PDB-8cqv: Flavin mononucleotide-dependent nitroreductase B.thetaiotaomicron...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cqv

タイトル

Flavin mononucleotide-dependent nitroreductase B.thetaiotaomicron (BT_3392)

要素

Nitroreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Nitroreductase / flavin mononucleotide dependent / NADH dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to oxidative stress / oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Blaha, J. / Adam, L. / Beckham, K.S.H. / Chojnowski, G. / Wilmanns, M. / Zimmermann, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into the diversity of nitroreductase enzymes in Bacteroides thetaiotaomicron
著者: Blaha, J. / Adam, L. / Graztl, S. / Chojnowski, G. / Litz, C. / Mortensen, S.A. / Zimmermann, M. / Beckham, K.S.H. / Wilmanns, M.

履歴

登録	2023年3月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cqv.cif.gz	432.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cqv.ent.gz	272.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cqv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cqv_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cqv_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8cqv_validation.xml.gz	19.6 KB	表示
CIF形式データ	8cqv_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/8cqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/8cqv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cqsC 8cqtC 8cquC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nitroreductase

B: Nitroreductase

ヘテロ分子

48.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.894, 40.623, 75.497
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.996, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 1 / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 4 - 201 / Label seq-ID: 4 - 201

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Nitroreductase 分子量: 23130.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 遺伝子: BT_3392 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A2B3

-
非ポリマー , 6種, 160分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: Buffer system (Imidazol, MES) 20% v/v Ethylen glycol, 10% v/v PEG 8000, 0.12M Diethylene glycol, 0.12M Triethylene glycol, 0.12M Tetraethylene glycol, 0.12M Pentaethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9762 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→74.35 Å / Num. obs: 43098 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.106 / R_pim(I) all: 0.078 / R_rim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 8.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9-74.35	4.4	0.047	333	0.983	0.037	0.06
1.7-1.73	4.7	1.556	2263	0.342	1.186	1.966

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS	Feb 5, 2021 (BUILT 20210323)	データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
MOLREP	11.9.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AF-Q8A2B3-F1

解像度: 1.7→53.306 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 5.079 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.106 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2063	2125	4.934 %
R_work	0.1719	40947	-
all	0.173	-	-
obs	-	43072	99.942 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.021 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.78 Å²	-0 Å²	-0.414 Å²
2-	-	0.934 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.007 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→53.306 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3247	0	150	145	3542

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	3582
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	3241
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.793	1.645	4850
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.695	1.562	7596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.388	5	423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.083	5	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.757	10	589
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.33	10	169
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	503
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.02	0.02	3995
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	701
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	736
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.166	0.2	3014
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	1703
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1893
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	162
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.194	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.225	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.23	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.061	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.798	1.499	1662
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.795	1.499	1662
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.442	2.244	2095
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.445	2.245	2096
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.419	1.967	1920
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.418	1.969	1921
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.006	2.74	2755
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.005	2.741	2756
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.288	25.646	4220
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.288	25.655	4221
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.094	0.05	6567

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09382	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09382	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.321	165	0.284	3003	0.286	3168	0.91	0.93	100	0.24
1.744-1.792	0.259	157	0.274	2915	0.273	3072	0.943	0.937	100	0.235
1.792-1.844	0.295	150	0.243	2848	0.246	3002	0.922	0.951	99.8668	0.206
1.844-1.9	0.233	153	0.208	2731	0.209	2886	0.961	0.966	99.9307	0.171
1.9-1.963	0.212	124	0.185	2713	0.187	2844	0.968	0.969	99.7539	0.156
1.963-2.031	0.221	143	0.17	2604	0.173	2747	0.967	0.978	100	0.144
2.031-2.108	0.175	109	0.156	2505	0.157	2615	0.98	0.984	99.9618	0.131
2.108-2.194	0.195	133	0.142	2400	0.145	2534	0.978	0.986	99.9605	0.125
2.194-2.291	0.185	135	0.137	2306	0.139	2445	0.978	0.988	99.8364	0.121
2.291-2.403	0.198	113	0.137	2225	0.14	2340	0.975	0.988	99.9145	0.124
2.403-2.533	0.222	91	0.128	2129	0.132	2220	0.974	0.99	100	0.118
2.533-2.686	0.166	116	0.134	1990	0.135	2107	0.984	0.989	99.9525	0.124
2.686-2.871	0.16	110	0.135	1874	0.136	1985	0.985	0.989	99.9496	0.129
2.871-3.1	0.198	93	0.147	1755	0.15	1848	0.976	0.988	100	0.145
3.1-3.395	0.225	72	0.172	1642	0.175	1714	0.969	0.984	100	0.172
3.395-3.794	0.184	67	0.165	1479	0.165	1546	0.983	0.984	100	0.169
3.794-4.377	0.198	71	0.162	1300	0.163	1371	0.979	0.988	100	0.169
4.377-5.351	0.172	56	0.18	1126	0.18	1182	0.978	0.985	100	0.201
5.351-7.53	0.291	37	0.235	886	0.237	923	0.976	0.977	100	0.251
7.53-53.306	0.202	30	0.216	516	0.215	546	0.981	0.973	100	0.248

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7017	-0.0953	0.16	0.3776	0.1146	0.7527	-0.0176	0.1306	-0.0769	-0.0203	0.0385	-0.0508	0.0493	0.0622	-0.0209	0.012	-0.0016	0.0122	0.0174	-0.0132	0.0223	23.8699	-0.4631	17.1145
2	1.5141	0.0081	0.2322	0.3561	-0.1097	0.6857	-0.0071	-0.0385	-0.1375	0.0142	0.0523	0.0659	0.0339	-0.1044	-0.0452	0.0125	-0.0089	0.0135	0.0284	0.0092	0.0373	2.2729	-0.0104	20.6619

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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