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- EMDB-27109: Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27109
タイトルHuman CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex bound to 6xTEL DNA template
マップデータMerged map from three separately local refined domains as described in the manuscript.
試料
  • 複合体: Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex bound to 6xTEL DNA template
    • タンパク質・ペプチド: CTC1
    • タンパク質・ペプチド: STN1
    • タンパク質・ペプチド: TEN1
    • タンパク質・ペプチド: PRIM1
    • タンパク質・ペプチド: PRIM2
    • タンパク質・ペプチド: POLA1
    • タンパク質・ペプチド: POLA2
    • タンパク質・ペプチド: C-6xTEL
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.69 Å
データ登録者He Q / Lin X / Chavez BL / Agrawal S / Lusk BL / Lim C
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00GM131023 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structures of the human CST-Polα-primase complex bound to telomere templates.
著者: Qixiang He / Xiuhua Lin / Bianca L Chavez / Sourav Agrawal / Benjamin L Lusk / Ci Ji Lim /
要旨: The mammalian DNA polymerase-α-primase (Polα-primase) complex is essential for DNA metabolism, providing the de novo RNA-DNA primer for several DNA replication pathways such as lagging-strand ...The mammalian DNA polymerase-α-primase (Polα-primase) complex is essential for DNA metabolism, providing the de novo RNA-DNA primer for several DNA replication pathways such as lagging-strand synthesis and telomere C-strand fill-in. The physical mechanism underlying how Polα-primase, alone or in partnership with accessory proteins, performs its complicated multistep primer synthesis function is unknown. Here we show that CST, a single-stranded DNA-binding accessory protein complex for Polα-primase, physically organizes the enzyme for efficient primer synthesis. Cryogenic electron microscopy structures of the CST-Polα-primase preinitiation complex (PIC) bound to various types of telomere overhang reveal that template-bound CST partitions the DNA and RNA catalytic centres of Polα-primase into two separate domains and effectively arranges them in RNA-DNA synthesis order. The architecture of the PIC provides a single solution for the multiple structural requirements for the synthesis of RNA-DNA primers by Polα-primase. Several insights into the template-binding specificity of CST, template requirement for assembly of the CST-Polα-primase PIC and activation are also revealed in this study.
履歴
登録2022年5月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月22日-
マップ公開2022年6月22日-
更新2023年1月4日-
現状2023年1月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27109.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27109.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Merged map from three separately local refined domains as described in the manuscript.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å		1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å		1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.45
最小 - 最大-0.06699646 - 2.92368
平均 (標準偏差)0.0041496283 (±0.045245603)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 440.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened consensus map

ファイルemd_27109_additional_1.map
注釈Unsharpened consensus map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened consensus map

ファイルemd_27109_additional_2.map
注釈Sharpened consensus map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_27109_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_27109_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex boun...

全体名称: Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex bound to 6xTEL DNA template
要素
  • 複合体: Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex bound to 6xTEL DNA template
    • タンパク質・ペプチド: CTC1
    • タンパク質・ペプチド: STN1
    • タンパク質・ペプチド: TEN1
    • タンパク質・ペプチド: PRIM1
    • タンパク質・ペプチド: PRIM2
    • タンパク質・ペプチド: POLA1
    • タンパク質・ペプチド: POLA2
    • タンパク質・ペプチド: C-6xTEL

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超分子 #1: Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex boun...

超分子名称: Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex bound to 6xTEL DNA template
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 540 KDa

