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- PDB-8cz8: Novel Anti-Mesothelin Antibodies Enable Crystallography of the In... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cz8
タイトルNovel Anti-Mesothelin Antibodies Enable Crystallography of the Intact Mesothelin Ectodo- main and Engineering of Potent, T cell-engaging Bispecific Therapeutics
要素
  • Mesothelin, cleaved form
  • scFv Anetumab
  • scFv of A12 anti-mesothelin antibody
キーワードANTITUMOR PROTEIN / Antibody (抗体) / complex / tumor associated antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / side of membrane / cell-matrix adhesion / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / 細胞接着 / 小胞体 / ゴルジ体 / 細胞膜 / extracellular region ...Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / side of membrane / cell-matrix adhesion / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / 細胞接着 / 小胞体 / ゴルジ体 / 細胞膜 / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Mesothelin / Stereocilin-related / Mesothelin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Bandaranayake, A.D. / Rupert, P.B. / Lin, I. / Pilat, K. / Ruff, R.O. / Friend, D.J. / Chan, M.K. / Clarke, M. / Carter, J. / Meshinchi, S. ...Bandaranayake, A.D. / Rupert, P.B. / Lin, I. / Pilat, K. / Ruff, R.O. / Friend, D.J. / Chan, M.K. / Clarke, M. / Carter, J. / Meshinchi, S. / Mehlin, C. / Olson, J.M. / Strong, R.K. / Correnti, C.E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Front. Drug Discov. / 年: 2023
タイトル: Novel mesothelin antibodies enable crystallography of the intact mesothelin ectodomain and engineering of potent, T cell-engaging bispecific therapeutics
著者: Lin, I. / Rupert, P.B. / Pilat, K. / Ruff, R.O. / Friend, D.J. / Chan, M.K. / Clarke, M. / Hoffstrom, B.G. / Carter, J. / Meshinchi, S. / Bandaranayake, A.D. / Mehlin, C. / Olson, J.M. / ...著者: Lin, I. / Rupert, P.B. / Pilat, K. / Ruff, R.O. / Friend, D.J. / Chan, M.K. / Clarke, M. / Hoffstrom, B.G. / Carter, J. / Meshinchi, S. / Bandaranayake, A.D. / Mehlin, C. / Olson, J.M. / Strong, R.K. / Correnti, C.E.
履歴
登録2022年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: scFv Anetumab
M: Mesothelin, cleaved form
E: Mesothelin, cleaved form
D: scFv of A12 anti-mesothelin antibody
A: scFv Anetumab
B: scFv of A12 anti-mesothelin antibody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,58612
ポリマ－137,0106
非ポリマー5766
水1,56787
1
C: scFv Anetumab
E: Mesothelin, cleaved form
D: scFv of A12 anti-mesothelin antibody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8897
ポリマ－68,5053
非ポリマー3844
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area25540 Å2
手法PISA
2
M: Mesothelin, cleaved form
A: scFv Anetumab
B: scFv of A12 anti-mesothelin antibody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6975
ポリマ－68,5053
非ポリマー1922
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area25550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.795, 83.795, 230.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21A
12C
22A
13M
23E
14D
24B
15D
25B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEVALVALCA2 - 1102 - 110
21ILEILEVALVALAE2 - 1102 - 110
12GLNGLNSERSERCA128 - 246128 - 246
22GLNGLNSERSERAE128 - 246128 - 246
13THRTHRGLYGLYMB442 - 58911 - 158
23THRTHRGLYGLYEC442 - 58911 - 158
14ASPASPILEILEDD1 - 1061 - 106
24ASPASPILEILEBF1 - 1061 - 106
15SERSERSERSERDD123 - 241123 - 241
25SERSERSERSERBF123 - 241123 - 241

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

-
要素

#1: 抗体 scFv Anetumab


分子量: 25534.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Mesothelin, cleaved form /


分子量: 17676.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSLN, MPF / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13421
#3: 抗体 scFv of A12 anti-mesothelin antibody


分子量: 25294.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.92 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: bicine (9.0), glycerol, ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.78652 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.78652 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 55600 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 30.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.697 / Num. unique obs: 2751 / CC1/2: 0.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F3F

4f3f


解像度: 2.6→45.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 21.137 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.38 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2241 2782 5 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.1918 52762 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 142.09 Å2 / Biso mean: 67.271 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.68 Å2-0.34 Å2-0 Å2
2---0.68 Å20 Å2
3---2.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→45.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9056 0 2427 87 11570
Biso mean--68.76 57.58 -
残基数----878
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0139290
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0188475
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.281.63912628
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1191.57719536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.80151196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.17522.3413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.916151443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1781548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0430.21203
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0210646
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022150
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11C31220.05
12A31220.05
21C33870.06
22A33870.06
31M42170.08
32E42170.08
41D31000.06
42B31000.06
51D34860.06
52B34860.06
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 186 -
Rwork0.332 3861 -
all-4047 -
obs--98.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.11941.373-0.18273.1740.19750.16650.2802-0.03620.22550.2607-0.21030.2933-0.0810.0097-0.06990.1321-0.05860.05690.1855-0.07480.221215.082942.9166-31.1577
22.86132.0351-0.08161.63670.02111.61970.2975-0.3627-0.21460.2275-0.3543-0.08560.08150.14390.05680.2129-0.0681-0.06520.16150.04910.099113.710722.7221-22.7951
30.96830.0886-0.27141.8169-2.08812.4623-0.04420.26320.1821-0.066-0.0981-0.15690.14490.04180.14230.1254-0.03740.00280.22940.05650.148414.01133.3018-59.8014
42.6961-0.4410.72940.7684-0.13661.01540.10930.18290.0996-0.0591-0.14130.00970.110.13010.0320.03460.073-0.00560.25390.06060.1152-11.252246.1351-76.5328
52.9651-1.37520.24461.1548-0.14250.2336-0.5281-0.46410.40350.13070.3463-0.29630.012-0.10090.18180.15190.0959-0.01380.3627-0.07670.1899-7.572651.3415-55.6994
61.2331-0.1810.3662.06770.02670.59590.00350.1519-0.05220.1208-0.04-0.01130.0977-0.11560.03650.14-0.10750.03460.1567-0.06020.105422.49766.5755-31.0379
70.80450.2826-0.49710.81160.03571.2050.01520.07450.00730.0831-0.0438-0.0118-0.1058-0.07890.02860.2218-0.0320.01310.1009-0.02490.108623.984786.5723-22.331
80.60040.20730.3462.06342.39842.89720.07610.1528-0.0369-0.0731-0.15920.0843-0.1743-0.16040.08310.13830.0191-0.01030.27690.02110.031722.620276.5108-59.6033
91.6181-0.21780.05940.67950.39760.7887-0.0442-0.0140.1025-0.05670.0242-0.2019-0.053-0.17910.020.07440.02310.01590.25490.03530.138247.700463.9187-76.1261
102.0011-1.0214-0.05120.98660.01011.1491-0.3205-0.41030.05570.05240.2514-0.0630.0333-0.09580.06910.10870.1023-0.00740.357-0.00920.013743.775758.5118-55.6122
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B1 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2B123 - 241
3X-RAY DIFFRACTION3M442 - 589
4X-RAY DIFFRACTION4A2 - 112
5X-RAY DIFFRACTION5A128 - 246
6X-RAY DIFFRACTION6D1 - 106
7X-RAY DIFFRACTION7D123 - 241
8X-RAY DIFFRACTION8E442 - 589
9X-RAY DIFFRACTION9C1 - 111
10X-RAY DIFFRACTION10C128 - 246

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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