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- EMDB-27028: Cutibacterium acnes 30S ribosomal subunit with Sarecycline bound,... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27028
タイトルCutibacterium acnes 30S ribosomal subunit with Sarecycline bound, body domain only in the local refined map
マップデータCutibacterium acnes 30S ribosomal subunit with Sarecycline bound, body domain only in the local refined map
試料
  • 複合体: 30S subunit body domain from 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycline bound
    • RNA: x 2種
    • タンパク質・ペプチド: x 13種
  • リガンド: x 2種
キーワードribosome / sarecycline / acne / ANTIBIOTIC
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex ...ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type ...Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / : / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature. / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / Ribosomal protein S11 / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S17/S11 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein S11 superfamily / S15/NS1, RNA-binding / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein bS6 ...Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS12 / AURKAIP1/COX24 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Cutibacterium acnes (バクテリア) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Lomakin IB / Devarkar SC / Bunick CG
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Almirall, LLC 米国
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Sarecycline inhibits protein translation in Cutibacterium acnes 70S ribosome using a two-site mechanism.
著者: Ivan B Lomakin / Swapnil C Devarkar / Shivali Patel / Ayman Grada / Christopher G Bunick /
要旨: Acne vulgaris is a chronic disfiguring skin disease affecting ∼1 billion people worldwide, often having persistent negative effects on physical and mental health. The Gram-positive anaerobe, ...Acne vulgaris is a chronic disfiguring skin disease affecting ∼1 billion people worldwide, often having persistent negative effects on physical and mental health. The Gram-positive anaerobe, Cutibacterium acnes is implicated in acne pathogenesis and is, therefore, a main target for antibiotic-based acne therapy. We determined a 2.8-Å resolution structure of the 70S ribosome of Cutibacterium acnes by cryogenic electron microscopy and discovered that sarecycline, a narrow-spectrum antibiotic against Cutibacterium acnes, may inhibit two active sites of this bacterium's ribosome in contrast to the one site detected previously on the model ribosome of Thermus thermophilus. Apart from the canonical binding site at the mRNA decoding center, the second binding site for sarecycline exists at the nascent peptide exit tunnel, reminiscent of the macrolides class of antibiotics. The structure also revealed Cutibacterium acnes-specific features of the ribosomal RNA and proteins. Unlike the ribosome of the Gram-negative bacterium Escherichia coli, Cutibacterium acnes ribosome has two additional proteins, bS22 and bL37, which are also present in the ribosomes of Mycobacterium smegmatis and Mycobacterium tuberculosis. We show that bS22 and bL37 have antimicrobial properties and may be involved in maintaining the healthy homeostasis of the human skin microbiome.
#1: ジャーナル: To be published
タイトル: The structure of the Cutibacterium acnes 70S ribosome
著者: Lomakin IB / Devarkar SC / Grada A / Bunick CG
履歴
登録2022年5月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月15日-
マップ公開2023年3月15日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27028.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27028.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cutibacterium acnes 30S ribosomal subunit with Sarecycline bound, body domain only in the local refined map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 340 pix.
= 363.12 Å		1.07 Å/pix.
x 340 pix.
= 363.12 Å		1.07 Å/pix.
x 340 pix.
= 363.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.068 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-0.48456722 - 1.3131591
平均 (標準偏差)0.0010100472 (±0.042305227)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 363.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Cutibacterium acnes 30S ribosomal subunit with Sarecycline bound,...

ファイルemd_27028_half_map_1.map
注釈Cutibacterium acnes 30S ribosomal subunit with Sarecycline bound, body domain only in the local refined map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cutibacterium acnes 30S ribosomal subunit with Sarecycline bound,...

ファイルemd_27028_half_map_2.map
注釈Cutibacterium acnes 30S ribosomal subunit with Sarecycline bound, body domain only in the local refined map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 30S subunit body domain from 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA ...

全体名称: 30S subunit body domain from 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycline bound
要素
  • 複合体: 30S subunit body domain from 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycline bound
    • RNA: 16S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein bS22
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • RNA: mRNA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: 30S subunit body domain from 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA ...

超分子名称: 30S subunit body domain from 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycline bound
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#15
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)