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分子 #1: CTC1

分子名称: CTC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGDYKDHDGD YKDHDIDYKD DDDKSGGSLE AAGRAQVPSS EQAWLEDAQV FIQKTLCPAV KEPNVQLTPL VIDCVKTVWL SQGRNQGSTL PLSYSFVSVQ DLKTHQRLPC CSHLSWSSSA YQAWAQEAGP NGNPLPREQL LLLGTLTDLS ADLEQECRNG SLYVRDNTGV ...文字列:
MGDYKDHDGD YKDHDIDYKD DDDKSGGSLE AAGRAQVPSS EQAWLEDAQV FIQKTLCPAV KEPNVQLTPL VIDCVKTVWL SQGRNQGSTL PLSYSFVSVQ DLKTHQRLPC CSHLSWSSSA YQAWAQEAGP NGNPLPREQL LLLGTLTDLS ADLEQECRNG SLYVRDNTGV LSCELIDLDL SWLGHLFLFP RWSYLPPARW NSSGEGHLEL WDAPVPVFPL TISPGPVTPI PVLYPESASC LLRLRNKLRG VQRNLAGSLV RLSALVKSKQ KAYFILSLGR SHPAVTHVSI IVQVPAQLVW HRALRPGTAY VLTELRVSKI RGQRQHVWMT SQSSRLLLLK PECVQELELE LEGPLLEADP KPLPMPSNSE DKKDPESLVR YSRLLSYSGA VTGVLNEPAG LYELDGQLGL CLAYQQFRGL RRVMRPGVCL QLQDVHLLQS VGGGTRRPVL APCLRGAVLL QSFSRQKPGA HSSRQAYGAS LYEQLVWERQ LGLPLYLWAT KALEELACKL CPHVLRHHQF LQHSSPGSPS LGLQLLAPTL DLLAPPGSPV RNAHNEILEE PHHCPLQKYT RLQTPSSFPT LATLKEEGQR KAWASFDPKA LLPLPEASYL PSCQLNRRLA WSWLCLLPSA FCPAQVLLGV LVASSHKGCL QLRDQSGSLP CLLLAKHSQP LSDPRLIGCL VRAERFQLIV ERDVRSSFPS WKELSMPGFI QKQQARVYVQ FFLADALILP VPRPCLHSAT PSTPQTDPTG PEGPHLGQSR LFLLCHKEAL MKRNFCVPPG ASPEVPKPAL SFYVLGSWLG GTQRKEGTGW GLPEPQGNDD NDQKVHLIFF GSSVRWFEFL HPGQVYRLVA PGPATPMLFE KDGSSCISRR PLELAGCASC LTVQDNWTLE LESSQDIQDV LDANKSLPES SLTDLLSDNF TDSLVSFSAE ILSRTLCEPL VASLWMKLGN TGAMRRCVKL TVALETAECE FPPHLDVYIE DPHLPPSLGL LPGARVHFSQ LEKRVSRSHN VYCCFRSSTY VQVLSFPPET TISVPLPHIY LAELLQGGQS PFQATASCHI VSVFSLQLFW VCAYCTSICR QGKCTRLGST CPTQTAISQA IIRLLVEDGT AEAVVTCRNH HVAAALGLCP REWASLLDFV QVPGRVVLQF AGPGAQLESS ARVDEPMTMF LWTLCTSPSV LRPIVLSFEL ERKPSKIVPL EPPRLQRFQC GELPFLTHVN PRLRLSCLSI RESEYSSSLG ILASSC

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分子 #2: STN1

分子名称: STN1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MHHHHHHQPG SSRCEEETPS LLWGLDPVFL AFAKLYIRDI LDMKESRQVP GVFLYNGHPI KQVDVLGTVI GVRERDAFYS YGVDDSTGVI NCICWKKLNT ESVSAAPSAA RELSLTSQLK KLQETIEQKT KIEIGDTIRV RGSIRTYREE REIHATTYYK VDDPVWNIQI ...文字列:
MHHHHHHQPG SSRCEEETPS LLWGLDPVFL AFAKLYIRDI LDMKESRQVP GVFLYNGHPI KQVDVLGTVI GVRERDAFYS YGVDDSTGVI NCICWKKLNT ESVSAAPSAA RELSLTSQLK KLQETIEQKT KIEIGDTIRV RGSIRTYREE REIHATTYYK VDDPVWNIQI ARMLELPTIY RKVYDQPFHS SALEKEEALS NPGALDLPSL TSLLSEKAKE FLMENRVQSF YQQELEMVES LLSLANQPVI HSASSDQVNF KKDTTSKAIH SIFKNAIQLL QEKGLVFQKD DGFDNLYYVT REDKDLHRKI HRIIQQDCQK PNHMEKGCHF LHILACARLS IRPGLSEAVL QQVLELLEDQ SDIVSTMEHY YTAF

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分子 #3: TEN1

分子名称: TEN1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMGSGI QLPKPGTYYL PWEVSAGQVP DGSTLRTFGR LCLYDMIQSR VTLMAQHGSD QHQVLVCTKL VEPFHAQVGS LYIVLGELQH QQDRGSVVKA RVLTCVEGMN LPLLEQAIRE QRLYKQERGG SQ

