / Mean I/σ(I) obs: 2.82 / Num. unique obs: 20808 / CC1/2: 0.705 / CC star: 0.909 / Rpim(I) all: 0.557 / % possible all: 93.93

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6B14

6b14


解像度: 1.81→68.66 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2114 10352 4.95 %
Rwork0.1755 198987 -
obs0.1772 209339 93.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 209.26 Å2 / Biso mean: 36.8604 Å2 / Biso min: 7.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.81→68.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13129 2892 6 2043 18070
Biso mean--28.37 34.46 -
残基数----1868
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.81-1.830.33053500.27846618696894
1.83-1.850.30863440.26166677702194
1.85-1.870.29153530.24016608696194
1.87-1.890.29933540.23746671702594
1.89-1.920.24491590.22233164332347
1.92-1.940.27192840.22465094537884
1.94-1.970.25433210.20766721704295
1.97-20.2453460.26745709195
2-2.030.23763190.19866707702695
2.03-2.070.26753010.21945597589879
2.07-2.10.2543530.21516777713097
2.1-2.140.26253390.18356877721697
2.14-2.180.22873810.18776883726497
2.18-2.230.22043780.18246883726197
2.23-2.270.22243350.18546864719997
2.27-2.330.22463530.17916875722897
2.33-2.390.21193620.1826914727698
2.39-2.450.23263960.18596886728298
2.45-2.520.23463230.17996925724897
2.52-2.60.22043620.17526928729098
2.6-2.70.21973470.17886929727698
2.7-2.80.20913510.17656932728398
2.81-2.930.21143660.17256957732398
2.93-3.090.21933850.18256894727998
3.09-3.280.19493390.16696965730498
3.28-3.530.18073690.15556930729998
3.53-3.890.1933730.15487022739599
3.89-4.450.16353540.13886986734099
4.45-5.610.16053650.13346999736499
5.61-68.660.18573900.17136959734999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0881-2.28740.79095.0536-0.891.50040.15880.04750.067-0.2715-0.1647-0.26970.03270.11810.02920.0829-0.01190.02130.12490.01870.121844.806-4.318-42.949
21.76420.2028-0.02191.3729-0.27431.5228-0.0490.058-0.1022-0.0316-0.0459-0.02890.04080.04750.08550.1076-0.00590.00490.05580.0130.099839.297-15.119-41.102
35.4033-3.7405-1.39775.22752.44882.74620.1290.2379-0.2288-0.1862-0.25230.3264-0.0626-0.36170.16920.0771-0.0304-0.01240.08960.00310.10134.562-11.197-46.039
41.0713-0.64241.22246.04250.54081.59020.0546-0.01470.0235-0.2248-0.12640.2231-0.1487-0.24030.11990.0524-0.01770.00310.10160.00860.077837.026-4.27-43.686
52.1119-0.46560.15464.91140.12762.04170.0435-0.0504-0.3156-0.0839-0.135-0.40320.34440.09090.07890.11880.00970.00760.08810.01290.133842.592-20.923-35.124
63.04082.1738-0.44183.04121.01472.23420.01180.05190.19430.252-0.09360.0117-0.09750.01960.08950.0919-0.0094-0.0280.09240.00360.075345.5965.825-38.57
72.8915-0.27760.98711.1460.09012.41650.0225-0.24640.06750.005-0.0397-0.028-0.02810.10070.02590.0803-0.03050.00510.14740.00770.102359.6311.379-23.899
83.6278-0.24744.7267-0.0294-0.26156.0750.18950.2238-0.0278-0.0471-0.1417-0.03690.17880.4939-0.12110.0906-0.0127-0.00740.24320.00180.148165.42210.532-30.279
93.12214.72784.30557.26436.60645.9840.11320.05420.00050.14630.0977-0.2601-0.12320.4803-0.27460.1625-0.0595-0.00240.29640.00990.176565.42816.073-31.147
102.68751.33320.11321.97090.51280.9460.0862-0.2139-0.03310.1686-0.05260.03570.0885-0.1592-0.04450.1502-0.0155-0.00380.14620.04630.119535.825-16.584-18.73
111.812-0.1250.80351.2653-0.41013.1438-0.0007-0.1865-0.08580.1304-0.0509-0.13980.09380.18470.04370.1248-0.00980.01170.10910.03540.140841.208-19.567-22.064
125.75076.42894.47697.14164.94843.5378-0.13810.0942-0.0101-0.02060.18080.0252-0.14580.13410.01310.1914-0.0221-0.01790.24090.01690.112550.11-4.357-8.749
133.8166-3.09073.52415.5887-6.57437.90850.10380.12050.4017-0.0851-0.3317-0.2696-0.12330.72060.30880.2387-0.0714-0.00650.2151-0.02720.212358.86822.406-20.788
141.0699-0.3926-0.21788.2523-5.48054.17950.0607-0.17970.07410.184-0.06750.2194-0.05560.0394-0.01830.1425-0.0402-0.02390.2089-0.05280.132251.28712.85-11.653
152.58030.4360.14496.13913.20353.3968-0.1069-0.370.4250.5148-0.08980.6359-0.1682-0.16220.1820.22330.0030.02630.2751-0.07260.264846.10320.249-13.431
161.06930.49010.34795.7717-1.84312.69050.0446-0.25520.19830.3661-0.1098-0.0523-0.36850.040.07170.1084-0.04030.02330.208-0.04240.172253.65616.88-11.904
