PDB-8cva: Structure of Hyoscyamine 6-beta Hydroxylase in complex with iron,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cva

タイトル

Structure of Hyoscyamine 6-beta Hydroxylase in complex with iron, succinate, and 6-OH-hyoscyamine

要素

Hyoscyamine 6-beta-hydroxylase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / oxacyclase / scopolamine / epoxide

機能・相同性

機能・相同性情報

hyoscyamine (6S)-dioxygenase / hyoscyamine (6S)-dioxygenase activity / coumarin biosynthetic process / response to molecule of fungal origin / L-ascorbic acid binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Atropa belladonna (ナス科)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.581 Å

データ登録者

Wenger, E.W. / Boal, A.K. / Bollinger, J.M. / Krebs, C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the H6H hydroxylation product complex
著者: Wenger, E.S. / Boal, A.K. / Bollinger, J.M. / Krebs, C.

履歴

登録	2022年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cva.cif.gz	93.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cva.ent.gz	63.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cva.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cva_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cva_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	8cva_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	8cva_validation.cif.gz	24.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/8cva ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/8cva	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ttmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (3)
#167 - 2013年11月
SNAREタンパク質 (SNARE Proteins)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hyoscyamine 6-beta-hydroxylase

ヘテロ分子

43.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.839, 79.258, 55.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.220, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Hyoscyamine 6-beta-hydroxylase 分子量: 42632.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Atropa belladonna (ナス科) / 遺伝子: AbH6H, h6h / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XJ43, hyoscyamine (6S)-dioxygenase

-
非ポリマー , 7種, 281分子

#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 化合物	ChemComp-OVR / (1R,3S,5R,6S)-6-hydroxy-8-methyl-8-azabicyclo[3.2.1]octan-3-yl (2S)-3-hydroxy-2-phenylpropanoate / アニソダミン分子量: 305.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₃NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン分子量: 87.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.98 % / 解説: Bar
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, sodium formate, strontium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03317 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月11日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 48707 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.086 / R_pim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 20.1
反射シェル	解像度: 1.58→1.61 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.675 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2461 / CC_1/2: 0.697 / R_pim(I) all: 0.364 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6TTM

6ttm

解像度: 1.581→43.613 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 1.516 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.084 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2055	2534	5.203 %
R_work	0.1853	46173	-
all	0.186	-	-
obs	-	48707	97.635 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.871 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.004 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.005 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.581→43.613 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2578	0	70	265	2913

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	2696
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2562
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.17	1.653	3645
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.197	1.577	5947
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.489	5	322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.319	24.921	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.896	15	456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.518	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	345
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2987
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	551
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	469
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.162	0.2	2290
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	230
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.086	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.19	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.122	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.099	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.13	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.749	1.457	1297
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.749	1.458	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.344	2.177	1616
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.343	2.178	1617
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.899	1.601	1399
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.898	1.594	1392
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.48	2.333	2029
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.479	2.334	2030
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.421	18.084	2978
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.254	17.593	2904

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.581-1.622	0.314	172	0.274	3075	X-RAY DIFFRACTION	89.1054
1.622-1.666	0.291	171	0.249	3332	X-RAY DIFFRACTION	96.6078
1.666-1.714	0.27	174	0.229	3227	X-RAY DIFFRACTION	98.0115
1.714-1.767	0.237	195	0.213	3102	X-RAY DIFFRACTION	98.125
1.767-1.825	0.22	153	0.202	3070	X-RAY DIFFRACTION	98.3822
1.825-1.889	0.206	151	0.191	2931	X-RAY DIFFRACTION	96.5539
1.889-1.96	0.208	147	0.198	2893	X-RAY DIFFRACTION	99.3139
1.96-2.04	0.203	163	0.192	2779	X-RAY DIFFRACTION	99.5264
2.04-2.131	0.187	157	0.182	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.5074
2.131-2.235	0.201	139	0.182	2536	X-RAY DIFFRACTION	99.0374
2.235-2.355	0.231	139	0.176	2384	X-RAY DIFFRACTION	98.5162
2.355-2.498	0.209	122	0.176	2278	X-RAY DIFFRACTION	97.7199
2.498-2.67	0.19	93	0.171	2093	X-RAY DIFFRACTION	95.7932
2.67-2.883	0.198	127	0.175	2000	X-RAY DIFFRACTION	99.5321
2.883-3.157	0.2	100	0.185	1864	X-RAY DIFFRACTION	99.8983
3.157-3.528	0.187	98	0.175	1681	X-RAY DIFFRACTION	99.8316
3.528-4.071	0.175	102	0.159	1486	X-RAY DIFFRACTION	99.8742
4.071-4.978	0.148	57	0.149	1224	X-RAY DIFFRACTION	95.597
4.978-7.009	0.181	43	0.197	996	X-RAY DIFFRACTION	98.8582
7.009-43.613	0.265	31	0.195	551	X-RAY DIFFRACTION	98.145

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