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- PDB-8cv7: Peptide 2.2E in complex with BRD2-BD2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cv7
タイトルPeptide 2.2E in complex with BRD2-BD2
要素
  • Isoform 3 of Bromodomain-containing protein 2
  • Peptide 2.2E
キーワードTRANSCRIPTION / Bromodomain Cyclic peptides Acetyl-lysine
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / histone reader activity / : / neural tube closure / nucleosome assembly / spermatogenesis ...acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / histone reader activity / : / neural tube closure / nucleosome assembly / spermatogenesis / histone binding / nuclear speck / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site ...Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL GROUP / AMINO GROUP / Bromodomain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Franck, C. / Mackay, J.P.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Discovery and characterization of cyclic peptides selective for the C-terminal bromodomains of BET family proteins.
著者: Franck, C. / Patel, K. / Walport, L.J. / Christie, M. / Norman, A. / Passioura, T. / Suga, H. / Payne, R.J. / Mackay, J.P.
履歴
登録2022年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32023年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 3 of Bromodomain-containing protein 2
B: Isoform 3 of Bromodomain-containing protein 2
C: Peptide 2.2E
D: Peptide 2.2E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0598
ポリマ－29,9384
非ポリマー1204
水4,864270
1
A: Isoform 3 of Bromodomain-containing protein 2
D: Peptide 2.2E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0294
ポリマ－14,9692
非ポリマー602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1560 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area7140 Å2
手法PISA
2
B: Isoform 3 of Bromodomain-containing protein 2
C: Peptide 2.2E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0294
ポリマ－14,9692
非ポリマー602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area7250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.948, 52.420, 55.993
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.674, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Isoform 3 of Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein


分子量: 13269.201 Da / 分子数: 2 / 断片: BD2 (UNP residues 300-408) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: タンパク質・ペプチド Peptide 2.2E


分子量: 1700.014 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド


分子量: 44.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O
#4: 化合物 ChemComp-NH2 / AMINO GROUP / アンモニア


分子量: 16.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium fluoride, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 8.5, 20% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953735 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953735 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→40.64 Å / Num. obs: 39575 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 16.88 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 1893 / CC1/2: 0.933 / Rpim(I) all: 0.264 / Rrim(I) all: 0.503 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3ONI