+
分子 #1: 16S ribosomal RNA

分子名称: 16S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 498.742875 KDa
配列文字列: UUUUUCAUUG GAGAGUUUGA UCCUGGCUCA GGACGAACGC UGGCGGCGUG CUUAACACAU GCAAGUCGAA CGGAAAGGCC CUGCUUUUG UGGGGUGCUC GAGUGGCGAA CGGGUGAGUA ACACGUGAGU AACCUGCCCU UGACUUUGGG AUAACUUCAG G AAACUGGG ...文字列:
UUUUUCAUUG GAGAGUUUGA UCCUGGCUCA GGACGAACGC UGGCGGCGUG CUUAACACAU GCAAGUCGAA CGGAAAGGCC CUGCUUUUG UGGGGUGCUC GAGUGGCGAA CGGGUGAGUA ACACGUGAGU AACCUGCCCU UGACUUUGGG AUAACUUCAG G AAACUGGG GCUAAUACCG GAUAGGAGCU CCUGCUGCAU GGUGGGGGUU GGAAAGUUUC GGCGGUUGGG GAUGGACUCG CG GCUUAUC AGCUUGUUGG UGGGGUAGUG GCUUACCAAG GCUUUGACGG GUAGCCGGCC UGAGAGGGUG ACCGGCCACA UUG GGACUG AGAUACGGCC CAGACUCCUA CGGGAGGCAG CAGUGGGGAA UAUUGCACAA UGGGCGGAAG CCUGAUGCAG CAAC GCCGC GUGCGGGAUG ACGGCCUUCG GGUUGUAAAC CGCUUUCGCC UGUGACGAAG CGUGAGUGAC GGUAAUGGGU AAAGA AGCA CCGGCUAACU ACG(PSU)GCCAGC AGCC(G7M)CGGUG AUACGUAGGG UGCGAGCGUU GUCCGGAUUU AUUGGGCG U AAAGGGCUCG UAGGUGGUUG AUCGCGUCGG AAGUGUAAUC UUGGGGCUUA ACCCUGAGCG UGCUUUCGAU ACGGGUUGA CUUGAGGAAG GUAGGGGAGA AUGGAAUUCC UGGUGGAGCG GUGGAAUGCG CAGAUAUCAG GAGGAACACC AGUGGCGAAG GCGGUUCUC UGGGCCUUUC CUGACGCUGA GGAGCGAAAG CGUGGGGAGC GAACAGGCUU AGAUACCCUG GUAGUCCACG C UGUAAACG GUGGGUACUA GGUGUGGGGU CCAUUCCACG GGUUCCGUGC CGUAGCUAAC GCUUUAAGUA CCCCGCCUGG GG AGUACGG CCGCAAGGCU AAAACUCAAA GGAAUUGACG GGGCCCCGCA CAAGCGGCGG AGCAUGCGGA UUAAUUCGAU (2MG)(5MC)AACGCGU AGAACCUUAC CUGGGUUUGA CAUGGAUCGG GAGUGCUCAG AGAUGGGUGU GCCUCUUUUG GGG UCGGUU CACAGGUGGU GCAUGGCUGU CGUCAGCUCG UGUCGUGAGA UGUUGGGUUA AGUCCCGCAA CGAGCGCAAC CCUU GUUCA CUGUUGCCAG CACGUUAUGG UGGGGACUCA GUGGAGACCG CCGGGGUCAA CUCGGAGGAA GGUGGGGAUG ACGUC AAGU CAUCAUGCCC CUUAUGUCCA GGGCUUCACG CAUGCUACAA UGGCUGGUAC AGAGAGUGGC GAGCCUGUGA GGGUGA GCG AAUCUCGGAA AGCCGGUCUC AGUUCGGAUU GGGGUCUGCA ACUCGACCUC AUGAAGUCGG AGUCGCUAGU AAUCGCA GA UCAGCAACGC UGCGGUGAAU ACGUUCCCGG GGCUUGUACA CAC(5MC)G(4OC)C(5MC)GU (5MC)AAGUCAUGA AA GUUGGUA ACACCCGAAG CCGGUGGCCU AACCGUUGUG GGGGAGCCGU CGAAGGUGGG ACUGGUGAUU AGGACUAAGU CG (UR3)AACAAG GUAGCCGUAC C(2MG)G(MA6)(MA6)GGUGC GGCUGGAUCA CCUCCUUUCU AAGGAG

GENBANK: GENBANK: CP059593.1

+
分子 #15: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 15 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 7.115308 KDa
配列文字列:
CAAGGAGGUA AAAAUGUUUU AA

+
分子 #2: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 23.271605 KDa
配列文字列: MARYTGPLTK KSRRLGTDLV GNDKSFERRP YPPGVHGRGR TKDSEYSLQL REKQKARYAY GVLEKQFRRY YEEADRAQGK TGDVLLQIL ESRLDNVVYR AGLAATRRQA RQMVSHGHFL VNGKKVNIPS YRVSTHDIID VREKSKDLPP IVIARETFET R DVPAWLEV ...文字列:
MARYTGPLTK KSRRLGTDLV GNDKSFERRP YPPGVHGRGR TKDSEYSLQL REKQKARYAY GVLEKQFRRY YEEADRAQGK TGDVLLQIL ESRLDNVVYR AGLAATRRQA RQMVSHGHFL VNGKKVNIPS YRVSTHDIID VREKSKDLPP IVIARETFET R DVPAWLEV RPNKGRILVH QLPTRDQIVI DVNEQAIVEL YSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #3: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 22.603695 KDa
配列文字列: MSGTQRRGGG AGGERRGRDN RRGQNDRNRN QNEYLERVVA INRVAKVVQG GRRFSFTALV VVGDGEGSVG VGYGKAKEVP AAIAKAVEE AKKHFFKVPL VGRTITHPVI GEKAAGVVML RPASPGTGVI AGGSARAVLE CAGVHDVLAK SLGSSNAINV V HATVDALQ ...文字列:
MSGTQRRGGG AGGERRGRDN RRGQNDRNRN QNEYLERVVA INRVAKVVQG GRRFSFTALV VVGDGEGSVG VGYGKAKEVP AAIAKAVEE AKKHFFKVPL VGRTITHPVI GEKAAGVVML RPASPGTGVI AGGSARAVLE CAGVHDVLAK SLGSSNAINV V HATVDALQ QLEEPEEVAR RRGKSVEDIA PAAMLRARKE ADEAAAAARM EEKAGVN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 11.270147 KDa
配列文字列:
MRKYEVMIII DPTVEERQVD SLMEKYLKVI TDEKGTVDNV DVWGKRRLAY DIQKKSEGIY VVVNATCEPA TIQELDRLLA IDEKIMRTK VMRPEIH

