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- PDB-8d1w: Crystal structure of Plasmodium falciparum GRP78 in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d1w
タイトルCrystal structure of Plasmodium falciparum GRP78 in complex with (2R,3R,4S,5R)-2-(6-amino-8-((2-chlorobenzyl)amino)-9H-purin-9-yl)-5-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-3,4-diol
要素Chaperone DnaK
キーワードCHAPERONE / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


non-chaperonin molecular chaperone ATPase / ATP-dependent protein folding chaperone / endoplasmic reticulum / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Endoplasmic reticulum chaperone BIP, nucleotide-binding domain / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / ATPase, nucleotide binding domain ...Endoplasmic reticulum chaperone BIP, nucleotide-binding domain / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-{[(2-chlorophenyl)methyl]amino}adenosine / Endoplasmic reticulum chaperone BIP
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Mrozek, A. / Chen, Y. / Antoshchenko, T. / Park, H.W. / Smil, D. / Zepeda, C.A.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Frontiers in Molecular Bioscience / 年: 2022
タイトル: Targeting Plasmodium falciparum GRP78: nucleoside analogues as agents against the malaria chaperone
著者: Mrozek, A. / Park, H.W.
履歴
登録2022年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone DnaK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9594
ポリマ－44,3601
非ポリマー5993
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.288, 84.288, 292.218
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Chaperone DnaK


分子量: 44360.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: isolate Palo Alto / Uganda / 遺伝子: PFUGPA_02944 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W4J0F1
#2: 化合物 ChemComp-HFY / 8-{[(2-chlorophenyl)methyl]amino}adenosine


分子量: 406.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19ClN6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.7 M (NH4)2SO4, 1.2 M Li2SO4, 0.1 M NaCitrate, pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 36996 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.9 % / Rrim(I) all: 0.1 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 28.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Num. unique obs: 5825 / Rrim(I) all: 0.51 / Rsym value: 0.49 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UMB

5umb


解像度: 2.1→45.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 3.481 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22145 1824 4.9 %RANDOM
Rwork0.1897 ---
obs0.19131 35168 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.561 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1 Å20.5 Å20 Å2
2--1 Å2-0 Å2
3----3.24 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→45.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2951 0 38 266 3255
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0133058
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172925
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.781.6434136
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4171.5916803
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2815382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.24123.654156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.70415563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7431517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023495
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02592
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2273.1721524
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2273.1721524
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9394.7361907
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.9384.7351908
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9583.8231533
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.9333.8161525
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.4025.4652218
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.54439.0753383
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.52938.6343321
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 134 -
Rwork0.213 2520 -
obs--99.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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