3oni


解像度: 1.6→32.12 Å / SU ML: 0.1377 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.0878
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1983 1758 4.45 %
Rwork0.1744 37787 -
obs0.1756 39545 98.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→32.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2042 0 8 270 2320
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00692123
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0252860
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054279
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0088365
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3634296
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.640.2391240.19912850X-RAY DIFFRACTION97.03
1.64-1.690.22091180.19522878X-RAY DIFFRACTION97.02
1.69-1.750.23561210.18382864X-RAY DIFFRACTION97.1
1.75-1.810.22281260.17762880X-RAY DIFFRACTION97.31
1.81-1.880.21991330.18372866X-RAY DIFFRACTION97.69
1.88-1.970.18481310.18222912X-RAY DIFFRACTION97.72
1.97-2.070.21481210.17832909X-RAY DIFFRACTION97.87
2.07-2.20.1981170.17572926X-RAY DIFFRACTION98.38
2.2-2.370.20831400.17482895X-RAY DIFFRACTION98.32
2.37-2.610.22311400.18632922X-RAY DIFFRACTION98.62
2.61-2.990.2081210.18272968X-RAY DIFFRACTION99.04
2.99-3.760.20071920.16912920X-RAY DIFFRACTION99.3
3.76-32.120.16491740.15672997X-RAY DIFFRACTION99.28
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.362542913020.2352972493972.436688742431.000318939140.339036087914.03146154735-0.0110206349336-0.01369947714150.0675561899672-0.0422024673173-0.00995595385397-0.0351542251703-0.05539975447690.001321116627880.02718939052020.1420136386910.001059486387160.003416239668140.0967899219510.01714479235230.144794312154-14.110422098114.4738931325-14.2119669612
24.49790541832-0.436422066902-2.210079880556.585256644350.3657661683716.78601697140.07212978056530.8274320726330.125561976239-0.9296510238270.026180484439-0.420316740502-0.376191211330.671623523953-0.179888218930.245109456724-0.0341510198020.03285143552820.3244927401050.002749290775660.178855001983-9.5338248661213.7764846232-26.2269096657
32.27630509188-0.1527950523831.880684800882.471862635760.8073856263246.220408200990.255361834950.0865788632983-0.1431886563160.02869226057930.0683810482331-0.08018538622640.440887801108-0.00453146321794-0.3110999424350.122329585516-0.00515280444768-0.03330347418010.08867772486910.004423124175090.171330274687-10.29006996837.97022805282-10.3933090188
42.600594656970.1815802026251.202958910683.778541406621.891169563864.484985194890.20409114591-0.00534428514071-0.323726013906-0.0927896904259-0.04949340269710.1423803811030.573401947044-0.246646404441-0.1389766792670.178706519421-0.0264231227361-0.05053915612140.1007501102640.03777173847110.174666255624-19.24372520423.49278675438-14.8833412384
52.364307634632.61993252913-2.027280530775.12698658942-0.09474882911353.99150924708-0.07162717581550.1695138903310.291304981836-0.0803762092912-0.107779012436-0.19765833534-0.2182313189250.3620351660790.1471861309110.2082583062570.00414311702492-0.06764778759790.2090216777470.05095413152760.222464094440.574561216389-6.21042354501-5.54492465252
63.661780612120.8122988155211.933248793022.81624057781.116316006625.480997195350.231106374306-0.349634636882-0.2249584120940.133483013888-0.0996721588103-0.009758575626710.175853367861-0.271484986134-0.1320334877170.160018613774-0.0127363465268-0.006944759681710.1572630298070.03279927035690.162316660502-14.1299367789-15.616889464-5.75575837043
73.36817834944-0.02881043247861.562780990993.62985103848-3.101538243397.209185172540.169348478118-0.0649843374137-0.547372190776-0.2564394752920.04831583378340.08565075444830.770131347206-0.145230724149-0.1835329389370.254213661323-0.0451975044097-0.04749376036680.1229026104180.004639807356830.213837811755-23.0795761915-21.9674304761-20.5509171508
85.136273452080.6153161691473.857990831251.779948227851.497679000274.452258719440.05096693123140.489621815749-0.177187148173-0.2177246290650.170419429723-0.115058582472-0.006511825919970.521683404435-0.2121672437020.216252918929-0.004788694862970.004417143772680.188777833918-0.02232030014690.147299622733-15.0542076483-14.2827759137-23.1308491893
99.378156158710.945782005427-0.7735629851377.2730747034-0.3316039737565.705313122780.1277815902590.295497492441-0.872417074906-0.04252726838180.131535301983-0.8090883509540.3798763683850.945937785763-0.2176830111450.2072021002720.0625585791715-0.02721794287080.256287955844-0.08116147009330.265776670346-2.0553965086-15.344351132-12.4915136306
105.70249572864-3.70681456793-1.157960689976.262706183082.584595160653.58166877046-0.04885769377380.647525700667-0.419794785406-0.5180219390720.146318357646-0.914043086821-0.2076485091041.15794569310.03169746738350.280380877776-0.007012126980360.1132583233530.666296928777-0.05026618605660.4048523014234.73274505136-9.60096770722-16.2237223526
115.284916615361.312169778682.529926958752.839865155810.4378929792083.39449787249-0.4178611885180.1208897198190.329312643873-0.186691044320.0651889162617-0.0163042171236-0.3289957276240.2704811182890.3554586133230.196188866601-0.0210554316862-0.02891886556280.1153401777460.01248946049040.129735130366-11.2664330502-6.61750901273-16.2688148838
122.57573599013.58244329156-1.330371715664.98643868319-1.902469563576.381830257710.200570794551-0.4868746638320.555075144360.0161120158137-0.1159225027060.781178117836-0.397148169758-1.29172342225-0.096647640260.2287801676910.0686878487115-0.02415702841780.325525653247-0.05428918877080.235363199442-27.7854384104-8.66588396583-14.5380842853
137.081861010163.418612206111.773684813544.551835687530.5757729921292.61847781134-0.111743540356-0.3034952889710.4842803391090.181361271308-0.1088824184950.0432236392155-0.261000240592-0.1783954058190.2375813539510.1935804201060.0442976516052-0.03256806523860.133166131001-0.03196544906970.148160683223-12.6608498358-3.05158172307-6.37024119225
141.68351355958-0.868113552183-0.5517046066532.4285202050.9470458193042.093783564270.0998721109217-0.647570074623-0.2772535244080.525099835299-0.2129419018790.3816029074570.551916890111-0.8969565551270.05094099803380.260816064734-0.1210026141110.04049709644180.4225363074270.002625800001250.211221884782-26.6663582547-17.6454181441-6.78562296359
154.288262023730.4926001136220.5377397260322.36387828312-0.06936185564771.722380912760.0817399405407-0.4118238042750.2870354002840.412966632308-0.05592651054620.28493754786-0.195051604278-0.567335529672-0.04534178449960.194356413920.01544341766750.04464161811920.261887826837-0.03218107575030.15371708672-21.554123053918.2544045191-0.387538563889
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 347 through 395 )AA347 - 3951 - 49
22chain 'A' and (resid 396 through 410 )AA396 - 41050 - 64
33chain 'A' and (resid 411 through 433 )AA411 - 43365 - 87
44chain 'A' and (resid 434 through 455 )AA434 - 45588 - 109
55chain 'B' and (resid 346 through 360 )BB346 - 3601 - 15
66chain 'B' and (resid 361 through 377 )BB361 - 37716 - 32
77chain 'B' and (resid 378 through 385 )BB378 - 38533 - 40
88chain 'B' and (resid 386 through 395 )BB386 - 39541 - 50
99chain 'B' and (resid 396 through 404 )BB396 - 40451 - 59
1010chain 'B' and (resid 405 through 410 )BB405 - 41060 - 65
1111chain 'B' and (resid 411 through 428 )BB411 - 42866 - 83
1212chain 'B' and (resid 429 through 433 )BB429 - 43384 - 88
1313chain 'B' and (resid 434 through 454 )BB434 - 45489 - 109
1414chain 'C' and (resid 1 through 12 )CD1 - 122 - 13
1515chain 'D' and (resid 1 through 12 )DG1 - 122 - 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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