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- PDB-8cvf: Structure of L289F Hyoscyamine 6-beta Hydroxylase in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cvf
タイトルStructure of L289F Hyoscyamine 6-beta Hydroxylase in complex with vanadyl, succinate, and hyoscyamine
要素Hyoscyamine 6-beta-hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxacyclase / scopolamine / epoxide
機能・相同性
機能・相同性情報


hyoscyamine (6S)-dioxygenase / hyoscyamine (6S)-dioxygenase activity / coumarin biosynthetic process / response to molecule of fungal origin / L-ascorbic acid binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Chem-HYO / OXYGEN ATOM / SUCCINIC ACID / STRONTIUM ION / VANADIUM ION / Hyoscyamine 6-beta-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Atropa belladonna (ナス科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.532 Å
データ登録者Wenger, E.S. / Boal, A.K. / Bollinger, J.M. / Krebs, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM113106 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Optimized Substrate Positioning Enables Switches in the C-H Cleavage Site and Reaction Outcome in the Hydroxylation-Epoxidation Sequence Catalyzed by Hyoscyamine 6 beta-Hydroxylase.
著者: Wenger, E.S. / Martinie, R.J. / Ushimaru, R. / Pollock, C.J. / Sil, D. / Li, A. / Hoang, N. / Palowitch, G.M. / Graham, B.P. / Schaperdoth, I. / Burke, E.J. / Maggiolo, A.O. / Chang, W.C. / ...著者: Wenger, E.S. / Martinie, R.J. / Ushimaru, R. / Pollock, C.J. / Sil, D. / Li, A. / Hoang, N. / Palowitch, G.M. / Graham, B.P. / Schaperdoth, I. / Burke, E.J. / Maggiolo, A.O. / Chang, W.C. / Allen, B.D. / Krebs, C. / Silakov, A. / Boal, A.K. / Bollinger Jr., J.M.
履歴
登録2022年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月4日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年5月21日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hyoscyamine 6-beta-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,67114
ポリマ－42,6671
非ポリマー1,00413
水6,557364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.783, 79.901, 55.675
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.244, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Hyoscyamine 6-beta-hydroxylase


分子量: 42666.984 Da / 分子数: 1 / 変異: L289F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Atropa belladonna (ナス科) / 遺伝子: AbH6H, h6h / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XJ43, hyoscyamine (6S)-dioxygenase

-
非ポリマー , 8種, 377分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-HYO / [(1S,5R)-8-methyl-8-azabicyclo[3.2.1]octan-3-yl] (2S)-3-hydroxy-2-phenylpropanoate


分子量: 289.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H23NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: alkaloid, 毒素*YM
#5: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-V / VANADIUM ION


分子量: 50.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: V / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-O / OXYGEN ATOM / オキシド


分子量: 15.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.07 % / 解説: Bar
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, sodium formate, strontium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03317 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月16日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→50 Å / Num. obs: 52983 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 1.53→1.56 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.468 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 2524 / CC1/2: 0.839 / Rpim(I) all: 0.278 / % possible all: 92.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6TTM

6ttm


解像度: 1.532→43.557 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 1.238 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.077 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2011 2526 4.768 %
Rwork0.1809 50457 -
all0.182 --
obs-52983 96.549 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 14.504 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.003 Å2-0 Å2-0.007 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0.001 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.532→43.557 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2572 0 56 364 2992
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0132680
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172540
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2681.6623630
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2761.5895897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7245321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.24924.841126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.8215453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.464157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2343
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022975
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02551
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2481
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1670.22275
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1650.21297
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0750.21182
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.2290
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0190.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1260.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3550.212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2420.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1430.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0430.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7251.3861293
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7251.3871294
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2842.0721611
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.2832.0731612
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9311.5251387
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.9291.5181382
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5142.2272019
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.5142.2282020
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it3.77127.02111641
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.54626.36411255
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.532-1.5720.271580.2473459X-RAY DIFFRACTION89.4633
1.572-1.6150.2171780.2123614X-RAY DIFFRACTION96.4885
1.615-1.6620.2551620.2113574X-RAY DIFFRACTION96.5375
1.662-1.7130.2321630.1983435X-RAY DIFFRACTION97.3222
1.713-1.7690.2451640.1933364X-RAY DIFFRACTION97.6744
1.769-1.8310.2081530.1883238X-RAY DIFFRACTION97.6108
1.831-1.90.2221640.1872929X-RAY DIFFRACTION91.7532
1.9-1.9770.221770.193010X-RAY DIFFRACTION98.0012
1.977-2.0650.2191570.1852925X-RAY DIFFRACTION98.4036
2.065-2.1660.2131350.1862788X-RAY DIFFRACTION98.75
2.166-2.2830.1691150.1782685X-RAY DIFFRACTION98.8352
2.283-2.4210.1941350.1672524X-RAY DIFFRACTION98.9579
2.421-2.5870.2171270.1662298X-RAY DIFFRACTION96.8837
2.587-2.7940.2081100.162068X-RAY DIFFRACTION91.5896
2.794-3.060.2211110.1812029X-RAY DIFFRACTION99.8134
3.06-3.420.18940.1731867X-RAY DIFFRACTION99.8981
3.42-3.9460.149740.1621664X-RAY DIFFRACTION99.5418
3.946-4.8260.164790.1531349X-RAY DIFFRACTION97.0768
4.826-6.7950.191340.2021017X-RAY DIFFRACTION91.5505
6.795-43.5570.17360.204620X-RAY DIFFRACTION99.2436

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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