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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d0k | ||||||
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タイトル | Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex bound to 4xTEL-foldback template - PRIM2C advanced PIC | ||||||
要素 |
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キーワード | REPLICATION/DNA / telomere / C-strand / complex / 4xTEL-foldback DNA template / PRIM2C / REPLICATION-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CST complex / positive regulation of DNA primase activity / DNA primase AEP / ribonucleotide binding / telomerase inhibitor activity / DNA replication initiation / telomere maintenance via telomere lengthening / DNA/RNA hybrid binding / Telomere C-strand synthesis initiation / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 ...CST complex / positive regulation of DNA primase activity / DNA primase AEP / ribonucleotide binding / telomerase inhibitor activity / DNA replication initiation / telomere maintenance via telomere lengthening / DNA/RNA hybrid binding / Telomere C-strand synthesis initiation / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / regulation of type I interferon production / Polymerase switching / telomere capping / alpha DNA polymerase:primase complex / Processive synthesis on the lagging strand / single-stranded telomeric DNA binding / DNA primase activity / Removal of the Flap Intermediate / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / primosome complex / G-rich strand telomeric DNA binding / DNA replication, synthesis of primer / lagging strand elongation / mitotic DNA replication initiation / bone marrow development / DNA strand elongation involved in DNA replication / intermediate filament cytoskeleton / hematopoietic stem cell proliferation / DNA synthesis involved in DNA repair / telomeric DNA binding / G1/S-Specific Transcription / leading strand elongation / DNA replication origin binding / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / replicative senescence / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / spleen development / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / telomere maintenance / thymus development / positive regulation of DNA replication / Defective pyroptosis / multicellular organism growth / fibrillar center / double-strand break repair via nonhomologous end joining / nuclear matrix / protein import into nucleus / positive regulation of fibroblast proliferation / nuclear envelope / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA replication / chromosome, telomeric region / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / nucleotide binding / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / nucleolus / protein kinase binding / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.27 Å | ||||||
データ登録者 | He, Q. / Lin, X. / Chavez, B.L. / Agrawal, S. / Lusk, B.L. / Lim, C. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Structures of the human CST-Polα-primase complex bound to telomere templates. 著者: Qixiang He / Xiuhua Lin / Bianca L Chavez / Sourav Agrawal / Benjamin L Lusk / Ci Ji Lim / 要旨: The mammalian DNA polymerase-α-primase (Polα-primase) complex is essential for DNA metabolism, providing the de novo RNA-DNA primer for several DNA replication pathways such as lagging-strand ...The mammalian DNA polymerase-α-primase (Polα-primase) complex is essential for DNA metabolism, providing the de novo RNA-DNA primer for several DNA replication pathways such as lagging-strand synthesis and telomere C-strand fill-in. The physical mechanism underlying how Polα-primase, alone or in partnership with accessory proteins, performs its complicated multistep primer synthesis function is unknown. Here we show that CST, a single-stranded DNA-binding accessory protein complex for Polα-primase, physically organizes the enzyme for efficient primer synthesis. Cryogenic electron microscopy structures of the CST-Polα-primase preinitiation complex (PIC) bound to various types of telomere overhang reveal that template-bound CST partitions the DNA and RNA catalytic centres of Polα-primase into two separate domains and effectively arranges them in RNA-DNA synthesis order. The architecture of the PIC provides a single solution for the multiple structural requirements for the synthesis of RNA-DNA primers by Polα-primase. Several insights into the template-binding specificity of CST, template requirement for assembly of the CST-Polα-primase PIC and activation are also revealed in this study. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8d0k.cif.gz | 724 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8d0k.ent.gz | 567 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8d0k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8d0k_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8d0k_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8d0k_validation.xml.gz | 113.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8d0k_validation.cif.gz | 170.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/8d0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/8d0k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 27107MC 8d0bC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-CST complex subunit ... , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 138030.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q2NKJ3 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 43001.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STN1, OBFC1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9H668 |
#3: タンパク質 | 分子量: 17285.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEN1, C17orf106 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q86WV5 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 DE
#4: タンパク質 | 分子量: 51356.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRIM1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P49642, DNA primase AEP |
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#5: タンパク質 | 分子量: 60266.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRIM2, PRIM2A / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P49643 |
-DNA polymerase alpha ... , 2種, 2分子 FG
#6: タンパク質 | 分子量: 172796.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLA1, POLA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P09884, DNA-directed DNA polymerase |
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#7: タンパク質 | 分子量: 67390.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLA2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q14181 |
-DNA鎖 , 1種, 1分子 H
#8: DNA鎖 | 分子量: 18670.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Residue 1-35 forms a double-stranded DNA hairpin stem at the 5' end of the single-stranded DNA telomeric template. 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1894914083 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human CST-DNA polymerase alpha/primase advanced preinitiation complex bound to 4xTEL-foldback DNA template タイプ: COMPLEX 詳細: Fold-back double-stranded DNA region of the DNA template is not modeled due to structural flexibility. Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.54 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: CHAPSO is only added just before sample vitrification. | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7794 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32550 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: cross coefficient 詳細: Alphafold models were used to dock into the map before coot adjustments and phenix refinement. | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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