PDB-8cve: Structure of L289F Hyoscyamine 6-beta Hydroxylase in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cve

タイトル

Structure of L289F Hyoscyamine 6-beta Hydroxylase in complex with iron, 2-oxoglutarate, and hyoscyamine

要素

Hyoscyamine 6-beta-hydroxylase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / oxacyclase / scopolamine /

epoxide (エポキシド)

機能・相同性

機能・相同性情報

ヒヨスチアミン (6S)-ジオキシゲナーゼ /

hyoscyamine (6S)-dioxygenase activity / coumarin biosynthetic process / response to molecule of fungal origin /

L-ascorbic acid binding /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Atropa belladonna (ベラドンナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Wenger, E.W. / Boal, A.K. / Bollinger, J.M. / Krebs, C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the L289F H6H hydroxylation reactant complex
著者: Wenger, E.S. / Boal, A.K. / Bollinger, J.M. / Krebs, C.

履歴

登録	2022年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cve.cif.gz	94.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cve.ent.gz	64.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cve.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/8cve ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/8cve	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ttmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (4) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (4)
#167 - 2013年11月
SNAREタンパク質 (SNARE Proteins)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hyoscyamine 6-beta-hydroxylase

ヘテロ分子

43.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.763, 79.215, 55.757
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.053, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Hyoscyamine 6-beta-hydroxylase 分子量: 42666.984 Da / 分子数: 1 / 変異: L289F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Atropa belladonna (ベラドンナ) / 遺伝子: AbH6H, h6h / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9XJ43, ヒヨスチアミン (6S)-ジオキシゲナーゼ

-
非ポリマー , 7種, 326分子

#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 化合物	ChemComp-HYO / [(1S,5R)-8-methyl-8-azabicyclo[3.2.1]octan-3-yl] (2S)-3-hydroxy-2-phenylpropanoate / ヒヨスチアミン分子量: 289.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₃NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: alkaloid, 毒素*YM
#6: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸 / Α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン / ストロンチウム分子量: 87.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#8: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.71 % / 解説: Bar
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, sodium formate, strontium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03317 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月16日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.53→50 Å / Num. obs: 52325 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 5.5 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 22.1
反射シェル	解像度: 1.53→1.56 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 2456 / CC_1/2: 0.863 / R_pim(I) all: 0.238 / % possible all: 89.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6TTM

6ttm

解像度: 1.53→43.529 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 1.198 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.079 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2043	2572	4.915 %
R_work	0.1845	49753	-
all	0.185	-	-
obs	-	52325	95.578 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.197 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.004 Å²	-0 Å²	0.002 Å²
2-	-	-0.005 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.53→43.529 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2572	0	67	311	2950

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	2689
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2549
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.2	1.664	3637
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.189	1.59	5915
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.567	5	321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.276	24.724	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.584	15	453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.547	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	343
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2987
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	555
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	473
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.163	0.2	2271
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1117
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	259
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.111	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.179	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.121	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.103	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.66	1.383	1293
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.66	1.385	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.191	2.067	1611
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.19	2.069	1612
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.777	1.502	1396
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.778	1.5	1395
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.265	2.191	2026
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.265	2.193	2027
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.83	17.521	3022
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.501	16.894	2926

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.53-1.57	0.257	196	0.235	3301	X-RAY DIFFRACTION	86.6237
1.57-1.613	0.224	198	0.207	3575	X-RAY DIFFRACTION	95.8344
1.613-1.659	0.264	199	0.207	3506	X-RAY DIFFRACTION	96.3589
1.659-1.71	0.184	165	0.203	3372	X-RAY DIFFRACTION	96.1141
1.71-1.766	0.222	154	0.197	3306	X-RAY DIFFRACTION	96.2716
1.766-1.828	0.195	162	0.195	3186	X-RAY DIFFRACTION	96.1793
1.828-1.897	0.212	159	0.191	2845	X-RAY DIFFRACTION	89.4048
1.897-1.975	0.229	145	0.196	2988	X-RAY DIFFRACTION	96.6081
1.975-2.062	0.214	150	0.189	2890	X-RAY DIFFRACTION	97.3735
2.062-2.163	0.187	153	0.187	2737	X-RAY DIFFRACTION	97.5034
2.163-2.28	0.191	126	0.181	2636	X-RAY DIFFRACTION	98.2219
2.28-2.418	0.207	99	0.182	2550	X-RAY DIFFRACTION	98.5125
2.418-2.584	0.179	107	0.178	2308	X-RAY DIFFRACTION	96.7161
2.584-2.79	0.198	125	0.176	2043	X-RAY DIFFRACTION	91.4768
2.79-3.056	0.214	106	0.189	2042	X-RAY DIFFRACTION	99.8141
3.056-3.415	0.18	92	0.175	1854	X-RAY DIFFRACTION	99.5906
3.415-3.941	0.198	73	0.164	1646	X-RAY DIFFRACTION	99.1922
3.941-4.819	0.167	62	0.157	1369	X-RAY DIFFRACTION	96.9512
4.819-6.787	0.223	58	0.19	985	X-RAY DIFFRACTION	91.652
6.787-43.529	0.248	43	0.191	614	X-RAY DIFFRACTION	99.2447

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