PDB-8cvh: Structure of L289F Hyoscyamine 6-beta Hydroxylase in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cvh

タイトル

Structure of L289F Hyoscyamine 6-beta Hydroxylase in complex with vanadyl, succinate, and 6-OH-hyoscyamine

要素

Hyoscyamine 6-beta-hydroxylase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / oxacyclase / scopolamine / epoxide

機能・相同性

機能・相同性情報

hyoscyamine (6S)-dioxygenase / hyoscyamine (6S)-dioxygenase activity / coumarin biosynthetic process / response to molecule of fungal origin / L-ascorbic acid binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Atropa belladonna (ナス科)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Wenger, E.S. / Boal, A.K. / Bollinger, J.M. / Krebs, C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Optimized Substrate Positioning Enables Switches in the C-H Cleavage Site and Reaction Outcome in the Hydroxylation-Epoxidation Sequence Catalyzed by Hyoscyamine 6 beta-Hydroxylase.
著者: Wenger, E.S. / Martinie, R.J. / Ushimaru, R. / Pollock, C.J. / Sil, D. / Li, A. / Hoang, N. / Palowitch, G.M. / Graham, B.P. / Schaperdoth, I. / Burke, E.J. / Maggiolo, A.O. / Chang, W.C. / ...

履歴

登録	2022年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月4日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2025年5月21日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cvh.cif.gz	88.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cvh.ent.gz	61.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cvh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/8cvh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/8cvh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cv8C 8cv9C 8cvaC 8cvbC 8cvcC 8cvdC 8cveC 8cvfC 8cvgC 6ttmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hyoscyamine 6-beta-hydroxylase

ヘテロ分子

43.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.915, 79.102, 56.276
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.248, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Hyoscyamine 6-beta-hydroxylase 分子量: 42666.984 Da / 分子数: 1 / 変異: L289F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Atropa belladonna (ナス科) / 遺伝子: AbH6H, h6h / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XJ43, hyoscyamine (6S)-dioxygenase

-
非ポリマー , 7種, 117分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-OVR / (1R,3S,5R,6S)-6-hydroxy-8-methyl-8-azabicyclo[3.2.1]octan-3-yl (2S)-3-hydroxy-2-phenylpropanoate / アニソダミン分子量: 305.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₃NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-V / VANADIUM ION 分子量: 50.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: V / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン分子量: 87.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, sodium formate, strontium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年2月3日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→50 Å / Num. obs: 23863 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.971 / R_merge(I) obs: 0.213 / R_pim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 6.63
反射シェル	解像度: 2.03→2.07 Å / R_merge(I) obs: 1.715 / Mean I/σ(I) obs: 0.82 / Num. unique obs: 1421 / CC_1/2: 0.118 / R_pim(I) all: 1.102

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6TTM

6ttm

解像度: 2.03→43.752 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 5.29 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.189 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2495	1200	5.314 %
R_work	0.2011	21381	-
all	0.203	-	-
obs	-	22581	95.002 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.662 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.009 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.038 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→43.752 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2589	0	71	101	2761

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	2709
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2575
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.187	1.654	3662
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.108	1.577	5976
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.553	5	323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.682	24.882	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.758	15	457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.797	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	346
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2998
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	556
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	469
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.162	0.2	2276
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	1210
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.126	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.196	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.167	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.061	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.13	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.09	2.508	1301
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.089	2.509	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.893	3.749	1621
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.893	3.751	1622
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.086	2.724	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.085	2.718	1403
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.892	3.995	2041
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.891	3.996	2042
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.453	29.191	2873
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.409	29.163	2860

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.03-2.083	0.355	55	0.298	924	X-RAY DIFFRACTION	56.2321
2.083-2.14	0.259	69	0.271	1340	X-RAY DIFFRACTION	82.1574
2.14-2.202	0.308	71	0.263	1478	X-RAY DIFFRACTION	95.854
2.202-2.269	0.314	97	0.267	1504	X-RAY DIFFRACTION	98.0404
2.269-2.343	0.298	101	0.249	1458	X-RAY DIFFRACTION	99.3627
2.343-2.426	0.307	85	0.232	1400	X-RAY DIFFRACTION	99.7984
2.426-2.517	0.319	75	0.225	1396	X-RAY DIFFRACTION	99.9321
2.517-2.619	0.286	93	0.228	1317	X-RAY DIFFRACTION	100
2.619-2.736	0.259	91	0.212	1248	X-RAY DIFFRACTION	100
2.736-2.869	0.273	61	0.216	1221	X-RAY DIFFRACTION	100
2.869-3.023	0.251	60	0.208	1177	X-RAY DIFFRACTION	100
3.023-3.206	0.27	71	0.216	1101	X-RAY DIFFRACTION	100
3.206-3.427	0.271	57	0.191	1019	X-RAY DIFFRACTION	100
3.427-3.7	0.216	46	0.189	969	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7-4.051	0.143	53	0.162	901	X-RAY DIFFRACTION	100
4.051-4.526	0.165	24	0.133	832	X-RAY DIFFRACTION	100
4.526-5.219	0.163	33	0.143	711	X-RAY DIFFRACTION	100
5.219-6.377	0.196	23	0.17	623	X-RAY DIFFRACTION	100
6.377-8.952	0.21	21	0.157	483	X-RAY DIFFRACTION	100
8.952-43.752	0.251	13	0.209	277	X-RAY DIFFRACTION	98.9761

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