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- PDB-8cxc: Novel Anti-Mesothelin Antibodies Enable Crystallography of the In... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cxc
タイトルNovel Anti-Mesothelin Antibodies Enable Crystallography of the Intact Mesothelin Ectodo- main and Engineering of Potent, T cell-engaging Bispecific Therapeutics
要素
  • 3F2 Antibody heavy chain
  • 3F2 Antibody light chain
  • Mesothelin, cleaved form
  • scFv Amatuximab
キーワードANTITUMOR PROTEIN / Antibody (抗体) / complex / tumor associated antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / side of membrane / cell-matrix adhesion / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / 細胞接着 / 小胞体 / ゴルジ体 / 細胞膜 / extracellular region ...Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / side of membrane / cell-matrix adhesion / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / 細胞接着 / 小胞体 / ゴルジ体 / 細胞膜 / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Mesothelin / Stereocilin-related / Mesothelin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.31 Å
データ登録者Bandaranayake, A.D. / Rupert, P.B. / Lin, I. / Pilat, K. / Ruff, R.O. / Friend, D.J. / Chan, M.K. / Clarke, M. / Carter, J. / Meshinchi, S. ...Bandaranayake, A.D. / Rupert, P.B. / Lin, I. / Pilat, K. / Ruff, R.O. / Friend, D.J. / Chan, M.K. / Clarke, M. / Carter, J. / Meshinchi, S. / Mehlin, C. / Olson, J.M. / Strong, R.K. / Correnti, C.E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Front. Drug Discov. / 年: 2023
タイトル: Novel mesothelin antibodies enable crystallography of the intact mesothelin ectodomain and engineering of potent, T cell-engaging bispecific therapeutics
著者: Lin, I. / Rupert, P.B. / Pilat, K. / Ruff, R.O. / Friend, D.J. / Chan, M.K. / Clarke, M. / Hoffstrom, B.G. / Carter, J. / Meshinchi, S. / Bandaranayake, A.D. / Mehlin, C. / Olson, J.M. / ...著者: Lin, I. / Rupert, P.B. / Pilat, K. / Ruff, R.O. / Friend, D.J. / Chan, M.K. / Clarke, M. / Hoffstrom, B.G. / Carter, J. / Meshinchi, S. / Bandaranayake, A.D. / Mehlin, C. / Olson, J.M. / Strong, R.K. / Correnti, C.E.
履歴
登録2022年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.02024年5月1日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _entity_poly_seq.entity_id / _entity_poly_seq.num / _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id / _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id / _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_asym_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_asym_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: 3F2 Antibody light chain
H: 3F2 Antibody heavy chain
M: Mesothelin, cleaved form
A: scFv Amatuximab


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,4664
ポリマ－108,4664
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)185.303, 204.175, 123.114
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

#1: 抗体 3F2 Antibody light chain


分子量: 23391.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 3F2 Antibody heavy chain


分子量: 23018.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Mesothelin, cleaved form /


分子量: 36963.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSLN, MPF / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13421
#4: 抗体 scFv Amatuximab


分子量: 25092.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: tris 8.0, zinc chloride, ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.25→50 Å / Num. obs: 13542 / % possible obs: 84.7 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.151 / Χ2: 5.041 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 34767
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
4.25-4.322.50.7846690.2630.5760.9793.4885.5
4.32-4.42.40.6546610.4410.4840.8192.95185.4
4.4-4.492.40.6776540.5770.4910.8433.49383.8
4.49-4.582.50.5416620.7580.3910.6723.73283.1
4.58-4.682.60.4026900.7550.2890.4993.58586.6
4.68-4.792.50.3576750.840.2540.4412.985.2
4.79-4.912.60.3166720.8990.220.3882.67386.9
4.91-5.042.70.2637180.9340.180.3212.67688.4
5.04-5.192.70.2166950.9220.1470.2623.26289.6
5.19-5.352.70.2227000.930.150.273.33488.5
5.35-5.542.70.1866950.9740.1270.2262.74788.8
5.54-5.772.70.2226930.9430.1540.2723.14586.8
5.77-6.032.70.1937010.9260.1350.2373.32386.9
6.03-6.352.60.1676880.9530.1140.2034.61186.4
6.35-6.742.50.1276810.9710.0890.1564.68584.1
6.74-7.262.60.116710.970.0790.1366.10283.9
7.26-7.992.80.086920.9840.0540.0976.38885.6
7.99-9.142.70.0696950.9880.0470.08410.46385.1
9.14-11.492.30.0546570.9930.0420.06912.46779.5
11.49-501.90.0685730.9820.0570.08928.48565.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4f33

