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- PDB-8crx: Cutibacterium acnes 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8crx
タイトルCutibacterium acnes 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycline bound
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • 23S ribosomal RNA
  • 32MF mRNA
  • 5S ribosomal RNA
  • P-site initiator tRNA
  • RNA (1537-MER)
キーワードANTIBIOTIC / ribosome / sarecycline / acne
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding ...large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A ...Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / : / L28p-like / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L32p
類似検索 - ドメイン・相同性
Sarecycline / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 50S ribosomal protein L17 / 50S ribosomal protein L21 / 50S ribosomal protein L24 ...Sarecycline / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 50S ribosomal protein L17 / 50S ribosomal protein L21 / 50S ribosomal protein L24 / 30S ribosomal protein S10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein uS13 / 50S ribosomal protein L35 / Large ribosomal subunit protein uL5 / AURKAIP1/COX24 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Cutibacterium acnes (バクテリア)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Lomakin, I.B. / Devarkar, S.C. / Bunick, C.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Almirall, LLCresearch grant 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Sarecycline inhibits protein translation in Cutibacterium acnes 70S ribosome using a two-site mechanism.
著者: Ivan B Lomakin / Swapnil C Devarkar / Shivali Patel / Ayman Grada / Christopher G Bunick /
要旨: Acne vulgaris is a chronic disfiguring skin disease affecting ∼1 billion people worldwide, often having persistent negative effects on physical and mental health. The Gram-positive anaerobe, ...Acne vulgaris is a chronic disfiguring skin disease affecting ∼1 billion people worldwide, often having persistent negative effects on physical and mental health. The Gram-positive anaerobe, Cutibacterium acnes is implicated in acne pathogenesis and is, therefore, a main target for antibiotic-based acne therapy. We determined a 2.8-Å resolution structure of the 70S ribosome of Cutibacterium acnes by cryogenic electron microscopy and discovered that sarecycline, a narrow-spectrum antibiotic against Cutibacterium acnes, may inhibit two active sites of this bacterium's ribosome in contrast to the one site detected previously on the model ribosome of Thermus thermophilus. Apart from the canonical binding site at the mRNA decoding center, the second binding site for sarecycline exists at the nascent peptide exit tunnel, reminiscent of the macrolides class of antibiotics. The structure also revealed Cutibacterium acnes-specific features of the ribosomal RNA and proteins. Unlike the ribosome of the Gram-negative bacterium Escherichia coli, Cutibacterium acnes ribosome has two additional proteins, bS22 and bL37, which are also present in the ribosomes of Mycobacterium smegmatis and Mycobacterium tuberculosis. We show that bS22 and bL37 have antimicrobial properties and may be involved in maintaining the healthy homeostasis of the human skin microbiome.
履歴
登録2022年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年3月22日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年3月22日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年3月22日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32025年3月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order / _em_admin.last_update
改定 1.12025年3月19日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (1537-MER)
D: 30S ribosomal protein S4
E: 30S ribosomal protein S5
F: 30S ribosomal protein S6
H: 30S ribosomal protein S8
K: 30S ribosomal protein S11
L: 30S ribosomal protein S12
O: 30S ribosomal protein S15
Q: 30S ribosomal protein S17
R: 30S ribosomal protein S18
T: 30S ribosomal protein S20
P: 30S ribosomal protein S16
X: 30S ribosomal protein bS22
G: 30S ribosomal protein S3
I: 30S ribosomal protein S7
J: 30S ribosomal protein S9
M: 30S ribosomal protein S10
N: 30S ribosomal protein S13
S: 30S ribosomal protein S14 type Z
U: 30S ribosomal protein S19
B: 30S ribosomal protein S2
c: 50S ribosomal protein L2
d: 50S ribosomal protein L3
e: 50S ribosomal protein L4
f: 50S ribosomal protein L5
g: 50S ribosomal protein L6
i: 50S ribosomal protein L13
j: 50S ribosomal protein L14
k: 50S ribosomal protein L15
l: 50S ribosomal protein L16
m: 50S ribosomal protein L17
n: 50S ribosomal protein L18
o: 50S ribosomal protein L19
p: 50S ribosomal protein L20
q: 50S ribosomal protein L21
r: 50S ribosomal protein L22
s: 50S ribosomal protein L23
t: 50S ribosomal protein L24
u: 50S ribosomal protein L25
v: 50S ribosomal protein L27
w: 50S ribosomal protein L28
x: 50S ribosomal protein L29
y: 50S ribosomal protein L30
z: 50S ribosomal protein L32
0: 50S ribosomal protein L33
1: 50S ribosomal protein L34
2: 50S ribosomal protein L35
4: 50S ribosomal protein L31
a: 23S ribosomal RNA
b: 5S ribosomal RNA
V: 50S ribosomal protein bL37
Y: 32MF mRNA
C: P-site initiator tRNA
3: 50S ribosomal protein L36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,282,924447
ポリマ－2,272,24154
非ポリマー10,684393
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 AabYC

