PDB-8cvd: Structure of Hyoscyamine 6-beta Hydroxylase in complex with iron,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cvd

タイトル

Structure of Hyoscyamine 6-beta Hydroxylase in complex with iron, succinate, and scopolamine

要素

Hyoscyamine 6-beta-hydroxylase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / oxacyclase / scopolamine / epoxide

機能・相同性

機能・相同性情報

hyoscyamine (6S)-dioxygenase / hyoscyamine (6S)-dioxygenase activity / coumarin biosynthetic process / response to molecule of fungal origin / L-ascorbic acid binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Atropa belladonna (ナス科)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.717 Å

データ登録者

Wenger, E.W. / Boal, A.K. / Bollinger, J.M. / Krebs, C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the H6H cyclization product complex
著者: Wenger, E.S. / Boal, A.K. / Bollinger, J.M. / Krebs, C.

履歴

登録	2022年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cvd.cif.gz	91.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cvd.ent.gz	62.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cvd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cvd_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cvd_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8cvd_validation.xml.gz	15.4 KB	表示
CIF形式データ	8cvd_validation.cif.gz	22.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/8cvd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/8cvd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ttmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (3)
#167 - 2013年11月
SNAREタンパク質 (SNARE Proteins)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hyoscyamine 6-beta-hydroxylase

ヘテロ分子

43.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.796, 79.214, 55.957
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.240, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Hyoscyamine 6-beta-hydroxylase 分子量: 42632.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Atropa belladonna (ナス科) / 遺伝子: AbH6H, h6h / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XJ43, hyoscyamine (6S)-dioxygenase

-
非ポリマー , 7種, 201分子

#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 化合物	ChemComp-OW0 / (1R,2R,4S,5S,7s)-9-methyl-3-oxa-9-azatricyclo[3.3.1.0~2,4~]nonan-7-yl (2S)-3-hydroxy-2-phenylpropanoate 分子量: 303.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン分子量: 87.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.88 % / 解説: Bar
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, sodium formate, strontium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03317 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月11日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.717→50 Å / Num. obs: 37388 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.1 % / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.127 / R_pim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 1.717→1.75 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 1.098 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1909 / CC_1/2: 0.536 / R_pim(I) all: 0.599 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6TTM

6ttm

解像度: 1.717→43.599 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 2.042 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.099 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1991	1770	4.734 %
R_work	0.1816	35618	-
all	0.182	-	-
obs	-	37388	96.002 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.502 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.003 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.001 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.003 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.717→43.599 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2578	0	68	186	2832

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	2696
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2564
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.217	1.654	3648
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.19	1.577	5952
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.692	5	322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.968	24.921	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.475	15	456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.622	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	346
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2981
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	549
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	447
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.164	0.2	2235
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1179
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	177
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.121	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.137	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.125	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.04	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.078	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.04	2.034	1297
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.039	2.036	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.783	3.039	1616
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.782	3.041	1617
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.3	2.246	1399
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.294	2.24	1394
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.157	3.277	2029
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.158	3.278	2030
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.749	24.417	2912
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.652	24.183	2872

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.717-1.761	0.281	120	0.279	2213	X-RAY DIFFRACTION	81.4311
1.761-1.809	0.256	123	0.246	2427	X-RAY DIFFRACTION	90.4255
1.809-1.862	0.243	134	0.235	2400	X-RAY DIFFRACTION	93.3677
1.862-1.919	0.277	111	0.207	2359	X-RAY DIFFRACTION	94.3468
1.919-1.982	0.238	119	0.209	2423	X-RAY DIFFRACTION	99.0261
1.982-2.051	0.192	111	0.179	2333	X-RAY DIFFRACTION	98.8673
2.051-2.129	0.199	117	0.182	2265	X-RAY DIFFRACTION	99.1261
2.129-2.215	0.21	121	0.188	2148	X-RAY DIFFRACTION	98.781
2.215-2.314	0.193	92	0.174	2073	X-RAY DIFFRACTION	98.9036
2.314-2.426	0.198	105	0.18	1993	X-RAY DIFFRACTION	99.1493
2.426-2.557	0.225	81	0.179	1896	X-RAY DIFFRACTION	98.2116
2.557-2.712	0.207	72	0.174	1695	X-RAY DIFFRACTION	93.4921
2.712-2.899	0.171	67	0.172	1722	X-RAY DIFFRACTION	99.1685
2.899-3.13	0.193	86	0.182	1576	X-RAY DIFFRACTION	99.6403
3.13-3.428	0.228	74	0.174	1461	X-RAY DIFFRACTION	99.546
3.428-3.83	0.173	90	0.171	1293	X-RAY DIFFRACTION	99.4964
3.83-4.419	0.17	55	0.146	1176	X-RAY DIFFRACTION	98.7962
4.419-5.402	0.152	44	0.166	923	X-RAY DIFFRACTION	93.0703
5.402-7.599	0.18	34	0.196	783	X-RAY DIFFRACTION	100
7.599-43.599	0.157	14	0.174	458	X-RAY DIFFRACTION	99.5781

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