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万見
- PDB-8cv5: Peptide 4.2B in complex with BRD3.2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cv5
タイトルPeptide 4.2B in complex with BRD3.2
要素
  • Bromodomain-containing protein 3
  • Peptide 4.2E
キーワードTRANSCRIPTION / Cyclic Peptide Inhibitor Bromodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K27cr reader activity / histone H3K18cr reader activity / histone H3K9cr reader activity / histone H3K9me2/3 reader activity / lncRNA binding / endodermal cell differentiation / : / protein localization to chromatin / molecular condensate scaffold activity / histone binding ...histone H3K27cr reader activity / histone H3K18cr reader activity / histone H3K9cr reader activity / histone H3K9me2/3 reader activity / lncRNA binding / endodermal cell differentiation / : / protein localization to chromatin / molecular condensate scaffold activity / histone binding / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site ...Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL GROUP / AMINO GROUP / Bromodomain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Franck, C. / Mackay, J.P.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Discovery and characterization of cyclic peptides selective for the C-terminal bromodomains of BET family proteins.
著者: Franck, C. / Patel, K. / Walport, L.J. / Christie, M. / Norman, A. / Passioura, T. / Suga, H. / Payne, R.J. / Mackay, J.P.
履歴
登録2022年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32023年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 3
B: Peptide 4.2E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0794
ポリマ－16,0182
非ポリマー602
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area7600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.066, 76.066, 57.907
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 3 / RING3-like protein


分子量: 13784.844 Da / 分子数: 1 / 断片: BD2 (UNP residues 307-419) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD3, KIAA0043, RING3L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15059
#2: タンパク質・ペプチド Peptide 4.2E


分子量: 2233.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ACE / ACETYL GROUP


分子量: 44.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O
#4: 化合物 ChemComp-NH2 / AMINO GROUP


分子量: 16.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.26 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium sulfate, 20% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953736 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953736 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→43.49 Å / Num. obs: 33328 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.3 % / Biso Wilson estimate: 14.67 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.087 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 1.47→1.49 Å / 冗長度: 19.7 % / Rmerge(I) obs: 0.906 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 1627 / CC1/2: 0.882 / Rpim(I) all: 0.294 / Rrim(I) all: 0.954 / Χ2: 1.02 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3S92

3s92


解像度: 1.47→31.79 Å / SU ML: 0.1204 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.7739
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1967 1755 5.27 %
Rwork0.18 31537 -
obs0.1809 33292 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→31.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1086 0 4 158 1248
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00591119
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04531504
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0782149
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0093193
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.4876161
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.47-1.510.24551450.20322338X-RAY DIFFRACTION99.4
1.51-1.550.18881320.18552411X-RAY DIFFRACTION99.92
1.55-1.60.17521290.18112402X-RAY DIFFRACTION99.96
1.6-1.660.18361310.17562421X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.730.18521580.18632372X-RAY DIFFRACTION99.92
1.73-1.810.2141290.17772425X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.90.19341070.17722433X-RAY DIFFRACTION100
1.9-2.020.21741110.17982428X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.180.19711480.17442426X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.390.19761190.18612446X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.740.2031490.19662431X-RAY DIFFRACTION100
2.74-3.450.20971530.18892447X-RAY DIFFRACTION100
3.45-31.790.17671440.16252557X-RAY DIFFRACTION99.96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.07674934639970.02712367606620.03976280807940.1009703189410.03266012517670.04103958994820.0364347009746-0.5183555466520.2336589552830.339052400893-0.0988352836599-0.339407755054-0.08797721496770.4297953197770.009580991956040.179699297591-0.0387920312377-0.05309798348080.3836566045910.05486217224260.187179124861-10.521451964325.75249171486.71721268727
20.337132926650.0638286791413-0.1942819098930.129750431282-0.1987558644740.319480705373-0.00395913022509-0.0242626957664-0.05928074828220.04167963937150.0234407918064-0.01961085155850.013159394026-0.002862424502510.0004229023782660.126177765314-0.009914531443660.002507724962350.116476588896-0.006555177045490.116283468974-31.310721266323.1379443359-1.59818146083
30.3428028470850.302047087577-0.1499790305080.104888206209-0.004350180774110.282865945201-0.0529421591682-0.0605520441304-0.07039133955780.01872095206380.00104201192186-0.0345141886826-0.01304736858930.0412451592504-0.0008837085337160.1142780631520.0010231786199-0.003288985487460.1147376952650.01866055015840.128804108255-21.212571474522.1866634216-2.66437798777
40.17039047940.0614715322537-0.2324101121990.4205189680120.05995963183710.3570329588190.0560800678776-0.04755102158140.05852590775460.0165973584607-0.0527710489985-0.0713336441946-0.1093245265590.04414932233850.02809240646370.125934261227-0.02784106186310.005316386296980.1215995128360.004610089907630.147236023671-17.275512675932.7666605358-3.26319781962
50.06423151415820.0181889523728-0.05163135059670.03532361534970.06636914183450.167577113761-0.000334995781583-0.2295894593640.2512475614730.03402311453-0.01087876389250.0616695398596-0.311750982532-0.281342251476-0.0006946204389550.1294389375690.02553901136710.002798566358480.2010137215710.009118482527750.14229884533-45.158610479426.9547560721-1.84121377231
60.05973038157-0.00192973527871-0.03775308423770.00312643742291-0.00226596736790.0130874150265-0.01292328944-0.2760998642910.1859973658650.0352728217538-0.0567745372960.0375747265113-0.112433383311-0.180443087613-0.0001993961715360.1621686552720.0140632041247-0.01702728626110.167058141754-0.03715592218510.165973168134-40.090898930729.8604716812-3.87464700891
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 307 through 322 )AA307 - 3221 - 16
22chain 'A' and (resid 323 through 357 )AA323 - 35717 - 51
33chain 'A' and (resid 358 through 395 )AA358 - 39552 - 89
44chain 'A' and (resid 396 through 418 )AA396 - 41890 - 112
55chain 'B' and (resid 1 through 10 )BC1 - 102 - 11
66chain 'B' and (resid 11 through 17 )BC11 - 1712 - 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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