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Yorodumi- PDB-8cyh: Novel Anti-Mesothelin Antibodies Enable Crystallography of the In... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8cyh | ||||||
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Title | Novel Anti-Mesothelin Antibodies Enable Crystallography of the Intact Mesothelin Ectodo- main and Engineering of Potent, T cell-engaging Bispecific Therapeutics | ||||||
Components |
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Keywords | ANTITUMOR PROTEIN / Antibody / complex / tumor associated antigen | ||||||
Function / homology | Function and homology information Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / side of membrane / cell-matrix adhesion / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / Golgi apparatus / cell surface / extracellular region ...Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / side of membrane / cell-matrix adhesion / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / Golgi apparatus / cell surface / extracellular region / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.38 Å | ||||||
Authors | Bandaranayake, A.D. / Rupert, P.B. / Lin, I. / Pilat, K. / Ruff, R.O. / Friend, D.J. / Chan, M.K. / Clarke, M. / Carter, J. / Meshinchi, S. ...Bandaranayake, A.D. / Rupert, P.B. / Lin, I. / Pilat, K. / Ruff, R.O. / Friend, D.J. / Chan, M.K. / Clarke, M. / Carter, J. / Meshinchi, S. / Mehlin, C. / Olson, J.M. / Strong, R.K. / Correnti, C.E. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Front. Drug Discov. / Year: 2023 Title: Novel mesothelin antibodies enable crystallography of the intact mesothelin ectodomain and engineering of potent, T cell-engaging bispecific therapeutics Authors: Lin, I. / Rupert, P.B. / Pilat, K. / Ruff, R.O. / Friend, D.J. / Chan, M.K. / Clarke, M. / Hoffstrom, B.G. / Carter, J. / Meshinchi, S. / Bandaranayake, A.D. / Mehlin, C. / Olson, J.M. / ...Authors: Lin, I. / Rupert, P.B. / Pilat, K. / Ruff, R.O. / Friend, D.J. / Chan, M.K. / Clarke, M. / Hoffstrom, B.G. / Carter, J. / Meshinchi, S. / Bandaranayake, A.D. / Mehlin, C. / Olson, J.M. / Strong, R.K. / Correnti, C.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8cyh.cif.gz | 284.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8cyh.ent.gz | 228.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8cyh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/8cyh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/8cyh | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8cxcC 8cz8C 4f3fS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 23325.744 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) | ||
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#2: Antibody | Mass: 23308.156 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) | ||
#3: Protein | Mass: 36963.203 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MSLN, MPF / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q13421 | ||
#4: Sugar | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.68 Å3/Da / Density % sol: 66.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 / Details: Tris (8.0), sodium citrate, Peg3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 0.97926 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 29, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.35→50 Å / Num. obs: 17506 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.164 / Χ2: 1.851 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 101701 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4F3F Resolution: 3.38→44.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 85.447 / SU ML: 0.542 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.519 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 272.6 Å2 / Biso mean: 118.853 Å2 / Biso min: 78.63 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.38→44.38 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.38→3.465 Å / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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