PDB-8cqs: Flavin mononucleotide-dependent nitroreductase B.thetaiotaomicron...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cqs

タイトル

Flavin mononucleotide-dependent nitroreductase B.thetaiotaomicron (BT_0217)

要素

Nitroreductase-like protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Nitroreductase / flavin mononucleotide dependent / NADH dehydrogenase

機能・相同性

: / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / oxidoreductase activity / nucleotide binding / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Nitroreductase-like protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Blaha, J. / Gratzl, S. / Mortensen, S.A. / Beckham, K.S.H. / Chojnowski, G. / Wilmanns, M. / Zimmermann, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into the diversity of nitroreductase enzymes in Bacteroides thetaiotaomicron
著者: Blaha, J. / Adam, L. / Gratztl, S. / Chojnowski, G. / Litz, C. / Mortensen, S.A. / Zimmermann, M. / Beckham, K.S.H. / Wilmanns, M.

履歴

登録	2023年3月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cqs.cif.gz	381.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cqs.ent.gz	237.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cqs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cqs_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cqs_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8cqs_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	8cqs_validation.cif.gz	24.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/8cqs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/8cqs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cqtC 8cquC 8cqvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nitroreductase-like protein

B: Nitroreductase-like protein

ヘテロ分子

44.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.030, 44.410, 103.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.739, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 11 - 201 / Label seq-ID: 11 - 201

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Nitroreductase-like protein 分子量: 21739.018 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 遺伝子: BT_0217 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8AB93
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 12mM sodium nitrate, 12mM sodium phosphate, 12mM ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9762 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→38.193 Å / Num. obs: 37180 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 10.4 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.184 / R_pim(I) all: 0.081 / R_rim(I) all: 0.202 / Net I/σ(I): 9.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9-38.19	11.2	0.092	278	0.996	0.04	0.101
1.7-1.73	2.8	0.534	1641	0.813	0.471	0.716

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS	Feb 5, 2021 (BUILT 20210323)	データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
MOLREP	11.9.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AF-Q8AB93-F1

解像度: 1.7→38.193 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 3.902 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.094 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.182	1777	4.779 %
R_work	0.1492	35403	-
all	0.151	-	-
obs	-	37180	99.07 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.224 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.871 Å²	0 Å²	0.225 Å²
2-	-	-0.131 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.646 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.193 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2913	0	72	162	3147

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	3047
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2871
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.91	1.635	4129
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.658	1.566	6698
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.28	5	388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.965	5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.536	10	541
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.365	10	117
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	473
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.017	0.02	3417
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	535
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	589
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	2630
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1753
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	139
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.175	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.233	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.271	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.076	1.731	1552
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.076	1.731	1552
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.809	2.586	1940
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.809	2.587	1941
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.766	2.109	1495
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.708	2.105	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.633	2.974	2189
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.549	2.963	2178
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.284	26.906	3565
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.266	25.801	3543
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.102	0.05	5865

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10249	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10249	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.322	104	0.27	2301	0.272	2725	0.928	0.947	88.2569	0.246
1.744-1.792	0.217	136	0.189	2536	0.191	2676	0.965	0.973	99.8505	0.165
1.792-1.844	0.189	138	0.163	2487	0.164	2626	0.976	0.981	99.9619	0.144
1.844-1.9	0.217	125	0.158	2412	0.16	2540	0.97	0.983	99.8819	0.14
1.9-1.962	0.21	114	0.178	2292	0.18	2410	0.97	0.978	99.834	0.158
1.962-2.031	0.177	109	0.129	2305	0.131	2414	0.979	0.989	100	0.117
2.031-2.108	0.18	90	0.126	2210	0.128	2300	0.973	0.989	100	0.117
2.108-2.193	0.169	96	0.116	2118	0.118	2214	0.98	0.992	100	0.112
2.193-2.29	0.155	109	0.131	2024	0.132	2138	0.985	0.989	99.7661	0.124
2.29-2.402	0.18	89	0.119	1945	0.122	2034	0.981	0.991	100	0.119
2.402-2.531	0.17	105	0.12	1805	0.123	1911	0.981	0.991	99.9477	0.122
2.531-2.684	0.175	90	0.121	1764	0.123	1854	0.983	0.991	100	0.126
2.684-2.868	0.165	65	0.132	1671	0.133	1736	0.982	0.99	100	0.14
2.868-3.097	0.216	78	0.152	1519	0.155	1597	0.969	0.985	100	0.161
3.097-3.39	0.179	61	0.145	1420	0.146	1485	0.98	0.987	99.7306	0.16
3.39-3.786	0.155	64	0.153	1294	0.153	1360	0.986	0.986	99.8529	0.171
3.786-4.365	0.157	45	0.141	1142	0.142	1188	0.983	0.988	99.9158	0.166
4.365-5.329	0.172	64	0.161	956	0.162	1021	0.988	0.986	99.9021	0.199
5.329-7.464	0.231	66	0.219	750	0.22	816	0.972	0.978	100	0.272
7.464-38.193	0.144	29	0.191	452	0.188	481	0.989	0.974	100	0.234

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6809	-0.0774	-0.0613	0.4663	-0.0503	0.6234	0.0095	0.0617	0.0473	-0.0183	-0.0006	-0.0418	0.0042	0.0116	-0.0088	0.0039	0.001	0.008	0.0062	0.0041	0.0181	-19.4429	-0.0494	13.0939
2	0.4339	-0.0708	0.1204	0.5704	0.0872	1.0007	-0.0135	-0.0712	-0.011	0.1196	0.0153	0.013	0.0108	-0.0567	-0.0018	0.0294	0.0072	0.0081	0.0167	0.0068	0.0074	-32.1973	0.2762	34.3644

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)