#1: RNA鎖 RNA (1537-MER)


分子量: 498742.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: GenBank: 2179609306
#49: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 1002554.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア)
#50: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38770.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: GenBank: 2179609306
#52: RNA鎖 32MF mRNA


分子量: 7115.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#53: RNA鎖 P-site initiator tRNA


分子量: 24846.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 732678099

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 DEFHKLOQRTPXGIJMNSUB

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23271.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7JMY9
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 22603.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7I5L8
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 11270.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2C6L3A1
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14677.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7ITQ7
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 14194.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7I645
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13666.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2C6LJN0
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10102.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7I743
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 10475.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7JMS7
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 8817.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2C6LI71
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9724.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7I592
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 15980.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7IXM7
#13: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein bS22 / AURKAIP1/COX24 domain-containing protein


分子量: 4120.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A533INE0
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 29728.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7I5Y3
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17615.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7ITZ4
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 18630.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7JN42
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11750.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A085B5E4
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 14030.231 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2C6LKT6
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 6924.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7JMX1
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10536.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7ITR7
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 31583.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7I756

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 cdefgijklmnopqrstuvwxyz0124V3

#22: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30309.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7JMV5
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 23553.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1G9KW65
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 32342.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7I5M5
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 23901.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A3E2DDM1
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19868.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7I5S3
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16325.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7I6I7
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13503.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7JMZ8
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15542.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7IUA0
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15700.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7I5M8
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 20058.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A085AZY3
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 13727.841 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7JN02
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13106.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2C6LKT3
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13988.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7I6V3
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11087.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A085B4N9
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 16729.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7ITY5
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 11349.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2C6LEQ5
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 13514.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A085B5D2
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 22349.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7IYF8
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9540.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7IGT1
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 6953.212 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7I7B7
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 8899.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7JB12
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6932.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7I5Y4
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6991.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7I771
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6725.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2C6LJM0
#46: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5185.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7IDI8
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7457.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A371N4N9
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 7731.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7JUW7
#51: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein bL37


分子量: 2744.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア)
#54: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4386.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7JN22

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非ポリマー , 4種, 522分子

#55: 化合物 ChemComp-V7A / Sarecycline


分子量: 487.502 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H29N3O8 / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#56: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#57: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#58: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycline bound
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#54 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 25 mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 2.1 sec. / 電子線照射量: 30.56 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC3.3.1粒子像選択
4cryoSPARC3.3.1CTF補正patchCTF
7UCSF Chimera1.16モデルフィッティング
8Coot0.9.6 ELモデルフィッティング
10PHENIX1.20.1モデル精密化
11Coot0.9.6 ELモデル精密化
12cryoSPARC3.3.1初期オイラー角割当Ab-initio
13cryoSPARC3.3.1最終オイラー角割当
15cryoSPARC3.3.1３次元再構成Non-uniform Refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1108852
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 70853 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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