174.46594.2335-1.50136.7227-3.85982.66531.03730.97030.8911-0.73620.84580.2794-0.70860.5811-1.22731.31210.05030.66990.8775-0.02041.003213.079-41.063-25.414
182.7415-0.5462.14373.14090.85742.7978-0.0614-0.2155-0.74060.17880.01020.65160.8023-0.4082-0.02990.3845-0.09080.07190.1817-0.00190.443730.947-37.525-41.753
198.2817-0.7385-1.1643.96910.25445.672-0.3259-0.8228-0.3644-1.01190.2516-0.12340.14791.42380.03411.14070.06840.48650.95840.16170.951112.216-39.273-20.68
201.91921.91080.88776.9123.4933.9830.0375-0.0497-0.0539-0.0012-0.1270.17970.2405-0.2920.09640.1201-0.00010.00570.1170.01740.077315.939-7.334-58.561
211.12840.0509-0.02491.29810.31931.8114-0.02130.0312-0.0855-0.1196-0.0008-0.03660.1199-0.00020.0120.10750.01770.00920.0816-0.0010.078523.242-6.249-63.398
223.2961-2.96660.1483.3174-0.30720.4509-0.1506-0.06690.23640.13640.1003-0.1286-0.023-0.03190.07040.0915-0.00820.00590.09180.00310.090511.86414.834-54.144
233.9791-0.53241.49041.4329-0.75462.2599-0.00570.17950.2655-0.06570.0180.03070.021-0.0612-0.00340.09220.00420.01370.12360.01360.10990.22322.102-62.061
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25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN E AND RESID 2:19 )E2 - 19
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN E AND RESID 20:76 )E20 - 76
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN E AND RESID 77:91 )E77 - 91
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN E AND RESID 92:102 )E92 - 102
29X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN E AND RESID 103:114 )E103 - 114
30X-RAY DIFFRACTION30( CHAIN E AND RESID 115:129 )E115 - 129
31X-RAY DIFFRACTION31( CHAIN E AND RESID 130:151 )E130 - 151
32X-RAY DIFFRACTION32( CHAIN E AND RESID 152:164 )E152 - 164
33X-RAY DIFFRACTION33( CHAIN E AND RESID 165:199 )E165 - 199
34X-RAY DIFFRACTION34( CHAIN E AND RESID 200:214 )E200 - 214
35X-RAY DIFFRACTION35( CHAIN F AND RESID 1:10 )F1 - 10
36X-RAY DIFFRACTION36( CHAIN F AND RESID 11:20 )F11 - 20
37X-RAY DIFFRACTION37( CHAIN F AND RESID 21:25 )F21 - 25
38X-RAY DIFFRACTION38( CHAIN F AND RESID 26:34 )F26 - 34
39X-RAY DIFFRACTION39( CHAIN G AND RESID 4:20 )G4 - 20
40X-RAY DIFFRACTION40( CHAIN G AND RESID 21:63 )G21 - 63
41X-RAY DIFFRACTION41( CHAIN G AND RESID 64:115 )G64 - 115
42X-RAY DIFFRACTION42( CHAIN G AND RESID 116:131 )G116 - 131
43X-RAY DIFFRACTION43( CHAIN G AND RESID 132:202 )G132 - 202
44X-RAY DIFFRACTION44( CHAIN G AND RESID 203:226 )G203 - 226
45X-RAY DIFFRACTION45( CHAIN H AND RESID 4:36 )H4 - 36
46X-RAY DIFFRACTION46( CHAIN H AND RESID 37:94 )H37 - 94
47X-RAY DIFFRACTION47( CHAIN H AND RESID 95:115 )H95 - 115
48X-RAY DIFFRACTION48( CHAIN H AND RESID 116:131 )H116 - 131
49X-RAY DIFFRACTION49( CHAIN H AND RESID 132:146 )H132 - 146
50X-RAY DIFFRACTION50( CHAIN H AND RESID 147:200 )H147 - 200
51X-RAY DIFFRACTION51( CHAIN H AND RESID 201:226 )H201 - 226
52X-RAY DIFFRACTION52( CHAIN I AND RESID 2:103 )I2 - 103
53X-RAY DIFFRACTION53( CHAIN I AND RESID 104:114 )I104 - 114
54X-RAY DIFFRACTION54( CHAIN I AND RESID 115:164 )I115 - 164
55X-RAY DIFFRACTION55( CHAIN I AND RESID 165:214 )I165 - 214
56X-RAY DIFFRACTION56( CHAIN J AND RESID 1:10 )J1 - 10
57X-RAY DIFFRACTION57( CHAIN J AND RESID 11:20 )J11 - 20
58X-RAY DIFFRACTION58( CHAIN J AND RESID 21:25 )J21 - 25
59X-RAY DIFFRACTION59( CHAIN J AND RESID 26:34 )J26 - 34
60X-RAY DIFFRACTION60( CHAIN L AND RESID 2:19 )L2 - 19
61X-RAY DIFFRACTION61( CHAIN L AND RESID 20:76 )L20 - 76
62X-RAY DIFFRACTION62( CHAIN L AND RESID 77:102 )L77 - 102
63X-RAY DIFFRACTION63( CHAIN L AND RESID 103:114 )L103 - 114
64X-RAY DIFFRACTION64( CHAIN L AND RESID 115:129 )L115 - 129
65X-RAY DIFFRACTION65( CHAIN L AND RESID 130:151 )L130 - 151
66X-RAY DIFFRACTION66( CHAIN L AND RESID 152:164 )L152 - 164
67X-RAY DIFFRACTION67( CHAIN L AND RESID 165:215 )L165 - 215
68X-RAY DIFFRACTION68( CHAIN R AND RESID 1:10 )R1 - 10
69X-RAY DIFFRACTION69( CHAIN R AND RESID 11:25 )R11 - 25
70X-RAY DIFFRACTION70( CHAIN R AND RESID 26:34 )R26 - 34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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