PDB-8cv9: Structure of Hyoscyamine 6-beta Hydroxylase in complex with vanad...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cv9

タイトル

Structure of Hyoscyamine 6-beta Hydroxylase in complex with vanadyl, succinate, and hyoscyamine

要素

Hyoscyamine 6-beta-hydroxylase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / oxacyclase / scopolamine / epoxide

機能・相同性

機能・相同性情報

hyoscyamine (6S)-dioxygenase / hyoscyamine (6S)-dioxygenase activity / coumarin biosynthetic process / response to molecule of fungal origin / L-ascorbic acid binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Atropa belladonna (ナス科)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Wenger, E.S. / Boal, A.K. / Bollinger, J.M. / Krebs, C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Optimized Substrate Positioning Enables Switches in the C-H Cleavage Site and Reaction Outcome in the Hydroxylation-Epoxidation Sequence Catalyzed by Hyoscyamine 6 beta-Hydroxylase.
著者: Wenger, E.S. / Martinie, R.J. / Ushimaru, R. / Pollock, C.J. / Sil, D. / Li, A. / Hoang, N. / Palowitch, G.M. / Graham, B.P. / Schaperdoth, I. / Burke, E.J. / Maggiolo, A.O. / Chang, W.C. / ...

履歴

登録	2022年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月4日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2025年5月21日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cv9.cif.gz	94.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cv9.ent.gz	65.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cv9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cv9_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cv9_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	8cv9_validation.xml.gz	19.6 KB	表示
CIF形式データ	8cv9_validation.cif.gz	28.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/8cv9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/8cv9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cv8C 8cvaC 8cvbC 8cvcC 8cvdC 8cveC 8cvfC 8cvgC 8cvhC 6ttmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hyoscyamine 6-beta-hydroxylase

ヘテロ分子

43.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.970, 79.656, 56.017
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.303, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Hyoscyamine 6-beta-hydroxylase 分子量: 42632.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Atropa belladonna (ナス科) / 遺伝子: AbH6H, h6h / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XJ43, hyoscyamine (6S)-dioxygenase

-
非ポリマー , 8種, 309分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-HYO / [(1S,5R)-8-methyl-8-azabicyclo[3.2.1]octan-3-yl] (2S)-3-hydroxy-2-phenylpropanoate 分子量: 289.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₃NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: alkaloid, 毒素*YM
#4: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#6: 化合物	ChemComp-V / VANADIUM ION 分子量: 50.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: V / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-O / OXYGEN ATOM / オキシド分子量: 15.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン分子量: 87.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.45 % / 解説: Bar
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, sodium formate, strontium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月13日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 34661 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / CC_1/2: 0.98 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_pim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 64.7
反射シェル	解像度: 1.79→1.81 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 28.1 / Num. unique obs: 1752 / CC_1/2: 0.98 / R_pim(I) all: 0.048 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6TTM

6ttm

解像度: 1.79→28.086 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 1.961 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.105 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1921	1837	5.3 %
R_work	0.1738	32824	-
all	0.175	-	-
obs	-	34661	99.747 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.549 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.003 Å²	0 Å²	0.002 Å²
2-	-	-0.002 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.002 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→28.086 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2587	0	60	295	2942

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	2697
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2561
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.21	1.663	3651
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.166	1.589	5946
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.511	5	323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.252	24.961	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.913	15	458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.079	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	345
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2992
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	550
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	483
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.161	0.2	2268
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	248
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.118	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.143	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.119	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.104	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.817	1.525	1301
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.816	1.526	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.47	2.275	1621
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.469	2.277	1622
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.839	1.657	1396
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.836	1.644	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.423	2.423	2030
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.423	2.424	2031
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.369	19.198	3015
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.159	18.651	2937

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.79-1.836	0.241	136	0.204	2360	X-RAY DIFFRACTION	97.5381
1.836-1.886	0.198	138	0.179	2362	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.886-1.941	0.193	149	0.179	2285	X-RAY DIFFRACTION	99.9589
1.941-2.001	0.221	130	0.188	2216	X-RAY DIFFRACTION	100
2.001-2.066	0.205	124	0.175	2176	X-RAY DIFFRACTION	100
2.066-2.139	0.193	134	0.171	2083	X-RAY DIFFRACTION	100
2.139-2.219	0.174	108	0.176	2006	X-RAY DIFFRACTION	100
2.219-2.31	0.188	101	0.169	1949	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.412	0.201	113	0.177	1867	X-RAY DIFFRACTION	100
2.412-2.53	0.199	94	0.177	1772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.666	0.215	116	0.174	1685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.666-2.827	0.181	98	0.164	1584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.827-3.022	0.223	59	0.18	1540	X-RAY DIFFRACTION	100
3.022-3.263	0.228	51	0.177	1455	X-RAY DIFFRACTION	100
3.263-3.573	0.147	67	0.171	1286	X-RAY DIFFRACTION	100
3.573-3.992	0.188	76	0.165	1175	X-RAY DIFFRACTION	99.8404
3.992-4.606	0.161	42	0.149	1049	X-RAY DIFFRACTION	100
4.606-5.63	0.173	47	0.17	900	X-RAY DIFFRACTION	99.8945
5.63-7.916	0.143	38	0.177	684	X-RAY DIFFRACTION	99.8617
7.916-28.086	0.25	16	0.203	390	X-RAY DIFFRACTION	95.5294

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