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Yorodumi- PDB-8cqt: Flavin mononucleotide-dependent nitroreductase B.thetaiotaomicron... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8cqt | ||||||
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Title | Flavin mononucleotide-dependent nitroreductase B.thetaiotaomicron (BT_1316) | ||||||
Components | Putative NADH dehydrogenase/NAD(P)H nitroreductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Nitroreductase / flavin mononucleotide dependent / NADH dehydrogenase | ||||||
Function / homology | Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / oxidoreductase activity / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NADH dehydrogenase/NAD(P)H nitroreductase Function and homology information | ||||||
Biological species | Bacteroides thetaiotaomicron (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Blaha, J. / Adam, L. / Beckham, K.S.H. / Chojnowski, G. / Wilmanns, M. / Zimmermann, M. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Structural insights into the diversity of nitroreductase enzymes in Bacteroides thetaiotaomicron Authors: Blaha, J. / Adam, L. / Gratzl, S. / Chojnowski, G. / Litz, C. / Mortensen, S.A. / Zimmermann, M. / Beckham, K.S.H. / Wilmanns, M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8cqt.cif.gz | 342.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8cqt.ent.gz | 213.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8cqt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8cqt_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8cqt_full_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | |
Data in XML | 8cqt_validation.xml.gz | 15.2 KB | Display | |
Data in CIF | 8cqt_validation.cif.gz | 21 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/8cqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/8cqt | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8cqsC 8cquC 8cqvC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 4 - 179 / Label seq-ID: 4 - 179
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-Components
#1: Protein | Mass: 19895.273 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacteroides thetaiotaomicron (bacteria) Gene: BT_1316 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8A858 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 4.2 / Details: 20% (v/v) PEG 1000, 0.1M citrate phosphate buffer |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 0.9762 Å | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 1, 2021 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9762 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→90.54 Å / Num. obs: 17692 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 26.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 21 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: AF-Q8A858-F1 Resolution: 2.2→52.981 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 8.283 / SU ML: 0.116 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.2 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.37 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→52.981 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection: ALL |