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分子 #4: PRIM1

分子名称: PRIM1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGHHHHHHGS GSGSGETFDP TELPELLKLY YRRLFPYSQY YRWLNYGGVI KNYFQHREFS FTLKDDIYIR YQSFNNQSDL EKEMQKMNPY KIDIGAVYSH RPNQHNTVKL GAFQAQEKEL VFDIDMTDYD DVRRCCSSAD ICPKCWTLMT MAIRIIDRAL KEDFGFKHRL ...文字列:
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分子 #5: PRIM2

分子名称: PRIM2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGHHHHHHGS GSGSGEFSGR KWRKLRLAGD QRNASYPHCL QFYLQPPSEN ISLIEFENLA IDRVKLLKSV ENLGVSYVKG TEQYQSKLES ELRKLKFSYR ENLEDEYEPR RRDHISHFIL RLAYCQSEEL RRWFIQQEMD LLRFRFSILP KDKIQDFLKD SQLQFEAISD ...文字列:
MGHHHHHHGS GSGSGEFSGR KWRKLRLAGD QRNASYPHCL QFYLQPPSEN ISLIEFENLA IDRVKLLKSV ENLGVSYVKG TEQYQSKLES ELRKLKFSYR ENLEDEYEPR RRDHISHFIL RLAYCQSEEL RRWFIQQEMD LLRFRFSILP KDKIQDFLKD SQLQFEAISD EEKTLREQEI VASSPSLSGL KLGFESIYKI PFADALDLFR GRKVYLEDGF AYVPLKDIVA IILNEFRAKL SKALALTARS LPAVQSDERL QPLLNHLSHS YTGQDYSTQG NVGKISLDQI DLLSTKSFPP CMRQLHKALR ENHHLRHGGR MQYGLFLKGI GLTLEQALQF WKQEFIKGKM DPDKFDKGYS YNIRHSFGKE GKRTDYTPFS CLKIILSNPP SQGDYHGCPF RHSDPELLKQ KLQSYKISPG GISQILDLVK GTHYQVACQK YFEMIHNVDD CGFSLNHPNQ FFCESQRILN GGKDIKKEPI QPETPQPKPS VQKTKDASSA LASLNSSLEM DMEGLEDYFS EDS

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分子 #6: POLA1

分子名称: POLA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGGSAGDYKD HDGDYKDHDI DYKDDDDKGA SSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KGAGSAPVHG DDSLSDSGSF VSSRARREKK SKKGRQEALE RLKKAKAGEK YKYEVEDFTG VYEEVDEEQY SKLVQARQDD DWIVDDDGIG YVEDGREIFD DDLEDDALDA ...文字列:
MGGSAGDYKD HDGDYKDHDI DYKDDDDKGA SSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KGAGSAPVHG DDSLSDSGSF VSSRARREKK SKKGRQEALE RLKKAKAGEK YKYEVEDFTG VYEEVDEEQY SKLVQARQDD DWIVDDDGIG YVEDGREIFD DDLEDDALDA DEKGKDGKAR NKDKRNVKKL AVTKPNNIKS MFIACAGKKT ADKAVDLSKD GLLGDILQDL NTETPQITPP PVMILKKKRS IGASPNPFSV HTATAVPSGK IASPVSRKEP PLTPVPLKRA EFAGDDVQVE STEEEQESGA MEFEDGDFDE PMEVEEVDLE PMAAKAWDKE SEPAEEVKQE ADSGKGTVSY LGSFLPDVSC WDIDQEGDSS FSVQEVQVDS SHLPLVKGAD EEQVFHFYWL DAYEDQYNQP GVVFLFGKVW IESAETHVSC CVMVKNIERT LYFLPREMKI DLNTGKETGT PISMKDVYEE FDEKIATKYK IMKFKSKPVE KNYAFEIPDV PEKSEYLEVK YSAEMPQLPQ DLKGETFSHV FGTNTSSLEL FLMNRKIKGP CWLEVKSPQL LNQPVSWCKV EAMALKPDLV NVIKDVSPPP LVVMAFSMKT MQNAKNHQNE IIAMAALVHH SFALDKAAPK PPFQSHFCVV SKPKDCIFPY AFKEVIEKKN VKVEVAATER TLLGFFLAKV HKIDPDIIVG HNIYGFELEV LLQRINVCKA PHWSKIGRLK RSNMPKLGGR SGFGERNATC GRMICDVEIS AKELIRCKSY HLSELVQQIL KTERVVIPME NIQNMYSESS QLLYLLEHTW KDAKFILQIM CELNVLPLAL QITNIAGNIM SRTLMGGRSE RNEFLLLHAF YENNYIVPDK QIFRKPQQKL GDEDEEIDGD TNKYKKGRKK AAYAGGLVLD PKVGFYDKFI LLLDFNSLYP SIIQEFNICF TTVQRVASEA QKVTEDGEQE QIPELPDPSL EMGILPREIR KLVERRKQVK QLMKQQDLNP DLILQYDIRQ KALKLTANSM YGCLGFSYSR FYAKPLAALV TYKGREILMH TKEMVQKMNL EVIYGDTDSI MINTNSTNLE EVFKLGNKVK SEVNKLYKLL EIDIDGVFKS LLLLKKKKYA ALVVEPTSDG NYVTKQELKG LDIVRRDWCD LAKDTGNFVI GQILSDQSRD TIVENIQKRL IEIGENVLNG SVPVSQFEIN KALTKDPQDY PDKKSLPHVH VALWINSQGG RKVKAGDTVS YVICQDGSNL TASQRAYAPE QLQKQDNLTI DTQYYLAQQI HPVVARICEP IDGIDAVLIA TWLGLDPTQF RVHHYHKDEE NDALLGGPAQ LTDEEKYRDC ERFKCPCPTC GTENIYDNVF DGSGTDMEPS LYRCSNIDCK ASPLTFTVQL SNKLIMDIRR FIKKYYDGWL ICEEPTCRNR TRHLPLQFSR TGPLCPACMK ATLQPEYSDK SLYTQLCFYR YIFDAECALE KLTTDHEKDK LKKQFFTPKV LQDYRKLKNT AEQFLSRSGY SEVNLSKLFA GCAVKSV

