PDB-8cvc: Structure of Hyoscyamine 6-beta Hydroxylase in complex with vanad...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cvc

タイトル

Structure of Hyoscyamine 6-beta Hydroxylase in complex with vanadyl, succinate, and 6-OH-hyoscyamine

要素

Hyoscyamine 6-beta-hydroxylase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / oxacyclase / scopolamine / epoxide

機能・相同性

機能・相同性情報

hyoscyamine (6S)-dioxygenase / hyoscyamine (6S)-dioxygenase activity / coumarin biosynthetic process / response to molecule of fungal origin / L-ascorbic acid binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Atropa belladonna (ナス科)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.791 Å

データ登録者

Wenger, E.W. / Boal, A.K. / Bollinger, J.M. / Krebs, C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure mimicking the H6H cyclization ferryl complex
著者: Wenger, E.S. / Boal, A.K. / Bollinger, J.M. / Krebs, C.

履歴

登録	2022年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cvc.cif.gz	94.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cvc.ent.gz	64.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cvc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cvc_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cvc_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	8cvc_validation.xml.gz	16.6 KB	表示
CIF形式データ	8cvc_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/8cvc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/8cvc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ttmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hyoscyamine 6-beta-hydroxylase

ヘテロ分子

43.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.911, 79.761, 56.187
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.054, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Hyoscyamine 6-beta-hydroxylase 分子量: 42632.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Atropa belladonna (ナス科) / 遺伝子: AbH6H, h6h / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XJ43, hyoscyamine (6S)-dioxygenase

-
非ポリマー , 8種, 277分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 化合物	ChemComp-OVR / (1R,3S,5R,6S)-6-hydroxy-8-methyl-8-azabicyclo[3.2.1]octan-3-yl (2S)-3-hydroxy-2-phenylpropanoate / アニソダミン分子量: 305.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₃NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-V / VANADIUM ION 分子量: 50.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: V / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-O / OXYGEN ATOM / 水分子量: 15.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン分子量: 87.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.72 % / 解説: Bar
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, sodium formate, strontium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 34735 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / CC_1/2: 0.889 / R_merge(I) obs: 0.067 / R_pim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 24.4
反射シェル	解像度: 1.79→1.82 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.456 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 1754 / CC_1/2: 0.889 / R_pim(I) all: 0.199 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6TTM

6ttm

解像度: 1.791→40.654 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 2.134 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.106 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1943	1839	5.294 %
R_work	0.1729	32896	-
all	0.174	-	-
obs	-	34735	99.716 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.243 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.002 Å²	-0 Å²	-0.001 Å²
2-	-	0.002 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.791→40.654 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2595	0	70	260	2925

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	2727
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2575
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.2	1.652	3692
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.186	1.578	5984
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.513	5	329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.751	25.039	129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.009	15	462
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.377	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	349
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3044
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	558
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	492
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.164	0.2	2250
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	1138
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	215
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.082	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.138	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.121	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.071	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.069	1.996	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.068	1.998	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.864	2.984	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.864	2.985	1641
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.261	2.197	1414
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.261	2.198	1415
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.102	3.203	2051
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.102	3.204	2052
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.951	24.709	3026
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.875	24.273	2962

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.791-1.837	0.248	134	0.225	2331	X-RAY DIFFRACTION	96.3643
1.837-1.888	0.231	139	0.202	2363	X-RAY DIFFRACTION	100
1.888-1.942	0.227	148	0.192	2306	X-RAY DIFFRACTION	100
1.942-2.002	0.217	129	0.188	2217	X-RAY DIFFRACTION	100
2.002-2.068	0.215	126	0.187	2162	X-RAY DIFFRACTION	100
2.068-2.14	0.213	131	0.174	2097	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.221	0.189	109	0.182	2011	X-RAY DIFFRACTION	100
2.221-2.311	0.18	103	0.167	1953	X-RAY DIFFRACTION	100
2.311-2.414	0.219	106	0.167	1873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.414-2.531	0.188	94	0.169	1789	X-RAY DIFFRACTION	100
2.531-2.668	0.212	120	0.171	1686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.668-2.829	0.189	102	0.164	1584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.829-3.024	0.22	58	0.178	1548	X-RAY DIFFRACTION	100
3.024-3.265	0.219	53	0.18	1453	X-RAY DIFFRACTION	100
3.265-3.575	0.197	67	0.175	1292	X-RAY DIFFRACTION	100
3.575-3.995	0.153	75	0.158	1179	X-RAY DIFFRACTION	100
3.995-4.609	0.153	44	0.14	1060	X-RAY DIFFRACTION	100
4.609-5.634	0.173	47	0.162	900	X-RAY DIFFRACTION	100
5.634-7.922	0.159	38	0.184	688	X-RAY DIFFRACTION	100
7.922-40.654	0.201	16	0.177	404	X-RAY DIFFRACTION	98.5915

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