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 14.67793 KDa
配列文字列:
MTMTDPIADM LTRLRNANQA YHDQTSMPHS KIKAGIAGIL KSEGYIADYK VNEPKEGEVG KTLTLTLKYG ENRERSIAGV RRISKPGLR VYAKSTALPK VLGGLGIAII STSQGLLTDK QAHEKSVGGE VLAYVW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 14.194463 KDa
配列文字列:
MATAGHKGAP KTKVRRKEKK NVVAGQAHIK STFNNTIIAI TDPSGAVISW ASAGTVGFKG SRKSTPFAAQ MAAEAAGRRA MEHGMKRVD VFVKGPGSGR ETAIRSLGAV GLEIGPISDV TPVPHNGCRP PKRRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 13.666084 KDa
配列文字列:
MPTIQQLVRK GRTDKISKNK TPALKGSPQR RGVCTRVYTT TPKKPNSALR KVARVRLSSG IEVTAYIPGV GHNLQEHSMV LVRGGRVKD LPGVRYKIVR GSLDTQGVKG RKQARSRYGA KKEK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 10.10276 KDa
配列文字列:
MDAAEKKKII EEYATHPGDT GSPDVQVAIL TKRIAELTEH LKVHKGDHHS RRGLMLMVGQ RRRLLNYIAK NDIEHYRELI ARLGLRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 10.475277 KDa
配列文字列:
MSENTAERTT RRKVREGLVV SDKMNKTITV MVEDRVKHPL YGKVMTKSVR LKAHDENNEA GMGDRVRIME TRPLSATKRW RLVEIIEKA K

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 8.817497 KDa
配列文字列:
MAGPQRKSVN KKKVVPIKTV HIGAVDYKDT ALLRKFISER GKIRARRVTG LSVQDQRKVA IAIKNARELA LLPYASTAR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18

+
分子 #11: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 9.724277 KDa
配列文字列:
MPNIKSQIKR VKTNEKSRQR NKAVKSALRT YVRNFRRAAE AGDVEAATKA ARVANRQLDK AASKGVIHKN QAANRKSAIS KKLNSLAA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 15.980861 KDa
配列文字列:
MATKIRLKRL GKIRTPHYRV VVMDSRAKRD GRAIEEIGQY HPKADPSVIV IDSERVQYWL GVGAQPTEAV VALLKRTGDW QKFTGDTSP SGVKPQPERP NKDDLFNAAL AEADEAPREA ITKKSEGAAA DEASESAAGD NSGEKAEA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #13: 30S ribosomal protein bS22

分子名称: 30S ribosomal protein bS22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 4.120248 KDa
配列文字列:
MGSVIKKRRK RMAKKKHRKL LKRTRIQRRR AGK

UniProtKB: AURKAIP1/COX24 domain-containing protein

+
分子 #14: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 31.583166 KDa
配列文字列: MAVVTTRQLL ESGVHFGHQT RRWNPKMKRF IFTERNGIYI IDLHQSLTYI DKAYAFVKET VAKGGQILFV GTKKQAQESI VEQATRVGM PYVNQRWLGG MLTNFQTISK RIARLKELEA MDFDKVSGSG LTKKELLMLS REKDKLEKDL GGIRDMPKVP Q AVWVVDTK ...文字列:
MAVVTTRQLL ESGVHFGHQT RRWNPKMKRF IFTERNGIYI IDLHQSLTYI DKAYAFVKET VAKGGQILFV GTKKQAQESI VEQATRVGM PYVNQRWLGG MLTNFQTISK RIARLKELEA MDFDKVSGSG LTKKELLMLS REKDKLEKDL GGIRDMPKVP Q AVWVVDTK KEHLAIDEAR KLKIPVVAIL DTNCDPDEVD YAIPGNDDAI RSVSLLTRII ADAAAEGLMA RSAGKSGEQP AE AEPMPDW ERELLEGDGA KTEAKAEEPK AEAKKADEAP EAEKSN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #16: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 66 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #17: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 2.1 sec. / 平均電子線量: 30.56 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1108852
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / ソフトウェア - 詳細: Local Refinement / 使用した粒子像数: 70853
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / ソフトウェア - 詳細: Ab-initio
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8cwo:
Cutibacterium acnes 30S ribosomal subunit with Sarecycline bound, body domain only in the local refined map

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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