PDB-8cqu: Flavin mononucleotide-dependent nitroreductase B.thetaiotaomicron...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cqu

タイトル

Flavin mononucleotide-dependent nitroreductase B.thetaiotaomicron (BT_1680)

要素

Putative NADH dehydrogenase/NAD(P)H nitroreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Nitroreductase / flavin mononucleotide dependent / NADH dehydrogenase

機能・相同性

Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / oxidoreductase activity / CITRIC ACID / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / NADH dehydrogenase/NAD(P)H nitroreductase

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Blaha, J. / Adam, L. / Beckham, K.S.H. / Chojnowski, G. / Wilmanns, M. / Zimmermann, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into the diversity of nitroreductase enzymes in Bacteroides thetaiotaomicron
著者: Blaha, J. / Adam, L. / Gratzl, S. / Chojnowski, G. / Litz, C. / Mortensen, S.A. / Zimmermann, M. / Beckham, K.S.H. / Wilmanns, M.

履歴

登録	2023年3月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cqu.cif.gz	344 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cqu.ent.gz	214.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cqu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cqu_validation.pdf.gz	461.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cqu_full_validation.pdf.gz	462 KB	表示
XML形式データ	8cqu_validation.xml.gz	15.4 KB	表示
CIF形式データ	8cqu_validation.cif.gz	21.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/8cqu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/8cqu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cqsC 8cqtC 8cqvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative NADH dehydrogenase/NAD(P)H nitroreductase

B: Putative NADH dehydrogenase/NAD(P)H nitroreductase

ヘテロ分子

40.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.009, 69.426, 47.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.734, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 14 - 180 / Label seq-ID: 14 - 180

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Putative NADH dehydrogenase/NAD(P)H nitroreductase 分子量: 20266.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 遺伝子: BT_1680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A745
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-TBU / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / 2-METHYL-2-PROPANOL / tert-ブタノ-ル分子量: 74.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 4% t-butanol, 1.6M sodium citrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976257 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.976257 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→69.43 Å / Num. obs: 27611 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.113 / R_pim(I) all: 0.07 / R_rim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 7.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9-69.43	6.4	0.098	240	0.985	0.061	0.115
1.8-1.84	6.1	1.49	1661	0.572	1.009	1.809

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS	Feb 5, 2021 (BUILT 20210323)	データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
MOLREP	11.9.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AF-Q8A745-F1

解像度: 1.8→47.236 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 8.169 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.118 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1985	1340	4.857 %
R_work	0.1663	26251	-
all	0.168	-	-
obs	-	27591	99.862 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.846 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.935 Å²	-0 Å²	0.463 Å²
2-	-	3.512 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.642 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.236 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2623	0	18	125	2766

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	2695
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.016	2535
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.925	1.624	3636
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.731	1.569	5915
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.154	5	333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.933	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.555	10	505
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.592	10	118
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	411
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	3002
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	498
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.169	0.2	2354
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.19	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.379	2.843	1338
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.349	2.843	1338
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.329	4.247	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.328	4.249	1670
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.082	3.46	1357
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.08	3.46	1358
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.177	4.942	1967
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.175	4.942	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.63	43.377	3005
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.613	42.569	2982
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.149	0.05	4574

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14949	0.05007
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14949	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.304	100	0.315	1943	0.315	2049	0.919	0.898	99.7072	0.306
1.847-1.897	0.281	109	0.287	1864	0.286	1973	0.932	0.923	100	0.272
1.897-1.952	0.271	83	0.25	1823	0.251	1906	0.919	0.947	100	0.235
1.952-2.012	0.246	100	0.231	1777	0.232	1878	0.949	0.96	99.9467	0.213
2.012-2.078	0.272	82	0.198	1734	0.201	1816	0.942	0.97	100	0.182
2.078-2.151	0.22	102	0.175	1647	0.178	1749	0.972	0.979	100	0.162
2.151-2.232	0.221	82	0.162	1606	0.165	1691	0.972	0.982	99.8226	0.151
2.232-2.323	0.277	86	0.159	1543	0.165	1637	0.958	0.984	99.5113	0.15
2.323-2.426	0.243	87	0.151	1496	0.156	1584	0.969	0.986	99.9369	0.144
2.426-2.544	0.233	68	0.169	1425	0.171	1494	0.967	0.984	99.9331	0.166
2.544-2.681	0.22	60	0.178	1365	0.18	1425	0.971	0.983	100	0.175
2.681-2.843	0.186	59	0.156	1284	0.158	1343	0.978	0.986	100	0.161
2.843-3.038	0.194	46	0.161	1220	0.162	1268	0.978	0.984	99.8423	0.169
3.038-3.281	0.193	46	0.165	1135	0.166	1184	0.977	0.984	99.7466	0.175
3.281-3.592	0.181	44	0.153	1040	0.154	1087	0.98	0.986	99.724	0.171
3.592-4.013	0.179	51	0.143	944	0.145	995	0.983	0.988	100	0.163
4.013-4.629	0.146	54	0.124	827	0.125	883	0.989	0.991	99.7735	0.146
4.629-5.655	0.157	43	0.14	694	0.141	738	0.989	0.991	99.8645	0.171
5.655-7.941	0.168	18	0.153	563	0.154	587	0.981	0.988	98.9779	0.188
7.941-47.236	0.185	20	0.181	320	0.181	341	0.986	0.981	99.7067	0.2

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4188	0.0728	-0.1806	0.705	0.3238	1.281	0.0496	-0.0016	0.0092	0.014	0.0107	0.0324	-0.071	-0.1437	-0.0603	0.0136	0.0135	0.0115	0.0291	0.0187	0.0248	5.9441	-1.4311	13.9599
2	0.4787	-0.166	-0.0894	0.7692	0.1924	0.9579	-0.0064	0.0125	-0.1098	-0.034	0.049	0.0099	0.1713	-0.0666	-0.0426	0.0481	-0.0165	0.0059	0.0115	0.0051	0.0684	15.1577	-15.1002	3.4425

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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