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分子 #7: POLA2

分子名称: POLA2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGHHHHHHGS GSGSGSASAQ QLAEELQIFG LDCEEALIEK LVELCVQYGQ NEEGMVGELI AFCTSTHKVG LTSEILNSFE HEFLSKRLSK ARHSTCKDSG HAGARDIVSI QELIEVEEEE EILLNSYTTP SKGSQKRAIS TPETPLTKRS VSTRSPHQLL SPSSFSPSAT ...文字列:
MGHHHHHHGS GSGSGSASAQ QLAEELQIFG LDCEEALIEK LVELCVQYGQ NEEGMVGELI AFCTSTHKVG LTSEILNSFE HEFLSKRLSK ARHSTCKDSG HAGARDIVSI QELIEVEEEE EILLNSYTTP SKGSQKRAIS TPETPLTKRS VSTRSPHQLL SPSSFSPSAT PSQKYNSRSN RGEVVTSFGL AQGVSWSGRG GAGNISLKVL GCPEALTGSY KSMFQKLPDI REVLTCKIEE LGSELKEHYK IEAFTPLLAP AQEPVTLLGQ IGCDSNGKLN NKSVILEGDR EHSSGAQIPV DLSELKEYSL FPGQVVIMEG INTTGRKLVA TKLYEGVPLP FYQPTEEDAD FEQSMVLVAC GPYTTSDSIT YDPLLDLIAV INHDRPDVCI LFGPFLDAKH EQVENCLLTS PFEDIFKQCL RTIIEGTRSS GSHLVFVPSL RDVHHEPVYP QPPFSYSDLS REDKKQVQFV SEPCSLSING VIFGLTSTDL LFHLGAEEIS SSSGTSDRFS RILKHILTQR SYYPLYPPQE DMAIDYESFY VYAQLPVTPD VLIIPSELRY FVKDVLGCVC VNPGRLTKGQ VGGTFARLYL RRPAADGAER QSPCIAVQVV RI

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分子 #8: C-6xTEL

分子名称: C-6xTEL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
CTTAGGGTTA GGGTTAGGGT TAGGGTTAGG GTTAGGG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
50.0 mMHEPES-Na
150.0 mMNaCl
2.0 mMMgCl2
1.0 mMTCEP
4.0 mMCHAPSO

詳細: CHAPSO is only added just before sample vitrification.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7794 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 98068
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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