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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d11 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of EcDsbA in a complex with 1-methyl-1H-pyrazol-5-amine | |||||||||
要素 | Thiol:disulfide interchange protein DsbA | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / DISULFIDE OXIDOREDUCTASE / REDOX PROTEIN / Microfrag screening / FBDD / Fragment / ANTIMICROBIAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | |||||||||
データ登録者 | Whitehouse, R.L. / Ilyichova, O.V. / Taylor, A.J. | |||||||||
資金援助 | オーストラリア, 2件
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引用 | ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2023 タイトル: Fragment screening libraries for the identification of protein hot spots and their minimal binding pharmacophores. 著者: Whitehouse, R.L. / Alwan, W.S. / Ilyichova, O.V. / Taylor, A.J. / Chandrashekaran, I.R. / Mohanty, B. / Doak, B.C. / Scanlon, M.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8d11.cif.gz | 201.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8d11.ent.gz | 132.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8d11.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8d11_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8d11_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8d11_validation.xml.gz | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8d11_validation.cif.gz | 28.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/8d11 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/8d11 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8cxdC 8cxeC 8czmC 8cznC 8d10C 8d12C 8dg0C 8dg1C 8dg2C 1fvkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.94816199838, 0.0797332525766, 0.307622224915), (-0.313332539172, -0.0730436387915, -0.946830157276), (-0.0530240013963, -0.994136426888, 0.0942402250118)ベクター: ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.94816199838, 0.0797332525766, 0.307622224915), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21155.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / プラスミド: B0013 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEG4 #2: 化合物 | ChemComp-Q2O / #3: 化合物 | ChemComp-CU / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.88 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 11-13 % PEG 8000, 5-7.5% GLYCEROL, 100MM NA CACODYLATE PH6.1, 1MM CuCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95365 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95365 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.69→48.85 Å / Num. obs: 50848 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 25.54 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 0.49 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.69→1.72 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 1.408 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 2383 / CC1/2: 0.485 / Rpim(I) all: 0.927 / Χ2: 0.33 / % possible all: 89.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1FVK 解像度: 1.85→37.11 Å / SU ML: 0.2791 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 25.1005 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.73 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→37.11 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.76561865338 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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