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- PDB-5umb: Crystal structure of ATPase domain of Malaria GRP78 with ADP bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5umb
タイトルCrystal structure of ATPase domain of Malaria GRP78 with ADP bound
要素Chaperone DnaK
キーワードCHAPERONE / ATPase domain
機能・相同性
機能・相同性情報


non-chaperonin molecular chaperone ATPase / ATP-dependent protein folding chaperone / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Endoplasmic reticulum chaperone BIP, nucleotide-binding domain / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily ...Endoplasmic reticulum chaperone BIP, nucleotide-binding domain / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Endoplasmic reticulum chaperone BIP
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chen, Y. / Antoshchenko, T. / Pizarro, J.C. / Song, J.H. / Park, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
DOD grant 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Repurposing drugs to target the malaria parasite unfolding protein response.
著者: Chen, Y. / Murillo-Solano, C. / Kirkpatrick, M.G. / Antoshchenko, T. / Park, H.W. / Pizarro, J.C.
履歴
登録2017年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone DnaK
B: Chaperone DnaK
C: Chaperone DnaK
D: Chaperone DnaK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,37316
ポリマ－168,1874
非ポリマー2,18612
水8,827490
1
A: Chaperone DnaK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5934
ポリマ－42,0471
非ポリマー5463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Chaperone DnaK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5934
ポリマ－42,0471
非ポリマー5463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Chaperone DnaK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5934
ポリマ－42,0471
非ポリマー5463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Chaperone DnaK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5934
ポリマ－42,0471
非ポリマー5463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.531, 112.264, 93.157
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.130, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Chaperone DnaK


分子量: 42046.844 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 10-387 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫)
株: isolate NF54 / 遺伝子: PFNF54_05546 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: W7JXN5
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 490 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.54 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 30% PEG 8K, 0.2M NH4SO4, 0.1M Na CaCo, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月31日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator (ACCEL DCM) with an indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.08 Å / Num. obs: 76738 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.38 % / Net I/av σ(I): 1.92 / Net I/σ(I): 7.19

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSdata processing
HKL-2000データスケーリング
Coot0.7.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5f1x

5f1x


解像度: 2.3→48.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.857 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.355 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.345 / SU Rfree Blow DPI: 0.24 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.246
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 3841 5.01 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.229 76723 99.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 249.56 Å2 / Biso mean: 33.03 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.5672 Å20 Å2-2.7756 Å2
2---11.6261 Å20 Å2
3---8.059 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→48.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11815 0 132 490 12437
Biso mean--23.34 26.22 -
残基数----1510
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 263 4.84 %
Rwork0.22 5176 -
all0.222 5439 -
obs--96.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7470.2184-0.45660.57110.12210.9307-0.0015-0.0122-0.0595-0.0389-0.0157-0.0195-0.0172-0.06730.0172-0.2170.022-0.0272-0.02350.0206-0.164529.7692-0.410632.6198
20.891-0.1975-0.23480.31530.1691.0818-0.01350.0041-0.04110.0069-0.0267-0.01570.0297-0.01230.0402-0.23220.0033-0.0145-0.01690.0163-0.1811-7.6267-0.3666-11.0894
30.54530.15350.35420.4498-0.12370.7395-0.01890.03240.0231-0.02730.0009-0.0157-0.02190.06090.018-0.21580.0106-0.0080.08820.0234-0.158134.46560.9851-14.0325
40.9123-0.1460.1650.4690.01330.8678-0.00160.00810.0356-0.0027-0.0115-0.0230.0040.00670.0131-0.20410.0067-0.0178-0.05420.0147-0.165572.48820.9521-57.6419
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A27 - 404
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B27 - 404
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C27 - 404
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D28 - 404

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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