4f33


解像度: 4.31→45.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.873 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 142.637 / SU ML: 0.788 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 1.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2997 667 4.9 %RANDOM
Rwork0.2435 ---
obs0.2463 12857 83.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 741.35 Å2 / Biso mean: 263.302 Å2 / Biso min: 100.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.08 Å2-0 Å20 Å2
2---7.25 Å20 Å2
3---12.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.31→45.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6984 0 0 0 6984
残基数----938
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0137172
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176458
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9081.6419781
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1661.57514916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8635933
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.94223.241290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.432151088
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.471524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2969
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028183
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021573
LS精密化 シェル解像度: 4.314→4.426 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 45 -
Rwork0.442 874 -
all-919 -
obs--79.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.67343.49130.71917.06161.6277.44410.56580.05480.1191-0.8301-1.0865-0.28170.608-0.6530.52060.63990.3430.0780.7475-0.03730.11787.31274.00428.833
27.282-4.8945-0.309114.422710.52549.8294-0.03570.36120.7001-0.5618-0.0616-0.1164-0.20080.12020.09730.48460.0366-0.24470.73520.24690.2633-20.76196.31130.051
34.7269-1.7834-2.434612.35534.22158.81290.6982-0.67960.3370.075-0.2167-0.4030.9961-0.4208-0.48150.4177-0.1059-0.01490.4285-0.0390.0419.4978.37850.623
46.52562.66444.21293.84663.623812.54130.60520.0209-0.59270.7077-0.4619-0.01391.6019-0.7525-0.14330.2932-0.1803-0.08610.46560.14550.2133-24.16887.57344.025
511.2533-9.3701-0.60418.10061.43787.05280.34941.2314-1.6286-0.0485-0.5810.99821.69351.1320.23160.5920.3341-0.06850.7161-0.71511.068719.63342.151-27.783
66.2148.10660.592622.36079.09265.93490.9466-0.6043-0.5651-0.1045-0.7305-0.9557-0.79070.0532-0.21610.95950.6782-0.29861.11480.0140.504729.40845.426-11.853
720.58286.6502-10.36694.9044-8.111213.4709-0.0347-0.98151.1975-0.80350.05770.07041.4787-0.0011-0.0230.76610.57010.011.1727-0.12440.320926.81741.0770.876
83.5336-0.2074-0.79354.5421-0.819619.15180.41820.23030.00440.10030.1814-0.7251-0.0288-0.3466-0.59950.42490.5488-0.00130.7675-0.10080.742735.69755.24812.511
93.3601-1.67760.01251.7124-0.345920.8010.4483-0.0232-0.0988-0.12490.171-0.1130.66110.4406-0.61930.50040.5173-0.11350.6342-0.04640.456730.20958.67936.964
109.2746-0.2164.6680.4111-0.84083.88552.07832.2188-3.6048-0.431-0.06580.09652.20820.4568-2.01242.557-0.7641-0.95992.1028-1.16392.1996-9.51333.978-34.168
1113.6787-5.4356-1.326212.6346-0.51149.68970.3275-0.9866-1.0402-0.8373-0.49390.90062.0467-1.4310.16650.5446-0.3163-0.05780.48770.01130.1132-3.77747.994-16.712
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L2 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2L108 - 212
3X-RAY DIFFRACTION3H1 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4H120 - 220
5X-RAY DIFFRACTION5M302 - 361
6X-RAY DIFFRACTION6M362 - 404
7X-RAY DIFFRACTION7M405 - 431
8X-RAY DIFFRACTION8M432 - 506
9X-RAY DIFFRACTION9M507 - 589
10X-RAY DIFFRACTION10A2 - 108
11X-RAY DIFFRACTION11B2 - 118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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